在镇压太平军、捻军的过程中，由于曾国藩集团兵勇自募、粮饷自筹，且实行兵为将有、家兵家将的军事体制，故在事实上处于一种半独立状态，虽与朝秦暮楚的苗沛霖有明显区别，但也不同于八旗、绿营诸将帅。曾国藩就认为，他们自练兵、自筹饷，与岳飞的岳家军极为相似。所以，他们有时候称湘军为“义军”、“ 义旅”，将自己募练湘军、举兵东征称之为“起义”，以有别于八旗、绿营等“经制”之兵。其《讨粤匪檄》虽然气壮如牛，但却始终不敢稍违这种身份，只能立足于维护地方利益，至高至大不过是维护孔孟之道和封建制度，绝不能像大将军出征那样，动称奉天子之命征讨四方云云。然而，他们也不同于祁 藻、彭蕴章之类的汉族地主阶级旧贵族。因为他们手中有实力，来自地主阶级中下层，既非可有可无的政治装饰品，也不是满洲贵族驯化已久的奴才。所以，从本质上看，曾国藩集团与清政府之间属于两个相互依存的政治军事实体，既有共同利害也有矛盾冲突。
首先，谁也离不开谁。清政府离开曾国藩集团就无以自存，曾国藩集团离开清政府则难以发展，而当他们面对太平军、捻军的巨大军事压力时犹为如此。这是因为他们谁都没有力量单独战胜太平军，只有联合起来才有可能取得胜利。于是，他们在共同的敌人面前结为君臣之盟，其条件是曾国藩集团必须尊重和维护清廷的皇权，而清廷则必须承认他们的合法性，授予种种军政大权，使他们在战争中获得巨大的实际利益。
然而，他们在权利分配上又存在着一种此消彼长的关系，不仅包含着满汉之间的矛盾，也存在着中央与地方的矛盾。而这些矛盾若处理不当，冲突不能及时化解，尤其在一些关键时刻或重大问题上，就必然会危及到他们的这种同盟关系。
所以，在长达十八年的镇压太平军、捻军的战争中，他们双方虽然屡有争斗，但始终掌握着一个分寸，即对方能够接受和容忍的最低限度。尤其在湘军攻克天京前后的同治三、四两年，他们所以能够两次度过最深刻的政治危机，在内战一触即发的关键时刻得以化解于无形，主要就是由于他们双方都做到了这一点。这种君臣之盟自古有之，而历史经验表明，得胜前结盟固难而得胜后持盟不败则更难。然清政府与曾国藩集团却居然做到了这一点，在中国政治史上实属罕见，大有认真探讨的必要。
曾国藩集团同清政府之间曾发生过几次矛盾，对清政府的态度与对策亦相应做过几次较为明显的调整。
第一次是咸丰元年，曾国藩在刘蓉、罗泽南等人的推动下，上疏批评咸丰皇帝。咸丰帝没有读完，就“怒 其折于地，立召见军机大臣欲罪之”，若非祁 藻、季芝昌等人苦苦为他求情，很可能陷于不测之罪。
曾国藩了解这一情况后，心里非常紧张，不仅对此次谏争之举上奏自责，称“才本疏庸，识尤浅陋，无朱云之廉正徒学其狂，乏汲黯之忠诚但师其憨”，且从此改弦更张，行事更为谨慎，再不敢对皇帝本人和朝廷的根本决策说长道短。这不仅因为其后地位发生变化，为臣之道也随之不同，而且也与这次来之不易的教训不无关系。犯颜直谏虽自古有之，不失为臣之道，但为国为家不可不看实情，照搬照套。所以，他宁可放弃自上而下推动改革的尝试，另辟镇压太平天国革命的蹊径，再也不甘冒风险，贪图便捷。因为皇上既然不许，臣下就不该强而为之，这在曾国藩看来也是为臣之道，且从此恪守不逾，无稍改变。
第二次是咸丰四年，咸丰帝得到湘军攻占武昌的奏报，一时忘乎所以，命曾国藩署理湖北巡抚。不料，某军机大臣一言触痛了他畏惧汉人的心病，从此惕然警惧，收回成命，再不肯将地方督抚大权授予这位湘军统帅，使之数年之间坐困长江中段，客军虚悬，受尽屈辱。
恰在此时，某大臣之言传入曾国藩耳中，更使他忧谗畏讥，伤心备至，担心自己也会像东汉时期的太尉杨震那样，含冤而死。他面对江西岌岌可危的军事形势，忧悴已甚，喟然长叹，对身边的好友刘蓉说：“当世如某公辈，学识才具君所知也，然身名俱泰，居然一代名臣。吾以在籍侍郎愤思为国家扫除凶 ，而所至龃龉，百不遂志。今计日且死矣，君他日志墓，如不为我一鸣此冤，泉下不瞑目也。”其对清政府不公不明的愤懑，可谓溢于言表。这样，咸丰元年至八年之间，尤其四、五、六、七几年，他的这种不满情绪就不可能不在日记中有所发泄。所以，当摹写石印本《曾文正公手书日记》出版之时，其他年份或间有删节，而上述时期则全行删除，以致在数十年日日相连的日记中，造成十几年的空档。《清稗类钞》称：“ 湘乡曾氏藏有《求阙斋日记》真迹，装以册页，得数十巨册，皆文正所手书。宣统纪元携至上海，将赴石印。中颇有讥刺朝政、抑扬人物处。或见之喜曰：‘此信史也。’意欲摘录，以卷帙浩繁而罢。及印本出，重览一过，则讥刺朝政、抑扬人物之处，皆删除净尽矣。”
第三次是咸丰七年，曾国藩基于上述情绪，先是闻讣上奏而不待谕旨，径直弃军奔丧回籍；继而假满不回江西军营，竟伸手向清廷要江西巡抚之权，否则宁可在籍守制。
不论曾国藩是何居心，此举皆有违臣道，有违友道，与其理学家的身份颇不相符，引起不少人的不满。其时，左宗棠正在湖南巡抚骆秉章幕中，对其大发议论，“肆口诋毁”，引起社会舆论的共鸣，“一时哗然和之”。曾国藩心亏理短，有口难辩，遂“得不寐之疾”。他在给郭昆焘的信中亦称：“以兴举太大，号召过多，公事私事不乏未竟之绪，生者死者犹多 负之言。用是触绪生感不能自克，亦由心血积亏不能养肝，本末均失其宜，遂成怔悸之象。”于是，在朋友的启发诱导下，曾国藩对自己数年间的言行，进行了全面、深刻地反省，从此幡然悔悟，改弦更张，于处事处人，尤其对清廷的态度与对策，进行了一番全面调整。例如某宰相云云，关键不在其怎样说，而在清朝皇帝如何听，说到底也不过是个揣摩上意，投其所好的问题。既然不能改变这种客观政治环境，而要成就大业，一展宏志，也就只有改变自己昔日的做法，更何况自己也确有错处。他在家信中说：“余生平在家在外，行事尚不十分悖谬，唯说些利害话，至今悔恨何及。 ”又在给郭嵩焘的信中说：“国藩昔在湖南、江西，几于通国不能相容，（咸丰）六、七年间浩然不欲复问世事。然造端过大，本以不顾生死自命，宁当更问毁誉？以拙进而以巧退，以忠义劝人而以苟且自全，即魂魄犹有余羞。”当然，其伸手向皇帝要权的做法，更属荒唐，绝非一代名儒所应有之举，即使纯然公心亦不当如此。所以，曾国藩自此之后，恪守臣道，不违友道，其事业能够获得成功，尤其在功高震主之下仍能身名俱泰，与这次大彻大悟、改弦易辙有很大关系。
不过，曾国藩只是改变了对清政府的态度，并非改变了自己对清政府的根本看法。清政府腐败依旧，满汉藩篱依然，只是曾国藩不再像以前那样痛心疾首，必欲一改其貌而后快了。这从他处世态度的变化就可以知其一般。此前对人总是持有一种“众人皆醉我独醒”的心态。其承办团练之初，越俎代庖，遭人反感，最后被赶出长沙，与此有很大关系。其做事亦必欲其成，必欲其速，其靖港之败与此不无关系。而再出领兵之后，处人则日趋圆滑，对事则不求速成，似乎有点听天由命的意味。他在给朋友的信中说：“千羊之裘非一腋可成，大厦之倾非一木可支。今人心日非，吏治日坏，军兴十年而内外臣工惕厉悔祸者殆不多见，纵有大力匡持尚恐澜狂莫挽，况弟之碌碌乎！”又说：“往岁志在讨贼，尚百无一成，近岁意存趋时，岂足更图千里！”还说：“国藩昔年锐意讨贼，思虑颇专。而事机未顺，援助过少，拂乱之余，百务俱废，接人应事，恒多怠慢，公牍私书，或未酬答。坐是与时乖舛，动多龃龉。此次再赴军中，消除事求可、功求成之宿见，虚与委蛇，绝去町畦。无不复之缄咨，无不批之禀牍，小物克勤，酬应少周，藉以稍息浮言。”他在家书中则称：“余此次再出已满十月，而寸心之沉毅愤发、志在平贼，尚不如前次之坚，至于应酬周到、有信必复，公牍必于本日办毕，则远胜于前。”又说：“兄自问近年得力，唯有一悔字诀。兄昔年自负本领甚大，可屈可伸，可行可藏，又每见得人家不是。自从丁巳、戊午大悔大悟之后，乃知自己全无本领，凡事都见得人家有几分是处。故自戊午至今九载，与四十岁以前迥不相同。大约以能立能达为体，以不怨不尤为用。立者，发奋自强，站得住也。达者，办事圆融，行得通也。吾九年以来，痛戒无恒之弊，看书写字从未间断，选将练兵亦当留心。此皆自强能立功夫。奏疏公牍再三斟酌，无一过当之语、自 之词。此皆圆融能达功夫。至于怨天本有所不敢，尤人则常不能免，亦皆随时强制而克去之。”
曾国藩的做法，甚至引起朋友们另一方面的忧虑和批评。郭嵩焘说：“曾司马再出，颇务委曲周全。龙翰臣方伯寓书少鹤，言司马再至江西，人人惬望，而渠独以为忧。忧其毁方瓦合，而任事之气不如前此之坚也。”又说：“方伯此语极有见地，时人知此义者鲜矣。”胡林翼也有类似的看法和忧虑，并曾一再致函向他提出批评。曾国藩在给毛寄云的信中则说：“今年春夏，胡润帅两次诒书，责弟嫉恶不严，渐趋圆熟之风，无复刚方之气。今者见阁下侃侃正言，毫无顾忌，使弟弥惭对润帅于地下矣。”
他对世人尚且态度如此谦谨，而对清朝皇帝就会更加恭顺，一扫昔日狂态了，且愈是后来功高震主、名满天下之时，个人不无屈抑之际，则更是如此。虽然郭、胡诸人对此变化曾一时不无忧虑，但从实践上看，无论对其本人还是整个集团，可谓失之者甚微，而得之者甚大。
第四次是咸丰十年，因英法联军逼近北京，清政府从各地调兵“勤王”，命曾国藩饬派鲍超率二三千壮勇“兼程前进， 期赴京，交胜保调遣”。
曾、胡二人既不愿因鲍超北上而影响安庆之役，更不愿将此猛将交到胜保手中。然“勤王”事关大节，不可讨价还价，遂致曾、胡二人一时陷入困境，集团内部也众说纷纭，莫衷一是。曾国荃恐撤安庆之围，坚决反对北上“勤王”，大约于举例论证之际，涉及到清廷高层决策与内部皇位之争，致犯武臣干政之大忌，引起曾国藩的极端惊惧，遂行严加训斥，逼令缄口。态度之决绝，口气之严厉，在历年家书中可谓空前绝后。可惜未能见到曾国荃的原信。然从曾国藩的回信中，仍能看出他当时的焦急心情和对清政府的政策，其与清政府缔结君臣之盟的政治动机，更是显而易见。所谓忠义云云，都是说给别人听的，决不会成为他们的行事准则和动力。
曾国藩在咸丰十年九月初十日的复信中称：“初九夜所接弟信，满纸骄矜之气，且多悖谬之语。天下之事变多矣，义理亦深矣；人情难知，天道亦难测。而吾弟为此一手遮天之辞、狂妄无稽之语，不知果何所本！恭亲王之贤，吾亦屡见之而熟闻之。然其举止轻浮，聪明太露，多谋多改，若驻京太久，圣驾远离，恐日久亦难尽惬人心。僧王所带蒙古诸部，在天津、通州各仗，盖已挟全力与逆夷死战，岂尚留其有余，而不肯尽力耶！皇上又岂禁制之而故令其不尽力耶？力已尽而不胜，皇上与僧邸皆浩叹而莫可如何。而弟屡次信来，皆言宜重用僧邸，不知弟接何处消息，谓僧邸见疏见轻，敝处并未闻此耗也。”又说：“分兵北援以应诏，此乃臣子应尽之分。吾辈所以忝窃虚名，为众所附者，全凭‘忠义’二字。不忘君谓之忠，不失信于友谓之义。今銮舆播迁，而臣子付之不闻不问，可谓忠乎？万一京城或有疏失，热河本无银米，从驾之兵难保其不哗溃。根本倘拔，则南服如江西、两湖三省，又岂能支持不败？庶民岂肯完粮，商旅岂肯抽厘，州县将士岂肯听号令？与其不入援而同归于尽，先后不过数月之间，孰若入援而以正纲常、以笃忠义？纵使百无一成，而死后不自悔于九泉，不诒讥于百世。弟谓切不可听书生议论，兄所见即书生迂腐之见也。”还说：“弟只管安庆战守事宜，外间之事不可放言高论，毫无忌惮。孔子曰：‘多闻阙疑，慎言其余。’弟之闻本不多，而疑则全不阙，言则尤不慎。捕风捉影，扣 扪烛，遂欲硬断天下之事。天下事果如是之易了乎？”“嗣后弟若再有荒唐之信如初五者，兄即不复信耳！”
归纳起来，曾国藩在信中谈了四层意思：一是戒骄戒妄，不可对自己不懂、不晓之事硬下断语；二是不可妄议朝政，触犯武臣之大忌；三是不可轻弃忠义的旗帜，否则无以号令天下；四是不可轻弃君臣之盟，否则必致孤立而失败。因曾国藩集团与清政府之间，虽有满汉矛盾和权利之争，但从根本上讲利害一致、命运相连，倘若清政府垮台，他们也势必陷于孤立，难以独存。然曾国藩所以对之声色俱厉，不仅为了陈明利害，让他懂得同满洲贵族缔结君臣之盟和高举“忠义”大旗的必要性，更重要的是要他知道维持这种同盟的必要条件。那就是，作为一个武臣，一定要恪守臣道，不可干涉朝政，既不能做，也不能说，强迫他这个不学无术、狂妄自大的胞弟闭起嘴巴，以免坏了自己的大事。因为他并不担心清政府垮台，也不打算北援。其根据是，在写此信之前，曾国藩已在李鸿章的启发下，断定英法联军必于强迫清政府订立城下之盟后而撤兵，并与李续宜商定以拖延之策逃避北援之计。况且，就他们对清政府的那些议论而言，曾国荃的话可能比曾国藩更接近实际，曾国藩也未必就没有听到这些议论，只是他不想让曾国荃议论此事而已。
总之，北援问题就像一块试金石。不仅暴露了曾国藩集团内战积极、外战消极的政治嘴脸，也揭示出他们同清政府之间君臣关系的实质。他们同满洲皇室之间，并非亲如家人，而是地主阶级内部，满汉之间基于共同利害而缔结的军事政治同盟。只是这种同盟不同于《三国演义》中的孙刘之盟，而是一个汉族地方军政集团同满洲皇室之间的同盟。其名分是君臣上下的关系，中央与地方的关系；其共同利益是镇压太平军、捻军等反清起义，维护封建制度。这个汉族地主阶级军政集团的相对独立性，如果在一般情况下还不明显的话，那么一遇到外国入侵问题，就会立刻突现出来。当时接奉北援谕旨的其他督抚，无不闻命而动，甚至有的并未奉有明旨，听到消息也连夜赴京“勤王”，只有曾、胡二人按兵观望，等候清政府同英法联军签约。其时，清政府也未必看不出他们的异心，然事后竟不置一词。其情形与八国联军入侵时李鸿章、张之洞、刘坤一、袁世凯的做法颇为相似，仿佛是四十年后“东南互保”的一次预演。因为他们是一个相对独立的军政实力集团，其形成、发展主要依靠自身的力量，不共戴天的敌人只有农民起义军。他们为了自身的利益，既可以同清政府结盟，也可以同外国侵略者结盟。清政府也只是利用他们手中的实力，无时无刻不把他们看作自己的异己力量、不想收回落入他们手中的实权，只是苦于没有条件而已。否则，就不会发生袁世凯被迫回籍养病的事。所以，对他们的要求与对待自己的心腹、亲信亦也有所不同。只是由于历史进程的不同，很多问题不如后来暴露得那么充分。
曾国藩的这封信确实重要。事态的严重加上曾国荃的一纸荒唐家书，逼得曾国藩不得不说出一些平时不肯说的话，从而使人们发现了不少平时难以发现的问题。大约正是由于这个缘故，曾氏后人一直将之深藏不露，使以往的出版物均无此信，直至近年才由岳麓书社公诸于众。
第五次是咸丰十一年，那拉氏、奕 发动宫廷政变，推翻赞襄制度，捕杀肃顺等赞襄大臣，使曾国藩等虚惊一场。
曾国藩曾在《日记》中几次谈及此事。咸丰十一年十一月十四日载：“接奉廷寄四件”，“中有谕旨一道，饬余兼办浙江军务。”“又抄示奏片一件，不知何人所奏。中有云，载垣等明正典刑，人心欣悦云云。骇悉赞襄政务怡亲王等俱已正法，不知是何日事，又不知犯何罪戾，罹此大戮也！”又载：“少荃来，道京城政本之地，不知近有他变否，为之悚仄忧皇。”还说：“余近浪得虚名，亦不知其所以然便获美誉。古之得虚名而值时艰者，往往不克保其终，思此不胜大惧。将具奏折，辞谢大权，不敢节制四省，恐蹈覆 负乘之咎也。”十七日载：“是日，雨竟日不止，天不甚寒冷，而气象愁惨。”“少荃来，与之鬯谈。因本日见阎丹初与李申夫书有云，赞襄王大臣八人中，载垣、端华、肃顺并拿问，余五人逐出枢垣。服皇太后之英断，为自古帝王所仅见，相与钦悚久之。”二十二日载：“张仲远寄周 甫一信，余拆阅。内言载桓、端华、肃顺等三人，肃顺斩决，载垣、端华赐自尽，穆荫发军台，景寿、杜翰、匡源、焦佑嬴革职，另用桂良、周祖培、宝 、曹毓英为军机大臣，始知前日廷寄中所抄折片中语之始末矣。因与幕中诸人鬯论时事。”
《曾文正公手书日记》系摹写石印出版，并非如《湘乡曾氏文献》那样原稿影印，故其内容曾被人多处篡改。除前引《清稗类钞》外，薛福成也曾谈及此事。其《上曾侯相书》编后按语称：“求阙斋乙丑五月日记云：‘故友薛晓帆之子福成递条陈约万余言，阅毕，嘉赏无已。’余在幕府，尝见文正手稿。近阅湖南刊本，归入‘品藻 ’一类，而讹为伯兄抚屏之名，想由校者之误。恐后世考据家或生疑义，故并及之。”查《求阙斋日记类钞》与《曾文正公手书日记》，果如所言。不过，此尚属校刊无意之误，或可查有实据，而事涉辛酉政变的记载是否经人篡改，那就无从可知了。
仅从现有记载看，曾国藩对这次政变的情况知之甚迟，且主要是从私人通信中得到的。当其初闻新元年号由祺祥改为同治，尤其赞襄王大臣八人皆被逮捕治罪之际，心中大为震惊，知京中出了大事，但却不明究竟。故数日间坐卧不安，天天与李鸿章密谈，甚至不惜私拆别人的信件来探求京中情报。当他知道政变的最后结局之后，方才放下心来，开始与身边的幕友公开谈论此事。然而，有件事虽然令他感到庆幸，但却万万不可提起。那就是他没有听从王 运的劝告，同肃顺联手反对那拉氏垂帘听政。据王 运之子王代功称：“文宗显皇帝晏驾热河，怡、郑诸王以宗姻受顾命立皇太子，改元祺祥，请太后同省章奏。府君与曾书，言宜亲贤并用以辅幼主。恭亲王宜当国，曾宜自请入觐，申明祖制，庶母后不得临朝，则朝委裘而天下治。曾素谨慎，自以功名太盛，恐蹈权臣干政之嫌，得书不报。厥后朝局纷更，遂致变乱，府君每太息痛恨于其言之不用也。”是否因为曾国藩不赞成王 运的政治主张，故而得书不报呢？不是。他曾对胜保关于近支亲王辅政的奏请大加赞扬，显然是同意“恭亲王宜当国”一条的。咸丰十一年十一月二十五日《手书日记》载：“阅胜克斋奏请皇太后垂帘听政，请于近支王中派人辅政，皆识时之至言。 ”皇太后垂帘听政之议扰攘已久，且此时已成定局，顺之者昌，逆之者亡，是无须表示的。唯近支亲王辅政一事系刚刚提出的，更何况曾国藩一向瞧不起胜保，说明他早就同意王 运“恭亲王宜当国”的主张。但是，他却不会像胜保那样，甘犯武臣之忌而为人火中取栗，最后竟被那拉氏砍了脑袋。不过，曾国藩“恐蹈权臣干政之嫌”亦非一般性格上的“谨慎”，而是基于历史教训和现实情况，为保全身家性命而思之已熟的根本之道。多年来他一直认为权臣不祥，“古来窃利权者每遘奇祸 ”，“处大权大位而兼享大名，自古曾有几人能善其末路者？”尤其咸丰七、八年间大彻大悟之后，一改昔日的傲气，态度愈益谦虚，行事愈益谨慎，言词之间尚严持武臣干政之戒，怎肯自请带兵进京，横断皇太后垂帘听政之路？再者，不接交京中权贵亦是曾国藩出任两江总督以来的行事原则，严树森曾因保奏倭仁等人受到无情地讥讽，他怎么会与如日中天的肃顺联手？据说，肃顺被诛后，“籍其家，搜出私信一箱，内唯曾文正无一字，太后叹息，褒为第一正人。”
不过，曾国藩不与肃顺交往，更不与之联手反对垂帘听政，或许还有另一方面的原因。那就是对肃顺执政以来的做法持有异议。咸丰九年他在给胡林翼的信中说：“近来科场事株连太广，夷事办理太柔，均不甚惬人意，常思一陈鄙愚。而回顾在外数年百无一成，言之滋愧，宁默默也。”从后来的情形看，曾国藩的思想主张与奕 更为接近，故辛酉政变只是使他虚惊一场，远没有同治四年那拉氏罢免奕 时，所给他带来的震动那么强烈。
第六次是同治三年正月，正当天京战事紧张、粮饷匮乏之际，江西巡抚沈葆桢事前不经协商，即奏请扣留原本解送雨花台大营的江西厘金归本省使用，使曾国藩骤然失去月入数万两的饷源。更为严重的是，户部不仅批准了这一奏请，还竟于复奏之中列出数笔并不存在的外省协饷，使曾国藩背上广揽利权、贪得无厌的黑锅，逼得他不得不起而愤争。
他不仅必须与沈葆桢争江西厘金，还必须向户部讨回清白。结果，户部虽不再提协饷之事，但仍将江西厘金之半划归沈葆桢，使曾国藩既失钱财又丢面子。最后虽以调拨轮船退款的办法解决了乏饷问题，但却使曾国藩从中感到清廷在明显地疏远自己，不由惕然警惧。
自同治元年身兼五钦差之职、六大臣之权，统兵十万、敛财六省以来，曾国藩深惧负权臣之嫌，受清廷疑忌，最后落个兔死狗烹的下场。他在家书中对老九说：“至阿兄忝窃高位又窃虚名，时时有颠坠之虞。吾通阅古今人物，似此名位权势能保善终者极少，深恐吾全盛之时不克庇荫弟等，吾颠坠之际或致连累弟等。唯于无事之时，常以危言苦语互相劝诫，庶几免于大戾。”为保身名俱泰，曾国藩除在态度上更为谦谨，恳请亲朋好友、部下僚属时时批评监督自己外，还在政治上采取了几项措施，诸如两次奏请清廷派亲信大臣赴天京城外监军，奏请天京攻克前不要再给曾家封赏，以及封疆大吏不得分掌朝廷用人大权等，直到清廷对他极表信任，无所疑忌，方使他暂时放下心来。不料，自同治二年湘军攻克太平军九 洲要塞，尤其苏州、杭州相继攻克之后，清廷对曾国藩的态度却发生了变化。而清政府在处理曾、沈厘金之争中右沈抑曾，尤其户部虚列每月十五万五千两白银的外省协饷，无疑是向他发出的一个信号，使他感到形势紧迫，不得不急切寻求自全之策。他在给亲友的信中说：“两接户部复奏之疏，皆疑弟之广揽利权，词意颇相煎迫。”而 “近来体察物情，大抵以鄙人用事太久，兵权过重，利权过广，远者震惊，近者疑忌。”又说：“长江三千里几无一船不张鄙人旗帜，外间疑敝处兵权过重，利权过大。盖谓四省厘金络绎输送，各处兵将一呼百诺，其相疑良非无因。”当然，曾国藩最害怕的还是清廷对他的疑忌。而在这种情况下，要想自保身家，也只有割舍一部分权利。故此他一再向亲朋好友表明心迹：“揆之消息盈虚之常，即合藏热收声，引嫌谢事”，“避贤者路。非爱惜微名，而求自全也”。又说：“自古柄兵之臣，广揽利权，无不获祸谪者。侍忝附儒林，时临冰渊，而使人广揽利权疑我，实觉无地自容。”还说：“自古握兵柄而兼窃利权者，无不凶于而国、害于而家，弟虽至愚岂不知远权避谤之道？惟舍弟引退之志更急于鄙人，此中先后之序，尚须妥商。”从中可以看出，曾国藩不愧一代儒将，深明以退求进、明哲保身之道，早在湘军攻陷天京之前，就已经做好了功成身退、割权自保的思想准备。不过，此所谓“舍弟引退之志更急于鄙人”则属谎言。后来事实证明，曾国荃根本没有功成身退的想法，且对被逼退隐一事极为不满。而曾国藩这样讲，不过是为将来的具体安排预设伏笔。曾氏兄弟太过招摇，其功成身退、割权自保是必然的，只是究竟怎么退尚须根据具体情况而定。而从各方面的情况看，则曾国荃先退的可能性更大些。所以，曾国藩要故意如此谬说，未雨绸缭。有了这一伏笔，将来也就可以左右逢源了。
第七次是同治三年六月，湘军攻陷天京之初。清廷先是不准曾国荃等八百里红旗报捷，迫使曾国藩重新上报，不得不让毫不相干的湖广总督官文领衔；继则食言自肥，赖掉咸丰帝收复江宁者封王的许诺，仅赐曾国藩一等侯爵；随之又以严厉的态度和口吻警告曾国荃等人不可骤胜而骄，并追查天京窖金与幼天王下落，使曾氏兄弟同清政府的关系骤然紧张起来，颇有剑拔弩张之势。
由于湘军破城后竞相烧杀淫掠，炸开的豁口无人把守，方使幼天王等千余人得以脱身而去。李秀成刚被送至雨花台大营，曾国荃就企图将之杀害，理由是“恐有献俘等事，将益朝廷骄也”，可谓狂妄之极。故清政府此举可谓切中要害，且已在军事上有所准备。当曾氏兄弟同太平军作最后的苦战时，清政府已在天京四周布有重兵，官文、富明阿、僧格林沁无不虎视眈眈地盯着他们的脊背。而在天京大发横财的曾国荃及其部下弁勇，则唯恐清廷真的要他们吐出吞到肚里的财货，内心极为恐惧和忿恨，决心不惜一切以维护自己拿性命换来的既得利益。据萧一山称，曾国荃及其部下将领曾集体劝进，欲仿陈桥故事，拥立曾国藩为帝。无论此事确实与否，而这种可能性当时确实是存在的。
此时的曾国藩，其内心深处未尝没有部下诸将同样的感受。一年后他在给曾国荃的信中说：“去年三、四月间，吾兄弟正当万分艰窘，户部尤将江西厘金拨去，金陵围师几将决裂。”而攻陷天京后，“部中新例甚多，余处如金陵续保之案，皖南肃清之案，全行议驳，其余小事动遭驳诘。而言路于任事有功之臣，责备尤苛，措词严厉，令人寒心。”满汉之间本来就界线分明。清政府既然如此对待功臣，起兵造反并非没有理由；夺回汉家江山亦未尝不大快人心。更何况，论及个人能力与资历，尤远非那拉氏、奕 所能相比。然曾国藩想得要比这深远得多，头脑也不像曾国荃那么简单。他心里非常清楚，清政府并非真的要追查天京窖金和幼天王下落，不过虚张声势，加大政治压力，逼迫曾国藩就范：或则匆忙起兵，或则杀羽自保，二者必居其一，且须迅速作出抉择，以免其势坐大，形成南北对峙之局。因曾国藩虽在镇压太平天国的战争中羽翼丰满，足可拥兵自立，但若与清廷争帝位，则须经几年的准备方有取胜的把握。故对清廷来说，长疼不如短疼，迟发不如速发，万不可让他积威养望，从容准备。在这种情况下，曾国藩只好选择杀羽自保之路。所谓杀羽，就是主动裁撤兵勇和停解外省厘金；所谓自保，就是保全身家名位和部属亲朋的既得利益，包括曾国荃及其部下在天京抢夺的金银财宝。于是，曾国藩在攻陷天京后主要为此做了两件事：一是裁撤或调离金陵地区的五万湘军，停解广东、江西厘金；一是采用软拖硬抗的办法，抵制清政府对天京窖金和幼天王下落的追查。他的具体做法是，对天京窖金下落来个死不认帐，明明被曾国荃的部下抢去，却硬说天京并无窖金，连自己也觉得奇怪。可说是瞪着眼睛说瞎话。而对幼天王的下落，则是随机应变，不择手段，必得保全曾国荃及其部下，以求大家相安无事。他先以幼天王自焚上报，继称其死于乱军之中，及至证据确凿、无法抵赖之时，则对上奏揭发此事的左宗棠反唇相讥：天京破城之际不过逸出一千多人，就要如此反复追查、定要严惩失职将领，若如杭州那样，太平军大开九门，逃出十万八万，那时又当如何？结果，清廷也只好不了了之，甚至连左、沈二人将幼天王解送京师的奏请也予以驳回，免致曾国藩过于难堪。
曾国藩与清廷所以这样做，是因为世间有一个胜利者无罪的原则，对功臣只可赏不可罚。当时，曾国荃及其部下已在天京发了横财，个个箱满筐溢，一心只想保住自己的这份财产，再不想为别的事打仗。然他们也曾为此付出了很大代价，受尽煎熬而不肯散去，就是为了最后能进城大抢一通。如果清廷或曾国藩威逼太紧，定治其罪，令他们吐出吞到肚里的宝物，他们必然铤而走险，起兵叛乱。所以，曾国藩对清廷严惩走脱幼天王失职将领的谕旨，坚决顶着不办，以安曾国荃等人之心。而清廷这样做，本来就是别有用心，意在逼曾国藩裁军辞饷，一旦曾国藩真的这样做了，追查之事也就达到了预期的目的，最妙之法也就莫过于不了了之了。
至于曾国藩为什么没有挥戈北上，代清自为，则大约有两个方面的原因，或则本来就无此野心，或因料无胜算而知难而退。曾国藩一生愁苦，时萌退志，常有生不如死之叹，或许真的没有称帝之心亦未可知。早在攻陷天京之前，他就曾在答复同年好友的信中表示：“年来忝窃高位，饱聆誉言，虽同年至亲如寄云、筠仙辈，亦但有赞美而无针砭，大有独夫之象，可为悚惶。惟自知之明尚未尽泯，不敢因幸获之战功，倘来之虚名，遂自忘其鄙陋。此差可为故人告者。然辖境太广，统军太多，责任太重，才力太绌，正不知以何日颠蹶，以何日取戾。万一金陵克复，拟即引退避贤者路，非爱惜微名而求自全也，实自度精神不复堪此繁剧也。”联系祁门被困时曾遗嘱曾纪泽，要他长大后不可为官更不可带兵，只可一心做学问云云，或许曾国藩的人生乐趣，属文治学更多于从军从政，真的素无称帝之心。倘若并非如此，当时不仅存在着曾国藩起兵造反的客观可能性，而且他也确实具有这样的主观意图，那么终未成为事实的原因，则只能是政治上尚乏准备，军事上尤无胜算，以曾国藩之明智不肯干此蠢事，远不如继续做清王朝的忠臣孝子更为有利。有人说曾国藩不愿称帝是因为忠君思想的制约，似乎他满有把握做成皇帝却偏偏不肯做，令不少人为之扼腕叹息。这不过是笔记小说的惯用手法，装饰文采而已，实则经不住认真推敲。因为作者仅提到有人拥戴和曾国藩拒绝两事，并没有对当时全国的政治军事局势，尤其湘淮军集团的实际状况做出分析，其拒绝的原因决不限于一条。且支配人们是否采取行动的最后关键并非道德规范，而是对根本利害的权衡。倘若曾国藩在方方面面真的具有取清自为的胜算，所谓忠君云云就绝不会成为他的思想政治障碍。因为按照儒家思想的逻辑，成者为王，败者为寇，君臣伦理并不妨碍改朝换代。试想自古开国明君取得天下，哪个离开暴力弑君和阴谋篡逆两途？然一旦权位到手，儒家的忠君道德就由对篡弑者的谴责，变为对新帝的诚心拥戴。曾国藩熟读经史，岂不知这番道理？
在这次战略退却中，曾国藩所遇到的另一棘手问题是曾国荃的出处。曾国荃不学无术，急功贪财，饕餮之名满天下。其每克一城必纵兵大掠，而大发横财之后则必回籍购置田产起盖大屋。其为人复张扬跋扈，不知禁忌，早在攻陷天京前即已恶名远扬，故清政府对他疑忌尤甚。同治二年三月曾国荃已由江苏布政使升任浙江巡抚，因正率军围攻天京而未赴任。按照清朝制度他是可以单独奏报军情的。然清政府却不准这样做，遇事只能由远在安庆的曾国藩转奏，不消说与左宗棠、李鸿章相比，甚至连个按察使衔兵备道都不如。攻陷天京的当天，同治三年六月十六日，按照曾国藩事先的安排，他与杨载福、彭玉麟联衔八百里驰奏报捷，随即受到清廷的严厉指责，抓住“大势粗定，遽回老营”一事横加罪名，“倘曾国荃骤胜而骄，令垂成之功或有中变，致稽时日，必唯曾国荃是问。”实际上不仅不承认他的捷报，而且节外生枝，故意吹求，以实施政治上的抑制和打击。曾国藩看透了清廷意欲将其排而去之的用心，遂于七月二十日奏请裁撤曾国荃所统兵勇之半的同时，提出是否准其本人回籍养病的问题，进行试探。称曾国荃“意欲奏请回籍，一面调理病驱，一面亲率遣撤之勇部勒南归”。而曾国藩本人尚未应允，“嘱以苟可支持，不必遽请开缺，姑在金陵安心调理，代臣料理善后事宜。”谁知清廷比曾国藩还急，尚未接到这一奏请，就对曾国荃当头又施棒赫，下旨追查天京金银的下落，令曾国藩“查明报部备拨”。并对之郑重警告道：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，孰可长承恩眷。”其后清政府虽在谕旨中假意挽留，将曾国藩奏折中的话重复一遍，但却绝口不提赴任本官之事，反而肯定曾国荃奏请开缺回籍的想法“合于出处之道。”曾国藩见事势难以挽回，更加坚定了自己原来的想法，遂于八月二十七日专折代曾国荃奏请开缺回籍养病，九月初四日即得到清政府的批准。其动作之快实出意外。不想，这下可惹恼了曾国荃。他本来就藐视清廷，心怀不满，加以缺乏涵养之性，遂于大庭广众之中将自己的愤懑之情公开发泄出来，致使曾国藩狼狈万状，无地自容。三年后他对自己的心腹幕僚赵烈文说：“三年秋，吾进此城行署之日，舍弟甫解浙抚任，不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。”原来这一次再次地陈请开缺回籍，都是曾国藩耍的政治把戏，曾国荃从无此意，都是阿兄背着他干的。不学无术的曾国荃既不懂兔死狗烹的道理，也不懂为臣之道，更不能理解胞兄的这番苦心。所以，曾国藩欲行退却之策以保身家名位，对这位不知进退的胞弟，非瞒天过海造成既成事实，然后迫其就范不可。“舍弟”的表现虽令曾国藩当众出丑，但他毕竟达到了自己的目的，解决了一个政治上的大难题，圆满完成了这次极为关键的退却。为了消解曾国荃内心的不平之气，待其四十一岁生日那天，曾国藩不仅专门指派能说会道的赵烈文前往劝慰，还亲自特写七绝十二首为他祝寿。据说，当曾国荃读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”一句时，竟然放声大哭，以泄胸中抑郁之气。
第八次是同治四年三月，那拉氏罢免恭亲王奕 的一切职事，妄加罪名，欲陷不测，引起曾国藩等人的极大恐慌，疑为清政府卸磨杀驴的信号。
曾国藩在三月二十八日的《日记》中写道：“是日早间阅京报，见三月八日革恭亲王差事谕旨，有‘目无君上，诸多挟制，暗使离间，不可细问’等语，读之寒心惴栗之至，竟日忡忡，如不自克。”于是，他苦思数日，便开始向心腹将领吹风试探，酝酿对策。四月三日他以巡察为名，相约驻扎裕溪口的水师将领彭玉麟赴下关一见，二人在一只小船中密谈良久，“言及国事与渠家事，欷 久之”。那么，他们究竟谈何国事呢？数日后彭玉麟在给朋友的一封信中说：“议政王为九江蔡寿祺以莫须有污蔑，致出军机，中外骇闻。伏思今上当极，两宫垂帘，实赖贤王公忠体国，上下一心，华夷钦服，始有今日中兴气象。何物蔡寿祺，丧心狂吠，以 人之授意，竟敢害于忠良。倭公不侃侃而言，亦竟阿于取好。议政其周召，若辈其管蔡乎？天下有心人能不愤恨欲死！不才欲以首领进词，而爵相极力劝阻，须俟城内动静，再作道理。兄不学无术，不平欲鸣，抑恨堇吐，其如愤火中烧何！” 还说：“小人道长，国家堪忧，残喘余生安得即赋归去，遁迹山林，不阅世事耶？”原来，令曾、彭二人言之感伤、“欷 久之”的“国事”，就是西太后罢黜恭亲王一事。看来他们共同的意见是，此事关系重大，决不可坐视不理。惟所不同的是，彭玉麟欲马上动手，领衔上疏谏争。而曾国藩则要他静观时变，必须从京中了解到更进一步的详情，弄清事情的原委，才能决定行止，不能仅根据一纸京报就采取行动。这件事说明，清政府追查天京窖金与幼天王下落，遭受打击的仅是曾国荃一伙。曾国藩集团的其他派系可能不闻不问，有的甚至会幸灾乐祸，煽风点火。这是因为他们太不得人心了。他们的所作所为，不仅使之在整个统治阶级中成为众矢之的，也在曾国藩集团中陷于孤立。倘若清政府欲行兔死狗烹之策，将湘淮将领一网打尽，他们就会由四分五裂走向一致，联合起来抗满自保。根据当时的形势，很可能形成南北对峙的局面，或如萧一山说的那样，挥戈北上，拥曾为帝，亦未可知。联系那拉氏死后，因摄政王载沣排斥袁世凯，拆散满洲皇室与汉大臣的联盟，从而导致清王朝迅速灭亡的事实，这种可能性并不是不存在的。只是后来那拉氏见风转舵，重新恢复了奕 “议政王”之外的其他主要职事，才避免了这种结局，曾国藩集团也仅只虚惊一场。
第九次是同治五年冬，因剿捻战争一时失利，清政府中途易帅，使曾国藩大丢脸面，陷入进退维谷的困境。
曾国藩自剿捻以来，屡受清廷的指责，防守沙河之策失败之后，更是接连不断，愈演愈烈。迨至同治五年冬，即已受到“寄谕责备者七次，御史参劾者五次 ”，使他感到再也干不下去了，只好自请革去钦差大臣之职和一等侯爵之位，以让贤者之路。然而，使他为难的是，天下之大竟无一个适当的安身之处。当时，曾国藩听到各种建议，有的劝其回籍省墓，有的劝其住京养病，有的请其回任江督，他以为皆不妥当。首先，回任江督行不通。因他辞职的理由是有病，“不能用心阅文，不能见客多说。既不堪为星使，又岂可为江督？”所以，既辞钦差就不能不连江督也一并辞去。其次，“乞归林泉亦非易易”，“若地方大吏小有隔阂，则步步皆成荆棘”。再次，“住京养病尤易招怨丛谤”。最后，曾国藩“反复筹思，仍以散员留营为中下之策，此外皆下下也”。他在给鲍超的信中也以此招为得计：“仆自去岁以来，寄谕责备者七次，御史参劾者五次，从无不平之意形诸言色。即因病陈请开缺，亦不敢求回籍，又不敢求进京，但求留营效力耳。”然实际上，此策则更加行不通。因为这样以来，不仅使后来者觉得碍手碍脚，倍生反感，且极易启人疑谤。正像有人说的那样，你留营中效力，谁人可以指挥？岂不是一舟双舵、一马双驭？同时，“维系军心之言与平日惧为权臣之意自相矛盾”，且有“挟军心以自重之嫌”。这前面一条可能导致李鸿章的坚决反对，他令其兄李瀚章劝曾国藩回任江督，即已显露此意。而后面一条更是曾国藩避之唯恐不及的罪名，是万万不可轻试的。当时也有人劝他直言极谏，陈明利害，以改变清政府的做法。他出于同一原因，不敢这样做。他在给尹耕云的复信中解释说：“窃观古来臣道，凡臣工皆可匡扶主德，直言极谏，唯将帅不可直言极谏，以其近于鬻拳也。凡臣工皆可弹击权奸，除恶君侧，唯将帅不可除恶君侧，以其近于王敦也。凡臣工皆可一意孤行，不恤人言，唯将帅不可不恤人言，以其近于诸葛恪也。握兵权者犯此三忌，类皆害于尔国，凶于尔家。故弟自庚申忝绾兵符以来，夙夜祗惧，最畏人言，迥非昔年直情径行之态。” 又说：“近有朱、卢、穆等交章弹劾，其未奉发阅者又复不知凡几，尤觉梦魂悚惕，惧罹不测之咎。盖公论之是非，朝廷之赏罚例随人言为转移，虽方寸不尽为所挠，然亦未敢忽视也。”就是说，可怕的不是御史而是为其撑腰的清廷，他们是根据朝廷的眼色行事的。朝廷发阅弹章，不过是放只氢气球，意在逼曾国藩交权退避，若竟倔强不服，必有更加厉害的后着，直至达到目的为止。曾国藩身为人臣，欲保名位，无论内心感受如何，都必须拿出对之忠诚驯服的样子，人君可畏，人言亦可畏。正像他在给李鸿章的信中所说的那样，“去冬以来，忧谗畏讥尤甚于昔”，“从此不居极要之任，或可保全末路耳”。最后，曾国藩迫于情势，不得不返回两江总督之任。因李鸿章剿捻急需两江之饷，若易他人为江督，则未必能够保障前线各军的饷运。既然李鸿章一再以此为请，他也就很难拒绝了。然而，这对曾国藩来说却是一件含羞忍辱之事，不仅令其数年之间心情不畅，且遗终生之悔。同治九年三任江督时复函友人称：“剿捻无功即当退处深山，六年春重回江南、七年冬莅任畿辅，皆系画蛇添足。”不过，这只能说明其内心的懊丧，事实上却无法真正这样去做。此可谓人在官场，身不由己。他坚信命运之说，大概这也是根据之一吧。
第十次是同治九年，曾国藩将天津教案办成典型的屈辱外交，使自己成为过街之鼠，众矢之的。清政府再次中途易帅，让他灰溜溜地再返江督之任。
其实，曾国藩的办案方针与清政府是大致相同的，其种种举措亦无不得到清政府的批准，不过隐瞒了法国天主教堂的一些罪行，没有如实上报而已。故舆论的冲击不仅针对曾国藩，也是针对清政府的。然专制时代有一条非成文法，国家最高决策一旦出现重大失误，只能指责经办大臣，不能指责皇帝。如南宋的秦桧，晚清的穆彰阿，多年来一直受到万人唾骂，对其本人固属罪有应得，但同时也是代皇帝受过。只是这一过程发生较迟，都是在老皇帝去世、新皇帝登极之后，朝廷大张其过，舆论骤起攻击，形成人人喊打的局面。而曾国藩则是现世现报，一转眼间功臣贤相就成了过街之鼠。社会舆论变幻如此之速，其重要原因之一就是清政府有意落井下石，乘机打击曾国藩，以便将他赶出畿辅要地。当全国舆论在醇亲王的带动下，群起攻击曾国藩的时候，那拉氏不仅公开宣称曾国藩“文武全才，惜不能办教案 ”，将刚到陕西的李鸿章调赴天津进行复查，还把曾国藩匆匆调回江南，以李鸿章取而代之。实际上是将天津教案办理失误的全部罪责，都推到他一人身上。其实，李鸿章最后仍以曾国藩的奏报结案，并无实质性的改变。原定死刑20名改为16名，也不是李鸿章争来的，而是俄国被杀四名只要赔钱，不要中国人抵命。正是清政府的这种做法，使全国舆论受到进一步的鼓舞，对曾国藩的攻击愈演愈烈，一发而不可收。对于这层原因，曾国藩当时就看得很清楚，只是不敢明言。他在给诸弟的家信中说：“余两次在京不善应酬，为群公所白眼，加以天津教案物议沸腾，以后大事小事部中皆有意吹求，微言讽刺。陈由立遣发黑龙江，过通州时其妻京控，亦言余讯办不公，及欠渠薪水四千两不发等语。以是余心绪忧悒。”显然，这些人不过是看清政府的眼色行事。他们从清政府对天津教案和曾国藩的处理中得到一个信息，知道曾国藩已经失宠，故会大着胆子这样做。曾国藩“心绪忧悒 ”的原因，也不只这些麻烦本身，而主要还是造成这些麻烦的深层原因，同清政府的关系愈来愈疏远了，自己的政治处境会越来越困难。
醇亲王奕 与叶赫那拉皇太后所以对曾国藩采取这种态度，也可能与曾国藩拒绝他们的有意拉拢有关。曾国藩调任直隶总督后，醇亲王奕 曾一再向其致意，但都遭到了他的拒绝。同治八年春奕 托曾国藩的好友朱学勤转致一信，对曾大加赞扬。曾国藩没有复信，仅在给朱学勤的信中解释说：“醇邸慎所许可，乃独垂青于鄙人，感惭无已。敝处函牍稀少，未便于醇邸忽改常度。”同治九年春奕 又托曾国藩的另一好友黄倬转寄诗文，以求应和。曾国藩亦没有回信，仅在给黄倬的信中解释说：“醇邸于敝处折节下交，拳拳挚爱，极为心感。兹承转寄见赠之作，诗笔既工，用意尤厚。惟奖许过当，非所敢承。理宜奉笺致谢，缘弟处向来书札稀少，朝端贵近诸公多不通问，未便于醇邸特致私爱，致启他嫌。素不工诗，亦未能遽成和章。稍暇当勉成一首奉呈，以答盛意，聊申谢悃。晤时尚望先为代达鄙意，至荷，至荷。”醇亲王的用意是很明显的。他是恭亲王之弟，同治帝之叔，那拉氏的妹夫。长期以来，他与那拉氏紧密勾结，欲与奕 一争高下，至于不惜主动拉拢湘淮军帅，以加强自己的地位。不过，曾国藩不与奕 交往，不仅避交接权贵之嫌，更为避内外交通之嫌。历代王朝皆严禁亲王与外藩之间私下交通，以杜绝王位之争。故前者可能关乎个人名声，而后者则可能招致灭族之祸。事实上即使没有那么严重，亦远非大臣所宜。曾国藩对此惕然警惧，远嫌避祸，亦属恪守臣道之举。然而，这样一来却深深地得罪了醇亲王，或则衔恨于心，或则疑为恭党，遂乘天津教案之机对之攻击不遗余力，必欲去之而后快。不料，曾国藩固不知趣，李鸿章亦未满所望，复转而拉拢左宗棠。据说，左宗棠入值军机处，主要出于奕 的推动，意在取代恭亲王。只是左宗棠更不知趣，最后只好作罢。或者，如此等等，皆出于那拉氏的授意，亦未可知。
历史事实表明，天津教案后再返江南，标志着曾国藩同清政府的关系进入了一个新阶段。湘军攻陷天京后，清政府深怕他真的要做皇帝，既忌其手握大权又忌其功高震主。待其停解外省厘金、大量裁撤金陵湘军后，手中失去挥戈北上的实力，也就不再对清廷构成威胁。然其威望尚存，仍有功高震主之嫌。其后剿捻无功，中途下台，已是威名大损，今不如昔。迨至三莅江督之任已是威信扫地，则完全失去对清廷的威胁，即使重握攻克天京前的兵饷实力，也不可能取清自为了。与此同时，清政府在曾国藩心目中的分量亦是越来越轻，中兴幻想一步步破灭，悲观情绪愈来愈重，从而构成其心情不畅的另一原因。
曾国藩系道光朝旧臣，因穆彰阿的荐赏而平步青云，十余年间跻身卿贰，成为清代罕见之事。然自从军以来屡遭疑忌，长期不得其位，心情甚感压抑，恨不得找个地方“痛哭而一倾吐也”。自咸丰十年出任江督，尤其那拉氏、奕 政变上台之后，曾国藩一度兴高采烈，以为中兴有望，对国家前途充满信心。然其心腹幕僚赵烈文不同意这种看法，遂引发二人间的多次辩论。同治六年夏，一次闲谈中曾对赵说：“都中来信云，都门气象甚恶。明火执仗之案时出，而市肆乞丐成群，甚至妇女亦裸身无裤。民穷财尽，恐有异变，奈何？”赵说：“天下治安一统久矣，势必驯至分剖。然主威素重，风气未开，若非抽心一烂，则土崩瓦解之局不成。以烈度之，异日之祸必先根本颠仆，而后方州无主，人自为政，殆不出五十年矣。”曾“蹙额良久”说：“然则当南迁乎？”赵说：“恐遂陆沉，未必能效晋、宋也。” 曾说：“本朝君德正，或不至此。”赵说：“君德正矣！而国势之隆，食报已不为不厚。国初创业太易，诛戮太重，所以有天下者太巧。天道难知，善恶不相掩，后君之德泽未足恃也。”曾说：“吾日夜望死，忧见宗 之陨，君辈得毋以为戏论？”赵说：“如师身分，虽善谑，何至以此为戏！”此后，二人又争辩数次，对形势的看法基本一致，而分歧的焦点则集中在清政府的评价上，即它究竟是否有能力扭转这一江河日下的形势。一日，赵说：“在上海见恭邸小像，盖一轻俊少年耳，非尊彝重器，不足以镇百僚。”曾说：“然貌非厚重，聪明过人。”赵说：“聪明信有之，亦小智耳。”“至己为何人，所居何地，应如何立志，似乎全未理会。”“ 身当姬旦之地，无卓然自立之心，位尊势极而虑不出庭户，恐不能无覆 之虞，非浅智薄慧、涂饰耳目之技所能幸免也。”曾国藩则以 “本朝君德甚厚”、那拉氏“乾纲独断”应之，且举“勤政”、“免征”、“免报销”及处理官文数事以为证，称“数者皆非亡国举动，足下以为如何？”赵烈文对之逐条批驳，并进而指出：“三代以后论强弱不论仁暴，论形势不论德泽。即如诸葛辅蜀，宫、府甚治而卒不能复已绝之炎刘；金哀在汴，求治颇切而终不能抗方张之强鞑。人之所见不能甚远，既未可以一言而决其必昌，亦不得以一事而许其不覆。”又说：“夫以君德卜国祚之穷长，允矣。而中兴气象，第一贵政地有人。奄奄不改，欲以措施一二之偶当默运天心，未必其然也。”曾国藩当时虽无言以对，但心中仍未服气。时隔两月，复因总理衙门“殷殷下问”而“喜动颜色”，并大发感慨道：“此折所关甚大。枋国者能如此，中兴其有望乎？”又说：“国运长短不系强弱，唯在上者有立国之道，则虽困不亡。如金主亮南牧，宋社岌岌。虞允文之战，小胜不足言，顾孝宗忠厚恺悌，其道足以保身保家。天即使金人内变，海陵被弑，以全赵氏之宗 。金祚未可遽陨，又生世宗以休息之。其妙如此，圣人所以动称天命也。”这就是说，直到此时曾国藩仍心存侥幸，祈盼望清王朝能偏安一隅，不至“陆沉”，总以为尚不存在“抽心一烂”的问题。
然而，当其重游京师，亲睹清政府的帝后王公及当轴政要之后，连这最后一点信心也没有了。同治八年夏，应调赶赴直隶的赵烈文刚到保定，曾国藩就立刻向他吐露心声，从而为他们多次争论的问题做出最后结论。他说：“两宫（指慈安、慈禧两太后）才地平常，见面无一要语；皇上冲默，亦无从测之；时局尽在军机恭邸（指奕 ）、文（指文祥）、宝（指宝 ）数人，权过人主。恭邸极聪明而晃荡不能立足；文柏川（即文祥）正派而规模狭隘，亦不知求人自辅；宝佩衡（即宝 ）则不满人口。朝中有特立之操者尚推倭艮峰（即倭仁），然才薄识短。余更碌碌，甚可忧耳。”就是说，在清政府整个决策层中，根本没有出类拔萃之才，足可力挽狂澜，救清政府于当亡之时而不亡，完颜、赵氏在强敌威逼下苟延一隅的历史，再也无法重演了。
不过，曾国藩于极度失望之中，仍对清政府抱有感激之情，盖同宋朝相比，清政府毕竟对他宽大得多。在其攻陷天京之后，虽功高震主，颇有取清自为的条件，清政府亦仅只剥夺其足可“图谋不规”的资本，即手中握有的兵权、利权及个人威信，一旦以实际行动表明自己恪守臣道、并无称帝之心，则不仅保住了其身家性命，也保住了自己的名誉地位，即作为一个功臣所应当得到的一切。就是说，清王朝虽疑忌功臣，但与宋朝相比要轻得多，对功臣的处理也宽大得多。故曾国藩等湘淮将帅的命运，要比岳飞等人幸运得多，遂使曾国藩对此感激不尽。他曾对人说：“南宋罢诸将兵柄，奉行祖制也。”“韩、岳等军制，自成军、自求饷，仿佛与今同”，然最后结局却大相径庭。又说：“宋世鉴于陈桥之变，于将帅得人心者猜忌特甚。北宋如王恭武、狄武襄均为正人所纠劾，不获大用。南宋秦氏亦以军心归附，急谋解张、韩、刘、岳之兵柄。”“我朝宽大诚明，度越前古，国藩与左、李辈动辄募勇数万，保获提镇以千百计，朝廷毫无猜疑。仆辈亦不知有嫌可避，坦然如鱼之忘于江湖，如足适而忘履，腰适而忘带。”这些话虽是同治六年说的，亦难免美化之意，但大致与实际情况吻合，清政府基本上还算“宽大诚明 ”。他虽然曾在咸丰五、六年间和攻陷天京前夕，颇为能否保全末路而心怀疑惧，同治四年亦曾怀疑那拉氏会屠戮功臣，但毕竟身名俱泰，没有发生东汉夕阳亭、南宋风波亭之事。这说明曾国藩与那拉氏双方，都接受了历史教训，在一定条件下相互妥协、相互克制，从而避免了历史悲剧的重演。倘若其中一方超越界限，不知自律，则很可能破坏君臣之盟，导致同归于尽的结局。所谓“君使臣以礼，臣事君以忠”，并非凭空设想的道德规范，而是历史经验的总结。更何况此亦并非怂人听闻或凭空假设，只要重温清末民初的历史，就可明白其中的道理。正是由于那拉氏死后，摄政王载沣以新政为名罢免袁世凯，从而拆散了满洲贵族同汉族军政官僚集团的联盟，尤其破坏了双方政治上的相互信任，方导致袁世凯再度上台之后，在完全有力量攻占武昌的情况下按兵不动，利用革命党人逼清帝退位，又在打败革命党后洪宪称帝，虽几经周折、费时数载，亦同取清自为相差无几。对于这一历史现象，仅用个人品行、有否政治野心来解释显然是很不够的。因为决定人们一切行动的最终驱动力不是道德，而是利害。对袁世凯来说，这是他所能看到的对之最为有利的唯一选择。他不是岳飞，不可能仍对一个不可信赖的清王朝徒效愚忠；他不是革命党，也不可能忠于共和制度。即就个人品德而论，假如袁世凯真的时怀退志、根本不计较个人的出处，他就会毫不犹豫将辛亥革命扼杀于血泊之中，难道这就一定会得到比今天更好的历史评价吗？他既然视权位如性命，也就不会听任自己手中的大权落到革命党手中，二者必居其一，难道还有其他可能吗？只是多年以来，研究辛亥革命的学者多注重于革命经验的总结，痛恨袁世凯的背信弃义，很少有人从清政府得失利害的角度总结这一经验教训，更不会将它与曾国藩的功成身泰联系起来，故很少引起人们的注意。
以上十条主要是讲曾国藩如何处理同清政府的关系，对于整个曾国藩集团来说虽然至关紧要，但却并非它的全部，而其他成员对清政府的态度与对策，则表现于双方对地方政权的争夺之中。这对曾国藩集团来说亦同样具有重大意义。因为作为汉族地主阶级新贵的曾国藩集团，通过一场战争固然为满洲贵族保住皇位，仍须对之俯首称臣，但却乘机取得半数以上的省级地方实权，隐掌半壁山河，从而成为晚清史上最大的地方实力派。
清政府为了取得战争的胜利，将太平天国革命尽快地镇压下去，十余年间不得不忍痛割爱，把很大一部分地方大权交给领兵作战的湘淮军将帅，使这些原本无权无位、身份平常的书生，一跃而成为清政府的一二品大员。不过，清政府在大量放权的同时，心里还想着另外一件事，那就是力防他们将来尾大不掉，危及其自身的地位。为此，清政府拟定种种防范措施，对于不同的省份、官缺及受权人员，采取不同的办法。例如，总督一职，两江、直隶、闽浙、云贵等其他缺位皆可授予曾国藩集团的成员，唯湖广总督一席却长期握在自己手中，不肯授予他们中的任何人。又如巡抚一职，清政府在很长一个时期，可以授予江忠源、胡林翼，却偏偏不肯授予曾国藩。署理鄂抚，旋予旋夺；自请赣抚则宁可让其回籍闲居，也不肯一遂其愿。至于曾国荃的命运尚不及乃兄。补授浙江巡抚，攻陷天京前不许单独奏事，攻陷天京时不许单独报捷，攻陷天京后则既不许赴任也不许奏事，唯恐江浙财富之域落到曾家手中，逼得曾国藩不得不强奸弟意，代请辞职。授予湖北巡抚，却让他处处受制于总督，连朝廷发来的寄谕也要到督署领阅。这样，曾国藩集团同清政府之间，尤其曾氏兄弟同清政府之间，在地方权力的授予上就不可能不发生一些矛盾，投钩诱钓和巧取强夺之事自不可避免。然曾国藩集团经过十几年坚持不懈的努力，通过各种各样的方式，终于将很大一批省份的大权，尤其东南半壁江山，牢牢控制在自己手中。兹大致以地域为序，就曾国藩集团取得地方大权的过程简述如下。鉴于这一时期例行督抚专政，地方大权操于督抚手中，故此陈述以督抚的任免为主线，司道提镇基本略而不计。
曾国藩集团对地方大权的争取首先从两湖开始，他们同清政府之间，围绕权力之争的种种恩恩怨怨，也首先从这里开始。而湖南是曾、胡、左、江的故乡，其筹饷、募勇亦首先从这里开始，他们要在这里生存、发展，就不能没有地方政府的支持。所以，他们同地方政府的分合向背问题，从湘军萌发之时即已存在，而王 状告湘乡县令之事则开其滥觞。其时双方势如水火，各不相让，根本不可能联合起来共同对付农民的反抗活动，更谈不上镇压组织严密的反清起义军。其后事态的转机始于朱孙诒调任湘乡县令，一改前任所为，大肆笼络当地士绅，不仅依意另立钱粮征收新章，还令其头面人物各得其所：聘王 为幕僚、举罗泽南为孝廉，拔刘蓉为文童，遂使湘乡率先成为官绅一家、联手制民的典范。从此，湘乡县令虽一换再换，但无不唯士绅之命是听，致使该邑不仅成为曾国藩集团所控制的第一个地方政权，而且成为他们最初接管地方政权的一种模式。故湘乡之举既是曾国藩集团逐步夺取地方政权的前奏，也是这一行动正式开始前的一次演示，对他们来说，无论其实践上与理论上，都有着重要意义。否则，他们的历史将重新改写。
当太平军围攻省城长沙的时候，整个湖南也如湘乡县一样，很快形成官绅一家、联手对付农民起义军的政治格局。由于新任湖南巡抚张亮基熟习曾、胡、左等人，且一向与之关系良好，充分信任和依靠湖南士绅，遂采纳胡林翼的建议，礼聘左宗棠入幕主持军政大计，对之言听计从，实际情形同后来骆秉章抚湘时极为相似，巡抚居其名，师爷行其实。从长沙守城到镇压征义堂起义，以至征调各县练勇赴省交由曾国藩集训，从而成为创立湘军之始，无不出自左宗棠的手笔。曾国藩出山之初诸事办理顺利，也是这个原因。其后，他与湖南地方官员之间矛盾重重，屡生波澜，则是由于张亮基调离湖南，左宗棠随之而去的缘故。迨及左宗棠重入湘幕，曾国藩在湖南的处境亦随之大为改善。这是因为曾国藩集团通过这种间接的方式，再度掌握了湖南的大权。咸丰皇帝所以对左宗棠之事大为震惊，且不听骆秉章的辩解，想必通过樊燮一案，复联想到左宗棠屡调不出的往事，从而弄清湖南大权旁落的真相，视为劣幕操纵的典型，决心依照祖制，严加整治。其后所以放弃追查并转而重用左宗棠，则因迫于战争形势而不得不从权处置，只求良好结果，不问具体过程。就是说，咸丰皇帝实际上认可了这件事，不管由谁掌权，由谁来办，只要能把太平军镇压下去就行。“老亮”左宗棠离开骆秉章幕府之际，又推荐“小亮”刘蓉以自代，使曾国藩集团继续隐操湖南一省大权，与左宗棠时期没有什么不同。直到咸丰十年骆秉章调赴四川，毛鸿宾出任湖南巡抚，曾国藩集团才告别了这种暗中操纵的历史，名正言顺地掌握了湖南的大权。
同湖南相比，湖北的情形则既有类似又有不同。相似之处在于也同样经历了一个由隐蔽掌权到公开掌权的过程，不同的是双方的角色不同，持续的时间不同，而权力之争则更为曲折隐蔽，牵扯面也更大、更深。这不仅缘于督抚同城之故，还因它的政治地位和地理位置比湖南更为重要。咸丰二年底曾国藩出山不久，张亮基调署湖广总督，他不仅同胡林翼关系密切、引左宗棠为心腹，而且处处同情与支持曾国藩，故在实际上成为他们的后台。咸丰三年张亮基调抚山东，吴文 接任湖广总督。吴文 同曾国藩有师生之谊，对胡林翼甚为器重，亦无形中成为他们的靠山。只是好景不长，上任半年即败死黄州，使他们空喜欢一场。咸丰四年曾国藩带兵攻占武昌，咸丰帝一时高兴，令其署理湖北巡抚。然却很快反悔，收回成命，任命一向同曾国藩作对的陶恩培为湖北巡抚。咸丰五年陶恩培战死，胡林翼受命署理鄂抚。因胡林翼手中无兵，名气不大，又得文庆的暗中支持，故清政府尚无疑惧之心，肯将湖北巡抚之位授予他。但由于湖北位居长江上游，军事上具有特殊的战略地位，故不肯将一省之权交给汉员巡抚，特命原荆州将军官文任湖广总督，主持全省军政大计，使胡林翼纵有 天之能也难以施展。又因官文系满洲贵族、咸丰皇帝的亲信，地位难以动摇。故胡林翼不得不听从别人的劝告，对之曲意奉迎、倾心结交，令其诚心感佩，言听计从，从而达到独操一省大权的目的。薛福成曾专门着文谈论此事。其时，官文驻长江北岸，主上游军政，胡林翼驻南岸，主下游军政，“督抚相隔远，往往以征兵调饷互有违言。僚吏意向，显分彼此，抵牾益甚。”加之双方办事作风大相径庭，“文恭（指官文）于钜细事不甚究心，多假手幕友家丁”，“诸所措注，文忠（指胡林翼）尤不谓然。”咸丰六年底，湘军再次攻占武昌后，胡林翼“位望日益隆，文恭亦欲倚以为重。比由荆州移驻武昌，三往拜而文忠谢不见也。或为文恭说文忠曰：‘公不欲削平巨寇耶？天下未有督抚不和而能办大事者。且总督为人易良坦中，从善如流。公若善与之交，必能左右之，是公不翅兼为总督也。合督抚之权以办贼，谁能御我？’文忠亟往见文恭，推诚相结纳，谢不敏焉。” 胡林翼为了取得官文的好感，甚至不惜讨好其小妾，请其母将之收为义女。于是，两家往来益密，馈问无虚日，二人之交亦益固。左宗棠以幕僚隐操一省大权，而胡林翼则以交欢官文的办法兼有总督之权，故其情形颇为相似。所不同的是，胡林翼不仅以此独掌一省大权，且通过官文影响清政府的决策，借以实现曾国藩集团的政治意图。例如，先后两次分别奏留奉旨入川的曾国藩、左宗棠共图安徽，保奏刘蓉超升陕西巡抚等，都是由官文出面，按照胡林翼的意图向清廷奏准的。正像薛福成说的那样，“朝廷以文恭督湖广数年，内靖寇氛，外援邻省，成功甚伟，累晋大学士，授为钦差大臣，宠眷隆治。文恭心感文忠之力，而文忠亦益得发舒。凡东南各省疆吏将帅之贤否进退与一切布置，每有所见必进密疏，或与文恭会衔入告。文忠所引嫌不能言者，亦竟劝文恭独言之， 谟所定，志行计从。”故“人谓文忠有旋干转坤之功，不仅泽在湖北也。”徐宗亮的说法略有不同，而其某些细节则较为详尽。其《归庐谈往录》称：“当武汉初复，文忠由湖湘，文恭由襄汉，分为两岸。麾下文武各有所主，议论颇不相下，两公遂成水火之势。文忠一日具疏参文恭十二事，先遣人示意请改，文恭闭不纳。时宝庆守魁联荫庭被议随营，周旋两府间甚洽，因诣文恭言曰：‘今天下大事专倚湘人，公若能委心以任，功必成、名必显。公为大帅，湘人之功皆公之功，何不交欢胡公，而为一二左右所蔽乎？某请往说胡公，使下公。’旋又过文忠言曰：‘官公忠实无他肠，友谊极重。公若与结好，凡事听公，决无后虑。若必劾去易能者，未必悉唯公所为，公其思之。’两公甚然其言，前隙遂释。魁又促文恭先过文忠布心腹，于是结为兄弟，家人往来如骨肉焉。” 薛福成曾任曾国藩、李鸿章幕僚，徐宗亮曾任胡林翼幕僚，他们的记载还是较为可信的。而魁联曾任湖南宝庆知府，同湘军将帅关系密切，塔齐布、普承尧所先后统带的宝勇，就是由他募练的。后又得官文赏识，由湖南按察使被劾降为候补知府后，复应聘赴湖北为其管理营务。故能取得官、胡双方的信赖，担当起为他们疏通关系的重任。
然而，官文只是出于个人私谊信任胡林翼一人，对曾国藩集团的其他成员并无好感，遂致咸丰八、九两年连出大故，李续宾在安徽三河全军覆没，左宗棠因樊燮案几陷大狱，皆官文一手造成，使官、胡关系出现新的危机。《湘军志》称，当驰救庐州的李续宾自感兵单复又“名重耻退”之际，乃“发书湖北请益师。”其时，“续宾弟续宜将四千人屯黄冈，唐训方将三千人道英山援淮北，未行。林翼已持丧还葬，官文得书笑曰：‘李九所向无前，今军威已振，何攻之不克，岂少我哉？’遍示司道，皆以续宾用兵如神，无所用援。续宾虽请援，亦不肯留军示怯懦，则进三河”，遂致败死。而《藤花馆掌故笔记》则说，李续宾驰救庐州之时，“ 胡文忠亦守制，居益阳故里，鄂中军务由官文恭主持。文恭颇不嫌于忠武（指李续宾）”。李续宾闻太平天国陈、李大军将至，“飞檄告急于鄂，文恭以疲卒予之，曰‘迪庵善用兵，能化弱为强也。’忠武家人闻皖事急，与文正议，欲驰书令退军。未发，而三河全军覆没之耗至。”胡林翼对之痛心疾首，引为已罪，通报全省司道官员，称吾“与迪庵共事最久，弃之以归，致全军殁于异域”，而对负有直接责任的官文，岂不更为憎恶？遂使双方关系再度产生裂痕。更为严重的是，这件事过去不久，又发生奏劾左宗棠一事，必欲置之死地而后快。联系到官文的其他劣迹，终令胡林翼痛恨难忍，意欲再举弹章，劾之以去，后听从阎敬铭的劝告而罢。薛福成称，左宗棠“既被严劾，文忠愠不言”。“文恭有门丁颇为奸利，奔竟无耻者多缘以求进。文忠所素欲参劾者，文恭或荐之得居要地。府中用财无訾省，不足则提用军饷，耗费十余万金。文忠积不能平，独居深念，若重有忧者。当是时，今协揆朝邑阎公以户部员外郎总理粮台，兼运帷幄筹，往谒文忠，请间言事。文忠屏人，以督府事告之曰：‘方今筹饷如此艰难，而彼用如泥沙；进贤退不肖大臣之职也，而彼动辄乖谬。今若不据实纠参，恐误封疆事，为朝廷忧，吾子以为奚若？’阎公对曰：‘误矣。夫本朝二百年中，不轻以汉人专司兵柄。今者督抚及统兵大臣满汉并用，而焯有声绩者常在汉人，固由气运转移，亦圣明大公无私， 刮畦畛，不稍岐视之效也。然湖北居天下之冲，为劲兵良将所萃，朝廷岂肯不以亲信大臣临之？夫督抚相劾，无论未必能胜，就使获胜，能保后来者必胜前人耶？而公能复劾之耶？且使继之者或励清操、勤庶务，而不明远略，未必不颛已自是。彼官至督抚，亦欲自行其意，岂必尽能让人？若是则掣肘滋甚，讵若今用事者胸无成见，依人而行？况以使相而握兵符，又隶旗籍，为朝廷所倚仗，每有大事，可借其言以得所请。今彼于军事饷事之大者，皆唯公言是听，其失祗在私费奢豪耳。然诚于天下事有济，即岁捐十数万金以供给之，未为失计。至其位置一二私人，可容者容之，不可容则以事劾去之。彼意气素平，必无迕也。此等共事之人，正求之不可必得者，公乃欲去之何耶？’胡公击案大喜曰：‘吾子真经济才也！微子言，吾几误矣。’由是益与文恭交欢无间言，文恭亦敬服之终身。”虽然如此，清政府仍对胡林翼多方限制，使之大受压抑。同治五年八月曾国藩致函新任鄂抚曾国荃说：“胡润帅奉朱批不准专衔奏军事，其呕气百倍于弟今日也。”
胡林翼死后，官文再也不会象昔日对待胡林翼那样对待后来者。据说，胡林翼刚刚去世，官文就派人将巡抚衙门的全部文书档案取走，从此独掌全省军政大权，再无抚院主政之事。同治元年曾国藩在一封奏折中说：“官文休休有容，遐迩共知。然昔日之待胡林翼，事无大小，推贤让能，多由抚署主政。今之待严树森，资有浅深，军政吏治多由督署主政。” 这样，胡林翼后的继任者，虽有几位属于曾国藩集团的骨干人物，但他们所能掌握的实际权力，也就很有限了。胡林翼病重期间曾奏准以李续宜署理鄂抚，临终之际又奏荐李续宜自代。据说，官文亦有此请，故一时尚可相安无事。然次年即发生变动，清廷令李续宜移抚安徽，湖北巡抚由原胡林翼心腹幕僚、时任河南巡抚的严树森调补。官文大概不喜欢此人。严树森赴任不久即遭弹劾，虽经曾国藩多方辩解当时没有落职，官文也勉强接受下来，但为时不到两年即被劾降调以去。其后鄂抚人选频繁改动，直到同治四年底皆不是湘淮人物，也无人足以同官文抗衡。
同治五年正月曾国荃由晋抚调任鄂抚，一到武昌就与官文展开了权力之争。据说，任命曾国荃为湖北巡抚的谕旨甫下，因湖北布政使唐际盛“虑沅来鄂不利于己，遂代官拟一折，请沅公不接巡抚印，径出境任军事。官不可。唐计既沮，退即写折底寄归湘中，传之于众，妄言官已密奏，冀尼沅行。沅得之大怒”，“即莅鄂，不肯接印者旬日”。后经人劝解，“沅意稍释”，官文复“奏放沅为帮办”。且军机处廷寄谕旨不直达抚署，每由官文转交。曾国荃不能忍受这种屈辱，遂于离开省城而未至剿捻战场之际，不听曾国藩的劝阻，上奏弹劾官文。
曾国荃采取行动之前，曾向曾国藩透露此意，曾国藩复信劝阻，令其“缓图”。其两次提到的“顺斋排行”之说，不知出于何典，而联系末尾“胡润帅奉朱批不准专衔奏军事，其呕气百倍于弟今日也，幸稍耐焉”一段，似指参劾官文一事。岳麓书社为该信所作的提要亦称“参劾一事缓图”，可见该书编者也持有这种看法。曾国藩阻挠此事的理由有三，一怕受到报复，二怕遭人议论，三怕牵连自己。他说：“顺斋排行一节，亦请暂置缓图。此等事幸而获胜，而众人眈眈环视，必欲寻隙一泄其忿。彼不能报复，而众人若皆思代彼报复者。吾阅世最久，见此甚明。”并举自己与毛鸿宾参劾他人的教训说：“陈、黄非无可参之罪，余与毛之位望积累，尚不足以参之，火候未到，所谓燕有可伐之罪，齐非伐燕之人也。以弟而陈顺斋排行，亦是火候未到，代渠思报复者必群起矣。苟公事不十分掣肘，何必下此辣手？”又说：“吾兄弟位高功高，名望亦高，中外指目为第一家。楼高易倒，树高易折。吾与弟时时有可危之机，专讲宽平谦巽，庶几高而不危。弟谋为此举，则人指为恃武功、恃圣眷、恃门第，而巍巍招风之象见矣，请缓图之。”还说：“星冈公教人常言：‘晓得下塘，须要晓得上岸。’又云：‘怕临老打脚棍。’兄衰年多病，位高名重，深虑打扫脚棍，蹈陆、叶、何、黄之覆辙。”故“自金陵告克后，常思退休藏拙”，奈屡生变故，迄难遂愿。“弟若直陈顺斋排行，则人皆疑兄弟熟商而行，百喙无以自解，而兄愈不能轻轻引退矣。望弟平平和和作一二年，送阿兄上岸后，再行轰轰烈烈做去。”
事实证明，曾国藩是有远见的，他的告诫事后果然应验了，曾国荃亦颇有悔意。不过，通过这场争斗，曾国荃个人虽然没有捞到什么好处，但却为李鸿章兄弟谋得湖广总督的职位，从而为曾国藩集团夺得湖北的军政大权，使清政府长期不肯放手的这一战略要地，终于落到他们的掌握之中。故曾国藩虽感清政府对整个事件的处理有失公允，但总还算得到一些收获，称“顷阅邸钞，官相处分极轻，公道全泯，亦殊可惧。惟以少荃督楚，筱荃署之，韫斋先生抚湘，似均为安慰。”然数年之后，当他看到清政府为此而采取的一系列报复行动，也不会不想到他们为此所付出的巨大代价，实际是以数省督抚之位，始换得湖广总督一席。
在三江地区，对两江总督及苏、皖、赣抚的职位，双方之间亦有过程度不同的争夺。江、浙两省是清王朝的富庶之区和主要财源，非亲信大臣不肯倚任。咸丰十年清廷将两江总督一席授予曾国藩，亦属出于无奈，不过欲借湘军之力将太平天国革命镇压下去。故一旦目的达到，便开始打曾国藩的主意，不仅剪其羽翼，还要赶其出巢，一有机会就想将此要要之缺另委他人。同治四年曾国藩率军北上剿捻，江督一职由苏抚李鸿章署理，清政府即欲乘机将李鸿章调开，令其带兵赴豫西剿捻，而以漕运总督吴棠调署两江总督。其所遗江苏巡抚与漕运总督两缺，则分别由丁日昌、李宗羲署理，并令曾国藩同李鸿章、吴棠加紧函商，迅速复奏。表面看来，不过是一场官缺交易，实则清政府另有一番深意。在清王朝镇压太平军的战争中，吴棠曾长期驻扎安徽中部，因无漕可运而无所事事，虽拥有一支武装，但无功劳可言。其与曾国藩集团的关系，亦处之平淡，既无冲突也说不上亲密。据传，吴棠曾因一偶然机会，有恩于那拉氏。其时，那拉氏之父惠征死于安徽道任所，一路乘船北归，情景相当凄惨。吴棠怜其孤寡，多有帮助。那拉氏政变当权后，对之感恩图报，授以高官，引为心腹。此时则更进一步派上用场，既可厚报旧恩，又可借以夺回这一财富之区。然对曾国藩集团来说，则无疑于釜底抽薪。因两江一失，饷源立断，湘淮两军转成客军虚悬之局，必然受制于人，昔日坐困江西的历史又会重演。曾国藩接到此旨，一眼就看透了清政府的用心，只是关系重大，不能不谨慎对待。他在家书中说：“顷奉寄谕，欲以李少荃视师河、洛，而吴仲仙署理两江，垂询当否，复奏颇难措辞。李不在两江，则余之饷无着也。”这就是说，他虽心里反对此举，面上却不能明说，只能找一个冠冕堂皇的借口，把它搪塞过去。所以，曾国藩在复奏中根本不提两江总督与吴棠如何，而专在李鸿章等人身上做文章，不仅以无兵无饷为由，对李鸿章出征的必要性提出重重疑难，还从用人经验的角度断然否定了丁日昌与李宗羲的任职资格。其理由有二：一是资历太浅，提拔太快；二是易遭弹劾，殃及荐主。因当时上海涉外事件较多，故曾国藩特以难当外交重任立言。奏折称，“谕旨饬李鸿章视师河洛，该处现无可剿之贼，淮勇亦别无可调之师。”至“谕旨垂询以李宗羲暂署漕运总督、丁日昌署理江苏巡抚”一事，似亦不妥。“李宗羲由安徽知府，甫于去年保奏以道员留江补用，本年奏署运司，叠擢安徽臬司、江宁藩司。一岁三迁已为非常之遭际”，况“该员廉正有余，才略稍短，权领封圻未免嫌其太骤。丁日昌以江西知县因案革职，三年之内开复原官荐保府、道，擢任两淮运司，虽称熟悉夷务，而资格太浅，物望未孚。洋人变诈多端，非勋名素着之大臣，不足以戢其诡谋而慑其骄气。”而最后的结论是，“该员实难胜此重任。”又说：“数年以来，皇上求才若渴，于疆臣保荐人员，往往破格超迁。外间因其不次之擢，疑为非常之才，责备之下加以吹求。于是，台谏弹劾生风，并归咎于原保之员。若使保升者循资渐进，少为回翔，多经磨炼，则该员不至见妒于同僚，而言路亦不至仇视疆吏，实于中外和衷之道大有裨益。” 至于自己未能遵旨会商的理由，曾国藩则称：“历观前史明训，军事之进退缓急、战守屯驻统帅主之，朝廷之上不宜遥制；庙堂之黜陟将帅、赏罚百僚，天子与左右大臣主之，阃外之臣不宜干预。朝廷而遥制兵事其患犹浅，阃外而干预内政其害实深，从古统兵重臣遥执国命，未有能善其终者。”“今以要缺督抚令臣等往返函商，如臣愚见，密保尚且不敢，会商更觉非宜。因不俟李鸿章、吴棠商定，直抒管见，未审有当于万一否。”曾国藩此奏可谓天衣无缝，滴水不漏。既然李鸿章不应调赴豫西，李宗羲、丁日昌不应骤迁督抚，吴棠也就无法署理两江总督了。此事若与吴棠会商曾国藩必陷尴尬境地。大概清政府有意利用这一情势，诱使曾国藩在客气、迁就中就其范围。哪知曾国藩竟对吴棠不予理睬，且理由讲得冠冕堂皇：“宜防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端。”这样，清政府无话可说，只得另寻机会。
同治七年六月西捻军失败，中原战事基本结束，清政府遂再谋夺回两江之策。事隔不足一月，清政府即下令将曾国藩调任直隶总督，其遗缺由升任不久的闽浙总督马新贻调补。马新贻与李鸿章、郭嵩焘等人是同年，同治元年曾奉旨暂统临淮军，既无出色才能也无著名战功。若与一般清朝官员相比，也许还算能干人才，倘与湘淮人物相比，则尚在三等之外，根本就没有资格与能力顶替曾国藩。他的较快提升，可能主要是清政府的平衡政策所致，因湘淮人物身任要职者太多，须有支流旁系参杂其中。如今又将两江总督的重任放在他的肩上，这就不能不引起世人的惊疑。故在其任满二年即遭刺杀后，世间流言四起，几乎众口一词，多认为罪有应得，甚有“ 编造戏文讥讽马帅者”。从此，两江总督成为曾国藩集团的专席，清政府再也无力夺回了。
如果说两江总督的权位略有争夺的话，而巡抚的的情况则更为曲折。一般而言，江苏的情况还算稳定。自同治元年李鸿章接替薛焕以来，江苏巡抚的人选虽屡有更替，但十余年间大致未出湘淮集团及其盟友的范围。江西的情况亦与之相似。虽然咸丰五、六、七曾国藩一再劾罢江西巡抚，却不能以统兵将帅兼任封圻，致客军虚悬，受制于人。但自咸丰八年再出，赣抚耆龄“严事国藩”，毓科亦与之密切配合，以江西之所出供湘军粮饷，曾国藩集团实际上已控制了江西的大权。迨及咸丰十一年沈葆桢补授江西巡抚以后，十几年间更无外人插足之地，后继数任皆湘淮将领。然转观安徽则情形显然不同，直可谓一波三折、错综复杂，前面所说的曲折云云，亦主要指该省而言。虽早在咸丰三年江忠源即补授安徽巡抚，为曾国藩集团谋得第一个省级地方政权，曾国藩为之大受鼓舞，致有练兵万人概交岷樵之说。然时隔三月战死庐州，倏如昙花一现。而此后六、七年间，则皖抚人选迄与曾国藩集团无缘。咸丰十年曾国藩带兵进入皖南，占有安徽的一席之地，但在该省所能掌握的权力，大约只有三分之一。因当时安徽巡抚驻皖北，漕运总督驻皖中，一时形成三分天下的格局。惟自咸丰十一年初曾国藩劾罢皖抚翁同书后，虽然清政府先后任命的安徽巡抚李续宜、彭玉麟始终没有赴任，但皖抚的实权却一时落入曾国藩集团手中。同治元年李续宜丁忧回籍，安徽巡抚一职暂由唐训方署理，同治二年四月实授。然在此期间，由于僧格林沁的插手，安徽的情况发生了很大变化。
咸丰十年十一月僧格林沁奉命赴山东剿捻，次年又奉命督办山东、河南军务。这年春天胜保也奉命赴直隶、山东剿捻。这两股势力皆及于皖北，遂与湘军及曾国藩代管的李昭寿部屡次发生磨擦。僧格林沁是满蒙贵族的典型人物，虚妄自大，不悉时势，对湘淮勇营与曾国藩集团的新贵，极为仇视和藐视，攻击排斥不遗余力。他曾公开扬言，湘军最不能战，若论战斗力，皖军第一，豫军次之，湘军最差。而胜保更是狂妄无能之辈，但于排斥湘军却与僧格林沁有异曲同工之妙。于是二人联手，不断制造磨擦。他先是奏劾曾国藩等人的好友袁甲三，随后又排斥李续宜。曾国藩在给李续宜的信中称，“渠参劾袁帅，中伤甚深”，复“以遗大投艰自处，而以畏难取巧处君，已露排挤之意。其实不过挟苗以自重，谓他人皆不敢触手耳。”胜保调赴陕西后，僧格林沁仍借苗沛霖排斥湘军，明谓“驭苗之道宜赦其罪而资其力”，而骨子里却是“亲苗党而疏楚师”。于是，在他的暗中怂恿和煽动下，苗练不断向湘军挑衅，屡有湘勇被杀之事。曾国藩迫于无奈，只好将蒋凝学、毛有铭、萧庆衍三军陆续调离皖北，以避苗练，而实际上主要还是为了防止同僧格林沁发生冲突。及至苗沛霖公开叛乱，清政府下令讨苗之后，僧格林沁又唆使富明阿以调度乖方劾罢唐训方。不仅逃避自己的养痈遗患之咎，将责任推给别人，还从曾国藩集团手中夺去安徽一省的大权。曾国藩对此极为不平。他在家书中说：“义渠交部议处，竟以皖藩降补，继芳之力甚大，而亦未甚公允。”继芳之说出于何典尚不得知，但据曾国藩三封家书的内容，毫无疑问是指僧格林沁。唐训方降职后，安徽巡抚一职由乔松年补授，乔松年调赴陕西后由英翰接任，英翰位迁两广总督则由裕录接任。曾国藩等人大概无论如何也不会想到，作为湘军决战决胜之地和淮军故乡的安徽，其巡抚一职竟有二十多年间与他们无缘。为什么竟会出现此等怪事呢？皆因苗沛霖和李昭寿的问题解决之后，安徽再没有什么大麻烦，清政府也就无须依赖湘淮军了。正如王 运说的那样，“淮甸无事，无所用湘军矣。”
浙江、福建的情况也同三江地区有某些相似。浙江巡抚王有龄原来只是个库大使，全靠何桂清大力提携，方得升居高位。据说，何桂清之父，是王有龄祖父的家奴，其任浙江巡抚期间，为报旧恩而力荐王有龄。加以王有龄颇善敛财，而战争期间军饷供应又是头等大事，故得频频升迁，遂至巡抚之位。然亦终因不懂军事，又不肯向曾国藩集团输财纳贡，遂成为他们观望政策的牺牲品。王有龄死后，左宗棠顺利地登上浙江巡抚的宝座。同治二年左宗棠升任闽浙总督之后，浙抚一职由曾国荃补授，因其不能赴任，暂由左宗棠兼署。同治三年曾国荃被迫辞职，转由马新贻接任，直到同治六年晋升闽浙总督。从此之后，继任此职者即为李瀚章、杨昌浚，十数年间再无外人插足。即使光绪三年杨昌浚因杨乃武案革职，浙抚大权也未落到圈子之外，继任者梅启照原本是曾国藩的幕僚。但福建的情况与此有很大不同。其闽浙总督一职，自咸丰四年至光绪二年的二十三年间，除左宗棠任职不足四年外，其余人选前后达八人之多，皆与曾国藩集团无干。而福建巡抚一职，则自咸丰四年至同治八年的十六年间，除罗遵殿任职不足半年外，曾国藩集团中无一人担任过是职。惟自同治九年以来，何 、王凯泰、丁日昌长期占据此席，与战争时期恰成鲜明对照。
两广的情况与福建有些类似。咸丰十年刘长佑出任广西巡抚，同治元年升任两广总督，旋改直隶总督。自此失去桂抚一席，直到同治十年方有革职起用人员刘长佑、严树森连任该职。然失之东隅，收之桑榆。同治二年，曾国藩的好友晏端书、黄赞汤分别出任两广总督和广东巡抚，为他抽取粤厘筹饷，同治二年又以毛鸿宾、郭嵩焘取代晏、黄二人，以保障军饷的供应。但自湘军攻占天京后，清政府即开始更换广东的督抚人选。同治四年春两广总督毛鸿宾降调，以满人瑞麟接任其职，终同治一朝，曾国藩集团与该缺无缘。惟自光绪元年起直至十九世纪末，二十六年间又成为湘淮人物的天下，从无外人插足。而广东巡抚的人选情况似乎又降一等。同治五年郭嵩焘降调，由湘将蒋益澧接替，次年蒋又降调，复由闽抚李福泰调补。从此之后直到光绪八年，十五年间再无一名湘淮人物担任是职。
由于直隶地处畿辅，故清政府对直隶总督的人选甚为看重，其地位仅次于两江总督。同治元年底刘长佑由两广总督调任直隶总督，次年春抵任，奉旨镇压直鲁一带盐枭与饥民起事。同治六年冬清政府无端将刘长佑革职，以官文代之。同治七年为收回江督一席，复将曾国藩调督直隶，同治九年又因办理津案不善将曾国藩赶回江南，以李鸿章接任是职。从此，直隶总督兼北洋大臣成为他们的专席。
由于种种原因，曾国藩集团在云贵地区掌管督抚之权较晚，直到同治七年方有刘岳昭晋升云贵总督，随后又由刘长佑接任是职，直到光绪九年病免。然云、贵两省的巡抚之任，则很少与他们有缘。虽然湘军曾长期在这里作战，但统兵将领位不过藩臬，自咸丰四年至同治十年，近二十年间仅刘岳昭一人担任过云南巡抚，时间不及三年。至于田兴恕、江忠义署理贵州巡抚，则时间更短。
因战事晚于东南，西北地区的情况与云贵有些相似。由于回民起义军日趋活跃，钦差大臣多隆阿死于周至，清政府遂于同治三年夏调杨载福任陕甘总督。同治五年又以杨载福作战不力，改调左宗棠移督陕甘。从此之后二十年间，陕甘总督一职亦成为湘军人物的专席。其时，甘肃、宁夏尚未建省，新疆自建省以来直到光绪末年，巡抚一职几乎全由湘淮人物担任。至于陕西巡抚，则由湘淮人物与其他人员间相任职。
综上所述可知，曾国藩集团可以牢固控制的主要是三江、两湖及浙江地区，其他省份则此长彼消、时进时退，大致与清政府平分秋色。
首先，谁也离不开谁。清政府离开曾国藩集团就无以自存，曾国藩集团离开清政府则难以发展，而当他们面对太平军、捻军的巨大军事压力时犹为如此。这是因为他们谁都没有力量单独战胜太平军，只有联合起来才有可能取得胜利。于是，他们在共同的敌人面前结为君臣之盟，其条件是曾国藩集团必须尊重和维护清廷的皇权，而清廷则必须承认他们的合法性，授予种种军政大权，使他们在战争中获得巨大的实际利益。
然而，他们在权利分配上又存在着一种此消彼长的关系，不仅包含着满汉之间的矛盾，也存在着中央与地方的矛盾。而这些矛盾若处理不当，冲突不能及时化解，尤其在一些关键时刻或重大问题上，就必然会危及到他们的这种同盟关系。
所以，在长达十八年的镇压太平军、捻军的战争中，他们双方虽然屡有争斗，但始终掌握着一个分寸，即对方能够接受和容忍的最低限度。尤其在湘军攻克天京前后的同治三、四两年，他们所以能够两次度过最深刻的政治危机，在内战一触即发的关键时刻得以化解于无形，主要就是由于他们双方都做到了这一点。这种君臣之盟自古有之，而历史经验表明，得胜前结盟固难而得胜后持盟不败则更难。然清政府与曾国藩集团却居然做到了这一点，在中国政治史上实属罕见，大有认真探讨的必要。
曾国藩集团同清政府之间曾发生过几次矛盾，对清政府的态度与对策亦相应做过几次较为明显的调整。
第一次是咸丰元年，曾国藩在刘蓉、罗泽南等人的推动下，上疏批评咸丰皇帝。咸丰帝没有读完，就“怒 其折于地，立召见军机大臣欲罪之”，若非祁 藻、季芝昌等人苦苦为他求情，很可能陷于不测之罪。
曾国藩了解这一情况后，心里非常紧张，不仅对此次谏争之举上奏自责，称“才本疏庸，识尤浅陋，无朱云之廉正徒学其狂，乏汲黯之忠诚但师其憨”，且从此改弦更张，行事更为谨慎，再不敢对皇帝本人和朝廷的根本决策说长道短。这不仅因为其后地位发生变化，为臣之道也随之不同，而且也与这次来之不易的教训不无关系。犯颜直谏虽自古有之，不失为臣之道，但为国为家不可不看实情，照搬照套。所以，他宁可放弃自上而下推动改革的尝试，另辟镇压太平天国革命的蹊径，再也不甘冒风险，贪图便捷。因为皇上既然不许，臣下就不该强而为之，这在曾国藩看来也是为臣之道，且从此恪守不逾，无稍改变。
第二次是咸丰四年，咸丰帝得到湘军攻占武昌的奏报，一时忘乎所以，命曾国藩署理湖北巡抚。不料，某军机大臣一言触痛了他畏惧汉人的心病，从此惕然警惧，收回成命，再不肯将地方督抚大权授予这位湘军统帅，使之数年之间坐困长江中段，客军虚悬，受尽屈辱。
恰在此时，某大臣之言传入曾国藩耳中，更使他忧谗畏讥，伤心备至，担心自己也会像东汉时期的太尉杨震那样，含冤而死。他面对江西岌岌可危的军事形势，忧悴已甚，喟然长叹，对身边的好友刘蓉说：“当世如某公辈，学识才具君所知也，然身名俱泰，居然一代名臣。吾以在籍侍郎愤思为国家扫除凶 ，而所至龃龉，百不遂志。今计日且死矣，君他日志墓，如不为我一鸣此冤，泉下不瞑目也。”其对清政府不公不明的愤懑，可谓溢于言表。这样，咸丰元年至八年之间，尤其四、五、六、七几年，他的这种不满情绪就不可能不在日记中有所发泄。所以，当摹写石印本《曾文正公手书日记》出版之时，其他年份或间有删节，而上述时期则全行删除，以致在数十年日日相连的日记中，造成十几年的空档。《清稗类钞》称：“ 湘乡曾氏藏有《求阙斋日记》真迹，装以册页，得数十巨册，皆文正所手书。宣统纪元携至上海，将赴石印。中颇有讥刺朝政、抑扬人物处。或见之喜曰：‘此信史也。’意欲摘录，以卷帙浩繁而罢。及印本出，重览一过，则讥刺朝政、抑扬人物之处，皆删除净尽矣。”
第三次是咸丰七年，曾国藩基于上述情绪，先是闻讣上奏而不待谕旨，径直弃军奔丧回籍；继而假满不回江西军营，竟伸手向清廷要江西巡抚之权，否则宁可在籍守制。
不论曾国藩是何居心，此举皆有违臣道，有违友道，与其理学家的身份颇不相符，引起不少人的不满。其时，左宗棠正在湖南巡抚骆秉章幕中，对其大发议论，“肆口诋毁”，引起社会舆论的共鸣，“一时哗然和之”。曾国藩心亏理短，有口难辩，遂“得不寐之疾”。他在给郭昆焘的信中亦称：“以兴举太大，号召过多，公事私事不乏未竟之绪，生者死者犹多 负之言。用是触绪生感不能自克，亦由心血积亏不能养肝，本末均失其宜，遂成怔悸之象。”于是，在朋友的启发诱导下，曾国藩对自己数年间的言行，进行了全面、深刻地反省，从此幡然悔悟，改弦更张，于处事处人，尤其对清廷的态度与对策，进行了一番全面调整。例如某宰相云云，关键不在其怎样说，而在清朝皇帝如何听，说到底也不过是个揣摩上意，投其所好的问题。既然不能改变这种客观政治环境，而要成就大业，一展宏志，也就只有改变自己昔日的做法，更何况自己也确有错处。他在家信中说：“余生平在家在外，行事尚不十分悖谬，唯说些利害话，至今悔恨何及。 ”又在给郭嵩焘的信中说：“国藩昔在湖南、江西，几于通国不能相容，（咸丰）六、七年间浩然不欲复问世事。然造端过大，本以不顾生死自命，宁当更问毁誉？以拙进而以巧退，以忠义劝人而以苟且自全，即魂魄犹有余羞。”当然，其伸手向皇帝要权的做法，更属荒唐，绝非一代名儒所应有之举，即使纯然公心亦不当如此。所以，曾国藩自此之后，恪守臣道，不违友道，其事业能够获得成功，尤其在功高震主之下仍能身名俱泰，与这次大彻大悟、改弦易辙有很大关系。
不过，曾国藩只是改变了对清政府的态度，并非改变了自己对清政府的根本看法。清政府腐败依旧，满汉藩篱依然，只是曾国藩不再像以前那样痛心疾首，必欲一改其貌而后快了。这从他处世态度的变化就可以知其一般。此前对人总是持有一种“众人皆醉我独醒”的心态。其承办团练之初，越俎代庖，遭人反感，最后被赶出长沙，与此有很大关系。其做事亦必欲其成，必欲其速，其靖港之败与此不无关系。而再出领兵之后，处人则日趋圆滑，对事则不求速成，似乎有点听天由命的意味。他在给朋友的信中说：“千羊之裘非一腋可成，大厦之倾非一木可支。今人心日非，吏治日坏，军兴十年而内外臣工惕厉悔祸者殆不多见，纵有大力匡持尚恐澜狂莫挽，况弟之碌碌乎！”又说：“往岁志在讨贼，尚百无一成，近岁意存趋时，岂足更图千里！”还说：“国藩昔年锐意讨贼，思虑颇专。而事机未顺，援助过少，拂乱之余，百务俱废，接人应事，恒多怠慢，公牍私书，或未酬答。坐是与时乖舛，动多龃龉。此次再赴军中，消除事求可、功求成之宿见，虚与委蛇，绝去町畦。无不复之缄咨，无不批之禀牍，小物克勤，酬应少周，藉以稍息浮言。”他在家书中则称：“余此次再出已满十月，而寸心之沉毅愤发、志在平贼，尚不如前次之坚，至于应酬周到、有信必复，公牍必于本日办毕，则远胜于前。”又说：“兄自问近年得力，唯有一悔字诀。兄昔年自负本领甚大，可屈可伸，可行可藏，又每见得人家不是。自从丁巳、戊午大悔大悟之后，乃知自己全无本领，凡事都见得人家有几分是处。故自戊午至今九载，与四十岁以前迥不相同。大约以能立能达为体，以不怨不尤为用。立者，发奋自强，站得住也。达者，办事圆融，行得通也。吾九年以来，痛戒无恒之弊，看书写字从未间断，选将练兵亦当留心。此皆自强能立功夫。奏疏公牍再三斟酌，无一过当之语、自 之词。此皆圆融能达功夫。至于怨天本有所不敢，尤人则常不能免，亦皆随时强制而克去之。”
曾国藩的做法，甚至引起朋友们另一方面的忧虑和批评。郭嵩焘说：“曾司马再出，颇务委曲周全。龙翰臣方伯寓书少鹤，言司马再至江西，人人惬望，而渠独以为忧。忧其毁方瓦合，而任事之气不如前此之坚也。”又说：“方伯此语极有见地，时人知此义者鲜矣。”胡林翼也有类似的看法和忧虑，并曾一再致函向他提出批评。曾国藩在给毛寄云的信中则说：“今年春夏，胡润帅两次诒书，责弟嫉恶不严，渐趋圆熟之风，无复刚方之气。今者见阁下侃侃正言，毫无顾忌，使弟弥惭对润帅于地下矣。”
他对世人尚且态度如此谦谨，而对清朝皇帝就会更加恭顺，一扫昔日狂态了，且愈是后来功高震主、名满天下之时，个人不无屈抑之际，则更是如此。虽然郭、胡诸人对此变化曾一时不无忧虑，但从实践上看，无论对其本人还是整个集团，可谓失之者甚微，而得之者甚大。
第四次是咸丰十年，因英法联军逼近北京，清政府从各地调兵“勤王”，命曾国藩饬派鲍超率二三千壮勇“兼程前进， 期赴京，交胜保调遣”。
曾、胡二人既不愿因鲍超北上而影响安庆之役，更不愿将此猛将交到胜保手中。然“勤王”事关大节，不可讨价还价，遂致曾、胡二人一时陷入困境，集团内部也众说纷纭，莫衷一是。曾国荃恐撤安庆之围，坚决反对北上“勤王”，大约于举例论证之际，涉及到清廷高层决策与内部皇位之争，致犯武臣干政之大忌，引起曾国藩的极端惊惧，遂行严加训斥，逼令缄口。态度之决绝，口气之严厉，在历年家书中可谓空前绝后。可惜未能见到曾国荃的原信。然从曾国藩的回信中，仍能看出他当时的焦急心情和对清政府的政策，其与清政府缔结君臣之盟的政治动机，更是显而易见。所谓忠义云云，都是说给别人听的，决不会成为他们的行事准则和动力。
曾国藩在咸丰十年九月初十日的复信中称：“初九夜所接弟信，满纸骄矜之气，且多悖谬之语。天下之事变多矣，义理亦深矣；人情难知，天道亦难测。而吾弟为此一手遮天之辞、狂妄无稽之语，不知果何所本！恭亲王之贤，吾亦屡见之而熟闻之。然其举止轻浮，聪明太露，多谋多改，若驻京太久，圣驾远离，恐日久亦难尽惬人心。僧王所带蒙古诸部，在天津、通州各仗，盖已挟全力与逆夷死战，岂尚留其有余，而不肯尽力耶！皇上又岂禁制之而故令其不尽力耶？力已尽而不胜，皇上与僧邸皆浩叹而莫可如何。而弟屡次信来，皆言宜重用僧邸，不知弟接何处消息，谓僧邸见疏见轻，敝处并未闻此耗也。”又说：“分兵北援以应诏，此乃臣子应尽之分。吾辈所以忝窃虚名，为众所附者，全凭‘忠义’二字。不忘君谓之忠，不失信于友谓之义。今銮舆播迁，而臣子付之不闻不问，可谓忠乎？万一京城或有疏失，热河本无银米，从驾之兵难保其不哗溃。根本倘拔，则南服如江西、两湖三省，又岂能支持不败？庶民岂肯完粮，商旅岂肯抽厘，州县将士岂肯听号令？与其不入援而同归于尽，先后不过数月之间，孰若入援而以正纲常、以笃忠义？纵使百无一成，而死后不自悔于九泉，不诒讥于百世。弟谓切不可听书生议论，兄所见即书生迂腐之见也。”还说：“弟只管安庆战守事宜，外间之事不可放言高论，毫无忌惮。孔子曰：‘多闻阙疑，慎言其余。’弟之闻本不多，而疑则全不阙，言则尤不慎。捕风捉影，扣 扪烛，遂欲硬断天下之事。天下事果如是之易了乎？”“嗣后弟若再有荒唐之信如初五者，兄即不复信耳！”
归纳起来，曾国藩在信中谈了四层意思：一是戒骄戒妄，不可对自己不懂、不晓之事硬下断语；二是不可妄议朝政，触犯武臣之大忌；三是不可轻弃忠义的旗帜，否则无以号令天下；四是不可轻弃君臣之盟，否则必致孤立而失败。因曾国藩集团与清政府之间，虽有满汉矛盾和权利之争，但从根本上讲利害一致、命运相连，倘若清政府垮台，他们也势必陷于孤立，难以独存。然曾国藩所以对之声色俱厉，不仅为了陈明利害，让他懂得同满洲贵族缔结君臣之盟和高举“忠义”大旗的必要性，更重要的是要他知道维持这种同盟的必要条件。那就是，作为一个武臣，一定要恪守臣道，不可干涉朝政，既不能做，也不能说，强迫他这个不学无术、狂妄自大的胞弟闭起嘴巴，以免坏了自己的大事。因为他并不担心清政府垮台，也不打算北援。其根据是，在写此信之前，曾国藩已在李鸿章的启发下，断定英法联军必于强迫清政府订立城下之盟后而撤兵，并与李续宜商定以拖延之策逃避北援之计。况且，就他们对清政府的那些议论而言，曾国荃的话可能比曾国藩更接近实际，曾国藩也未必就没有听到这些议论，只是他不想让曾国荃议论此事而已。
总之，北援问题就像一块试金石。不仅暴露了曾国藩集团内战积极、外战消极的政治嘴脸，也揭示出他们同清政府之间君臣关系的实质。他们同满洲皇室之间，并非亲如家人，而是地主阶级内部，满汉之间基于共同利害而缔结的军事政治同盟。只是这种同盟不同于《三国演义》中的孙刘之盟，而是一个汉族地方军政集团同满洲皇室之间的同盟。其名分是君臣上下的关系，中央与地方的关系；其共同利益是镇压太平军、捻军等反清起义，维护封建制度。这个汉族地主阶级军政集团的相对独立性，如果在一般情况下还不明显的话，那么一遇到外国入侵问题，就会立刻突现出来。当时接奉北援谕旨的其他督抚，无不闻命而动，甚至有的并未奉有明旨，听到消息也连夜赴京“勤王”，只有曾、胡二人按兵观望，等候清政府同英法联军签约。其时，清政府也未必看不出他们的异心，然事后竟不置一词。其情形与八国联军入侵时李鸿章、张之洞、刘坤一、袁世凯的做法颇为相似，仿佛是四十年后“东南互保”的一次预演。因为他们是一个相对独立的军政实力集团，其形成、发展主要依靠自身的力量，不共戴天的敌人只有农民起义军。他们为了自身的利益，既可以同清政府结盟，也可以同外国侵略者结盟。清政府也只是利用他们手中的实力，无时无刻不把他们看作自己的异己力量、不想收回落入他们手中的实权，只是苦于没有条件而已。否则，就不会发生袁世凯被迫回籍养病的事。所以，对他们的要求与对待自己的心腹、亲信亦也有所不同。只是由于历史进程的不同，很多问题不如后来暴露得那么充分。
曾国藩的这封信确实重要。事态的严重加上曾国荃的一纸荒唐家书，逼得曾国藩不得不说出一些平时不肯说的话，从而使人们发现了不少平时难以发现的问题。大约正是由于这个缘故，曾氏后人一直将之深藏不露，使以往的出版物均无此信，直至近年才由岳麓书社公诸于众。
第五次是咸丰十一年，那拉氏、奕 发动宫廷政变，推翻赞襄制度，捕杀肃顺等赞襄大臣，使曾国藩等虚惊一场。
曾国藩曾在《日记》中几次谈及此事。咸丰十一年十一月十四日载：“接奉廷寄四件”，“中有谕旨一道，饬余兼办浙江军务。”“又抄示奏片一件，不知何人所奏。中有云，载垣等明正典刑，人心欣悦云云。骇悉赞襄政务怡亲王等俱已正法，不知是何日事，又不知犯何罪戾，罹此大戮也！”又载：“少荃来，道京城政本之地，不知近有他变否，为之悚仄忧皇。”还说：“余近浪得虚名，亦不知其所以然便获美誉。古之得虚名而值时艰者，往往不克保其终，思此不胜大惧。将具奏折，辞谢大权，不敢节制四省，恐蹈覆 负乘之咎也。”十七日载：“是日，雨竟日不止，天不甚寒冷，而气象愁惨。”“少荃来，与之鬯谈。因本日见阎丹初与李申夫书有云，赞襄王大臣八人中，载垣、端华、肃顺并拿问，余五人逐出枢垣。服皇太后之英断，为自古帝王所仅见，相与钦悚久之。”二十二日载：“张仲远寄周 甫一信，余拆阅。内言载桓、端华、肃顺等三人，肃顺斩决，载垣、端华赐自尽，穆荫发军台，景寿、杜翰、匡源、焦佑嬴革职，另用桂良、周祖培、宝 、曹毓英为军机大臣，始知前日廷寄中所抄折片中语之始末矣。因与幕中诸人鬯论时事。”
《曾文正公手书日记》系摹写石印出版，并非如《湘乡曾氏文献》那样原稿影印，故其内容曾被人多处篡改。除前引《清稗类钞》外，薛福成也曾谈及此事。其《上曾侯相书》编后按语称：“求阙斋乙丑五月日记云：‘故友薛晓帆之子福成递条陈约万余言，阅毕，嘉赏无已。’余在幕府，尝见文正手稿。近阅湖南刊本，归入‘品藻 ’一类，而讹为伯兄抚屏之名，想由校者之误。恐后世考据家或生疑义，故并及之。”查《求阙斋日记类钞》与《曾文正公手书日记》，果如所言。不过，此尚属校刊无意之误，或可查有实据，而事涉辛酉政变的记载是否经人篡改，那就无从可知了。
仅从现有记载看，曾国藩对这次政变的情况知之甚迟，且主要是从私人通信中得到的。当其初闻新元年号由祺祥改为同治，尤其赞襄王大臣八人皆被逮捕治罪之际，心中大为震惊，知京中出了大事，但却不明究竟。故数日间坐卧不安，天天与李鸿章密谈，甚至不惜私拆别人的信件来探求京中情报。当他知道政变的最后结局之后，方才放下心来，开始与身边的幕友公开谈论此事。然而，有件事虽然令他感到庆幸，但却万万不可提起。那就是他没有听从王 运的劝告，同肃顺联手反对那拉氏垂帘听政。据王 运之子王代功称：“文宗显皇帝晏驾热河，怡、郑诸王以宗姻受顾命立皇太子，改元祺祥，请太后同省章奏。府君与曾书，言宜亲贤并用以辅幼主。恭亲王宜当国，曾宜自请入觐，申明祖制，庶母后不得临朝，则朝委裘而天下治。曾素谨慎，自以功名太盛，恐蹈权臣干政之嫌，得书不报。厥后朝局纷更，遂致变乱，府君每太息痛恨于其言之不用也。”是否因为曾国藩不赞成王 运的政治主张，故而得书不报呢？不是。他曾对胜保关于近支亲王辅政的奏请大加赞扬，显然是同意“恭亲王宜当国”一条的。咸丰十一年十一月二十五日《手书日记》载：“阅胜克斋奏请皇太后垂帘听政，请于近支王中派人辅政，皆识时之至言。 ”皇太后垂帘听政之议扰攘已久，且此时已成定局，顺之者昌，逆之者亡，是无须表示的。唯近支亲王辅政一事系刚刚提出的，更何况曾国藩一向瞧不起胜保，说明他早就同意王 运“恭亲王宜当国”的主张。但是，他却不会像胜保那样，甘犯武臣之忌而为人火中取栗，最后竟被那拉氏砍了脑袋。不过，曾国藩“恐蹈权臣干政之嫌”亦非一般性格上的“谨慎”，而是基于历史教训和现实情况，为保全身家性命而思之已熟的根本之道。多年来他一直认为权臣不祥，“古来窃利权者每遘奇祸 ”，“处大权大位而兼享大名，自古曾有几人能善其末路者？”尤其咸丰七、八年间大彻大悟之后，一改昔日的傲气，态度愈益谦虚，行事愈益谨慎，言词之间尚严持武臣干政之戒，怎肯自请带兵进京，横断皇太后垂帘听政之路？再者，不接交京中权贵亦是曾国藩出任两江总督以来的行事原则，严树森曾因保奏倭仁等人受到无情地讥讽，他怎么会与如日中天的肃顺联手？据说，肃顺被诛后，“籍其家，搜出私信一箱，内唯曾文正无一字，太后叹息，褒为第一正人。”
不过，曾国藩不与肃顺交往，更不与之联手反对垂帘听政，或许还有另一方面的原因。那就是对肃顺执政以来的做法持有异议。咸丰九年他在给胡林翼的信中说：“近来科场事株连太广，夷事办理太柔，均不甚惬人意，常思一陈鄙愚。而回顾在外数年百无一成，言之滋愧，宁默默也。”从后来的情形看，曾国藩的思想主张与奕 更为接近，故辛酉政变只是使他虚惊一场，远没有同治四年那拉氏罢免奕 时，所给他带来的震动那么强烈。
第六次是同治三年正月，正当天京战事紧张、粮饷匮乏之际，江西巡抚沈葆桢事前不经协商，即奏请扣留原本解送雨花台大营的江西厘金归本省使用，使曾国藩骤然失去月入数万两的饷源。更为严重的是，户部不仅批准了这一奏请，还竟于复奏之中列出数笔并不存在的外省协饷，使曾国藩背上广揽利权、贪得无厌的黑锅，逼得他不得不起而愤争。
他不仅必须与沈葆桢争江西厘金，还必须向户部讨回清白。结果，户部虽不再提协饷之事，但仍将江西厘金之半划归沈葆桢，使曾国藩既失钱财又丢面子。最后虽以调拨轮船退款的办法解决了乏饷问题，但却使曾国藩从中感到清廷在明显地疏远自己，不由惕然警惧。
自同治元年身兼五钦差之职、六大臣之权，统兵十万、敛财六省以来，曾国藩深惧负权臣之嫌，受清廷疑忌，最后落个兔死狗烹的下场。他在家书中对老九说：“至阿兄忝窃高位又窃虚名，时时有颠坠之虞。吾通阅古今人物，似此名位权势能保善终者极少，深恐吾全盛之时不克庇荫弟等，吾颠坠之际或致连累弟等。唯于无事之时，常以危言苦语互相劝诫，庶几免于大戾。”为保身名俱泰，曾国藩除在态度上更为谦谨，恳请亲朋好友、部下僚属时时批评监督自己外，还在政治上采取了几项措施，诸如两次奏请清廷派亲信大臣赴天京城外监军，奏请天京攻克前不要再给曾家封赏，以及封疆大吏不得分掌朝廷用人大权等，直到清廷对他极表信任，无所疑忌，方使他暂时放下心来。不料，自同治二年湘军攻克太平军九 洲要塞，尤其苏州、杭州相继攻克之后，清廷对曾国藩的态度却发生了变化。而清政府在处理曾、沈厘金之争中右沈抑曾，尤其户部虚列每月十五万五千两白银的外省协饷，无疑是向他发出的一个信号，使他感到形势紧迫，不得不急切寻求自全之策。他在给亲友的信中说：“两接户部复奏之疏，皆疑弟之广揽利权，词意颇相煎迫。”而 “近来体察物情，大抵以鄙人用事太久，兵权过重，利权过广，远者震惊，近者疑忌。”又说：“长江三千里几无一船不张鄙人旗帜，外间疑敝处兵权过重，利权过大。盖谓四省厘金络绎输送，各处兵将一呼百诺，其相疑良非无因。”当然，曾国藩最害怕的还是清廷对他的疑忌。而在这种情况下，要想自保身家，也只有割舍一部分权利。故此他一再向亲朋好友表明心迹：“揆之消息盈虚之常，即合藏热收声，引嫌谢事”，“避贤者路。非爱惜微名，而求自全也”。又说：“自古柄兵之臣，广揽利权，无不获祸谪者。侍忝附儒林，时临冰渊，而使人广揽利权疑我，实觉无地自容。”还说：“自古握兵柄而兼窃利权者，无不凶于而国、害于而家，弟虽至愚岂不知远权避谤之道？惟舍弟引退之志更急于鄙人，此中先后之序，尚须妥商。”从中可以看出，曾国藩不愧一代儒将，深明以退求进、明哲保身之道，早在湘军攻陷天京之前，就已经做好了功成身退、割权自保的思想准备。不过，此所谓“舍弟引退之志更急于鄙人”则属谎言。后来事实证明，曾国荃根本没有功成身退的想法，且对被逼退隐一事极为不满。而曾国藩这样讲，不过是为将来的具体安排预设伏笔。曾氏兄弟太过招摇，其功成身退、割权自保是必然的，只是究竟怎么退尚须根据具体情况而定。而从各方面的情况看，则曾国荃先退的可能性更大些。所以，曾国藩要故意如此谬说，未雨绸缭。有了这一伏笔，将来也就可以左右逢源了。
第七次是同治三年六月，湘军攻陷天京之初。清廷先是不准曾国荃等八百里红旗报捷，迫使曾国藩重新上报，不得不让毫不相干的湖广总督官文领衔；继则食言自肥，赖掉咸丰帝收复江宁者封王的许诺，仅赐曾国藩一等侯爵；随之又以严厉的态度和口吻警告曾国荃等人不可骤胜而骄，并追查天京窖金与幼天王下落，使曾氏兄弟同清政府的关系骤然紧张起来，颇有剑拔弩张之势。
由于湘军破城后竞相烧杀淫掠，炸开的豁口无人把守，方使幼天王等千余人得以脱身而去。李秀成刚被送至雨花台大营，曾国荃就企图将之杀害，理由是“恐有献俘等事，将益朝廷骄也”，可谓狂妄之极。故清政府此举可谓切中要害，且已在军事上有所准备。当曾氏兄弟同太平军作最后的苦战时，清政府已在天京四周布有重兵，官文、富明阿、僧格林沁无不虎视眈眈地盯着他们的脊背。而在天京大发横财的曾国荃及其部下弁勇，则唯恐清廷真的要他们吐出吞到肚里的财货，内心极为恐惧和忿恨，决心不惜一切以维护自己拿性命换来的既得利益。据萧一山称，曾国荃及其部下将领曾集体劝进，欲仿陈桥故事，拥立曾国藩为帝。无论此事确实与否，而这种可能性当时确实是存在的。
此时的曾国藩，其内心深处未尝没有部下诸将同样的感受。一年后他在给曾国荃的信中说：“去年三、四月间，吾兄弟正当万分艰窘，户部尤将江西厘金拨去，金陵围师几将决裂。”而攻陷天京后，“部中新例甚多，余处如金陵续保之案，皖南肃清之案，全行议驳，其余小事动遭驳诘。而言路于任事有功之臣，责备尤苛，措词严厉，令人寒心。”满汉之间本来就界线分明。清政府既然如此对待功臣，起兵造反并非没有理由；夺回汉家江山亦未尝不大快人心。更何况，论及个人能力与资历，尤远非那拉氏、奕 所能相比。然曾国藩想得要比这深远得多，头脑也不像曾国荃那么简单。他心里非常清楚，清政府并非真的要追查天京窖金和幼天王下落，不过虚张声势，加大政治压力，逼迫曾国藩就范：或则匆忙起兵，或则杀羽自保，二者必居其一，且须迅速作出抉择，以免其势坐大，形成南北对峙之局。因曾国藩虽在镇压太平天国的战争中羽翼丰满，足可拥兵自立，但若与清廷争帝位，则须经几年的准备方有取胜的把握。故对清廷来说，长疼不如短疼，迟发不如速发，万不可让他积威养望，从容准备。在这种情况下，曾国藩只好选择杀羽自保之路。所谓杀羽，就是主动裁撤兵勇和停解外省厘金；所谓自保，就是保全身家名位和部属亲朋的既得利益，包括曾国荃及其部下在天京抢夺的金银财宝。于是，曾国藩在攻陷天京后主要为此做了两件事：一是裁撤或调离金陵地区的五万湘军，停解广东、江西厘金；一是采用软拖硬抗的办法，抵制清政府对天京窖金和幼天王下落的追查。他的具体做法是，对天京窖金下落来个死不认帐，明明被曾国荃的部下抢去，却硬说天京并无窖金，连自己也觉得奇怪。可说是瞪着眼睛说瞎话。而对幼天王的下落，则是随机应变，不择手段，必得保全曾国荃及其部下，以求大家相安无事。他先以幼天王自焚上报，继称其死于乱军之中，及至证据确凿、无法抵赖之时，则对上奏揭发此事的左宗棠反唇相讥：天京破城之际不过逸出一千多人，就要如此反复追查、定要严惩失职将领，若如杭州那样，太平军大开九门，逃出十万八万，那时又当如何？结果，清廷也只好不了了之，甚至连左、沈二人将幼天王解送京师的奏请也予以驳回，免致曾国藩过于难堪。
曾国藩与清廷所以这样做，是因为世间有一个胜利者无罪的原则，对功臣只可赏不可罚。当时，曾国荃及其部下已在天京发了横财，个个箱满筐溢，一心只想保住自己的这份财产，再不想为别的事打仗。然他们也曾为此付出了很大代价，受尽煎熬而不肯散去，就是为了最后能进城大抢一通。如果清廷或曾国藩威逼太紧，定治其罪，令他们吐出吞到肚里的宝物，他们必然铤而走险，起兵叛乱。所以，曾国藩对清廷严惩走脱幼天王失职将领的谕旨，坚决顶着不办，以安曾国荃等人之心。而清廷这样做，本来就是别有用心，意在逼曾国藩裁军辞饷，一旦曾国藩真的这样做了，追查之事也就达到了预期的目的，最妙之法也就莫过于不了了之了。
至于曾国藩为什么没有挥戈北上，代清自为，则大约有两个方面的原因，或则本来就无此野心，或因料无胜算而知难而退。曾国藩一生愁苦，时萌退志，常有生不如死之叹，或许真的没有称帝之心亦未可知。早在攻陷天京之前，他就曾在答复同年好友的信中表示：“年来忝窃高位，饱聆誉言，虽同年至亲如寄云、筠仙辈，亦但有赞美而无针砭，大有独夫之象，可为悚惶。惟自知之明尚未尽泯，不敢因幸获之战功，倘来之虚名，遂自忘其鄙陋。此差可为故人告者。然辖境太广，统军太多，责任太重，才力太绌，正不知以何日颠蹶，以何日取戾。万一金陵克复，拟即引退避贤者路，非爱惜微名而求自全也，实自度精神不复堪此繁剧也。”联系祁门被困时曾遗嘱曾纪泽，要他长大后不可为官更不可带兵，只可一心做学问云云，或许曾国藩的人生乐趣，属文治学更多于从军从政，真的素无称帝之心。倘若并非如此，当时不仅存在着曾国藩起兵造反的客观可能性，而且他也确实具有这样的主观意图，那么终未成为事实的原因，则只能是政治上尚乏准备，军事上尤无胜算，以曾国藩之明智不肯干此蠢事，远不如继续做清王朝的忠臣孝子更为有利。有人说曾国藩不愿称帝是因为忠君思想的制约，似乎他满有把握做成皇帝却偏偏不肯做，令不少人为之扼腕叹息。这不过是笔记小说的惯用手法，装饰文采而已，实则经不住认真推敲。因为作者仅提到有人拥戴和曾国藩拒绝两事，并没有对当时全国的政治军事局势，尤其湘淮军集团的实际状况做出分析，其拒绝的原因决不限于一条。且支配人们是否采取行动的最后关键并非道德规范，而是对根本利害的权衡。倘若曾国藩在方方面面真的具有取清自为的胜算，所谓忠君云云就绝不会成为他的思想政治障碍。因为按照儒家思想的逻辑，成者为王，败者为寇，君臣伦理并不妨碍改朝换代。试想自古开国明君取得天下，哪个离开暴力弑君和阴谋篡逆两途？然一旦权位到手，儒家的忠君道德就由对篡弑者的谴责，变为对新帝的诚心拥戴。曾国藩熟读经史，岂不知这番道理？
在这次战略退却中，曾国藩所遇到的另一棘手问题是曾国荃的出处。曾国荃不学无术，急功贪财，饕餮之名满天下。其每克一城必纵兵大掠，而大发横财之后则必回籍购置田产起盖大屋。其为人复张扬跋扈，不知禁忌，早在攻陷天京前即已恶名远扬，故清政府对他疑忌尤甚。同治二年三月曾国荃已由江苏布政使升任浙江巡抚，因正率军围攻天京而未赴任。按照清朝制度他是可以单独奏报军情的。然清政府却不准这样做，遇事只能由远在安庆的曾国藩转奏，不消说与左宗棠、李鸿章相比，甚至连个按察使衔兵备道都不如。攻陷天京的当天，同治三年六月十六日，按照曾国藩事先的安排，他与杨载福、彭玉麟联衔八百里驰奏报捷，随即受到清廷的严厉指责，抓住“大势粗定，遽回老营”一事横加罪名，“倘曾国荃骤胜而骄，令垂成之功或有中变，致稽时日，必唯曾国荃是问。”实际上不仅不承认他的捷报，而且节外生枝，故意吹求，以实施政治上的抑制和打击。曾国藩看透了清廷意欲将其排而去之的用心，遂于七月二十日奏请裁撤曾国荃所统兵勇之半的同时，提出是否准其本人回籍养病的问题，进行试探。称曾国荃“意欲奏请回籍，一面调理病驱，一面亲率遣撤之勇部勒南归”。而曾国藩本人尚未应允，“嘱以苟可支持，不必遽请开缺，姑在金陵安心调理，代臣料理善后事宜。”谁知清廷比曾国藩还急，尚未接到这一奏请，就对曾国荃当头又施棒赫，下旨追查天京金银的下落，令曾国藩“查明报部备拨”。并对之郑重警告道：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，孰可长承恩眷。”其后清政府虽在谕旨中假意挽留，将曾国藩奏折中的话重复一遍，但却绝口不提赴任本官之事，反而肯定曾国荃奏请开缺回籍的想法“合于出处之道。”曾国藩见事势难以挽回，更加坚定了自己原来的想法，遂于八月二十七日专折代曾国荃奏请开缺回籍养病，九月初四日即得到清政府的批准。其动作之快实出意外。不想，这下可惹恼了曾国荃。他本来就藐视清廷，心怀不满，加以缺乏涵养之性，遂于大庭广众之中将自己的愤懑之情公开发泄出来，致使曾国藩狼狈万状，无地自容。三年后他对自己的心腹幕僚赵烈文说：“三年秋，吾进此城行署之日，舍弟甫解浙抚任，不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。”原来这一次再次地陈请开缺回籍，都是曾国藩耍的政治把戏，曾国荃从无此意，都是阿兄背着他干的。不学无术的曾国荃既不懂兔死狗烹的道理，也不懂为臣之道，更不能理解胞兄的这番苦心。所以，曾国藩欲行退却之策以保身家名位，对这位不知进退的胞弟，非瞒天过海造成既成事实，然后迫其就范不可。“舍弟”的表现虽令曾国藩当众出丑，但他毕竟达到了自己的目的，解决了一个政治上的大难题，圆满完成了这次极为关键的退却。为了消解曾国荃内心的不平之气，待其四十一岁生日那天，曾国藩不仅专门指派能说会道的赵烈文前往劝慰，还亲自特写七绝十二首为他祝寿。据说，当曾国荃读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”一句时，竟然放声大哭，以泄胸中抑郁之气。
第八次是同治四年三月，那拉氏罢免恭亲王奕 的一切职事，妄加罪名，欲陷不测，引起曾国藩等人的极大恐慌，疑为清政府卸磨杀驴的信号。
曾国藩在三月二十八日的《日记》中写道：“是日早间阅京报，见三月八日革恭亲王差事谕旨，有‘目无君上，诸多挟制，暗使离间，不可细问’等语，读之寒心惴栗之至，竟日忡忡，如不自克。”于是，他苦思数日，便开始向心腹将领吹风试探，酝酿对策。四月三日他以巡察为名，相约驻扎裕溪口的水师将领彭玉麟赴下关一见，二人在一只小船中密谈良久，“言及国事与渠家事，欷 久之”。那么，他们究竟谈何国事呢？数日后彭玉麟在给朋友的一封信中说：“议政王为九江蔡寿祺以莫须有污蔑，致出军机，中外骇闻。伏思今上当极，两宫垂帘，实赖贤王公忠体国，上下一心，华夷钦服，始有今日中兴气象。何物蔡寿祺，丧心狂吠，以 人之授意，竟敢害于忠良。倭公不侃侃而言，亦竟阿于取好。议政其周召，若辈其管蔡乎？天下有心人能不愤恨欲死！不才欲以首领进词，而爵相极力劝阻，须俟城内动静，再作道理。兄不学无术，不平欲鸣，抑恨堇吐，其如愤火中烧何！” 还说：“小人道长，国家堪忧，残喘余生安得即赋归去，遁迹山林，不阅世事耶？”原来，令曾、彭二人言之感伤、“欷 久之”的“国事”，就是西太后罢黜恭亲王一事。看来他们共同的意见是，此事关系重大，决不可坐视不理。惟所不同的是，彭玉麟欲马上动手，领衔上疏谏争。而曾国藩则要他静观时变，必须从京中了解到更进一步的详情，弄清事情的原委，才能决定行止，不能仅根据一纸京报就采取行动。这件事说明，清政府追查天京窖金与幼天王下落，遭受打击的仅是曾国荃一伙。曾国藩集团的其他派系可能不闻不问，有的甚至会幸灾乐祸，煽风点火。这是因为他们太不得人心了。他们的所作所为，不仅使之在整个统治阶级中成为众矢之的，也在曾国藩集团中陷于孤立。倘若清政府欲行兔死狗烹之策，将湘淮将领一网打尽，他们就会由四分五裂走向一致，联合起来抗满自保。根据当时的形势，很可能形成南北对峙的局面，或如萧一山说的那样，挥戈北上，拥曾为帝，亦未可知。联系那拉氏死后，因摄政王载沣排斥袁世凯，拆散满洲皇室与汉大臣的联盟，从而导致清王朝迅速灭亡的事实，这种可能性并不是不存在的。只是后来那拉氏见风转舵，重新恢复了奕 “议政王”之外的其他主要职事，才避免了这种结局，曾国藩集团也仅只虚惊一场。
第九次是同治五年冬，因剿捻战争一时失利，清政府中途易帅，使曾国藩大丢脸面，陷入进退维谷的困境。
曾国藩自剿捻以来，屡受清廷的指责，防守沙河之策失败之后，更是接连不断，愈演愈烈。迨至同治五年冬，即已受到“寄谕责备者七次，御史参劾者五次 ”，使他感到再也干不下去了，只好自请革去钦差大臣之职和一等侯爵之位，以让贤者之路。然而，使他为难的是，天下之大竟无一个适当的安身之处。当时，曾国藩听到各种建议，有的劝其回籍省墓，有的劝其住京养病，有的请其回任江督，他以为皆不妥当。首先，回任江督行不通。因他辞职的理由是有病，“不能用心阅文，不能见客多说。既不堪为星使，又岂可为江督？”所以，既辞钦差就不能不连江督也一并辞去。其次，“乞归林泉亦非易易”，“若地方大吏小有隔阂，则步步皆成荆棘”。再次，“住京养病尤易招怨丛谤”。最后，曾国藩“反复筹思，仍以散员留营为中下之策，此外皆下下也”。他在给鲍超的信中也以此招为得计：“仆自去岁以来，寄谕责备者七次，御史参劾者五次，从无不平之意形诸言色。即因病陈请开缺，亦不敢求回籍，又不敢求进京，但求留营效力耳。”然实际上，此策则更加行不通。因为这样以来，不仅使后来者觉得碍手碍脚，倍生反感，且极易启人疑谤。正像有人说的那样，你留营中效力，谁人可以指挥？岂不是一舟双舵、一马双驭？同时，“维系军心之言与平日惧为权臣之意自相矛盾”，且有“挟军心以自重之嫌”。这前面一条可能导致李鸿章的坚决反对，他令其兄李瀚章劝曾国藩回任江督，即已显露此意。而后面一条更是曾国藩避之唯恐不及的罪名，是万万不可轻试的。当时也有人劝他直言极谏，陈明利害，以改变清政府的做法。他出于同一原因，不敢这样做。他在给尹耕云的复信中解释说：“窃观古来臣道，凡臣工皆可匡扶主德，直言极谏，唯将帅不可直言极谏，以其近于鬻拳也。凡臣工皆可弹击权奸，除恶君侧，唯将帅不可除恶君侧，以其近于王敦也。凡臣工皆可一意孤行，不恤人言，唯将帅不可不恤人言，以其近于诸葛恪也。握兵权者犯此三忌，类皆害于尔国，凶于尔家。故弟自庚申忝绾兵符以来，夙夜祗惧，最畏人言，迥非昔年直情径行之态。” 又说：“近有朱、卢、穆等交章弹劾，其未奉发阅者又复不知凡几，尤觉梦魂悚惕，惧罹不测之咎。盖公论之是非，朝廷之赏罚例随人言为转移，虽方寸不尽为所挠，然亦未敢忽视也。”就是说，可怕的不是御史而是为其撑腰的清廷，他们是根据朝廷的眼色行事的。朝廷发阅弹章，不过是放只氢气球，意在逼曾国藩交权退避，若竟倔强不服，必有更加厉害的后着，直至达到目的为止。曾国藩身为人臣，欲保名位，无论内心感受如何，都必须拿出对之忠诚驯服的样子，人君可畏，人言亦可畏。正像他在给李鸿章的信中所说的那样，“去冬以来，忧谗畏讥尤甚于昔”，“从此不居极要之任，或可保全末路耳”。最后，曾国藩迫于情势，不得不返回两江总督之任。因李鸿章剿捻急需两江之饷，若易他人为江督，则未必能够保障前线各军的饷运。既然李鸿章一再以此为请，他也就很难拒绝了。然而，这对曾国藩来说却是一件含羞忍辱之事，不仅令其数年之间心情不畅，且遗终生之悔。同治九年三任江督时复函友人称：“剿捻无功即当退处深山，六年春重回江南、七年冬莅任畿辅，皆系画蛇添足。”不过，这只能说明其内心的懊丧，事实上却无法真正这样去做。此可谓人在官场，身不由己。他坚信命运之说，大概这也是根据之一吧。
第十次是同治九年，曾国藩将天津教案办成典型的屈辱外交，使自己成为过街之鼠，众矢之的。清政府再次中途易帅，让他灰溜溜地再返江督之任。
其实，曾国藩的办案方针与清政府是大致相同的，其种种举措亦无不得到清政府的批准，不过隐瞒了法国天主教堂的一些罪行，没有如实上报而已。故舆论的冲击不仅针对曾国藩，也是针对清政府的。然专制时代有一条非成文法，国家最高决策一旦出现重大失误，只能指责经办大臣，不能指责皇帝。如南宋的秦桧，晚清的穆彰阿，多年来一直受到万人唾骂，对其本人固属罪有应得，但同时也是代皇帝受过。只是这一过程发生较迟，都是在老皇帝去世、新皇帝登极之后，朝廷大张其过，舆论骤起攻击，形成人人喊打的局面。而曾国藩则是现世现报，一转眼间功臣贤相就成了过街之鼠。社会舆论变幻如此之速，其重要原因之一就是清政府有意落井下石，乘机打击曾国藩，以便将他赶出畿辅要地。当全国舆论在醇亲王的带动下，群起攻击曾国藩的时候，那拉氏不仅公开宣称曾国藩“文武全才，惜不能办教案 ”，将刚到陕西的李鸿章调赴天津进行复查，还把曾国藩匆匆调回江南，以李鸿章取而代之。实际上是将天津教案办理失误的全部罪责，都推到他一人身上。其实，李鸿章最后仍以曾国藩的奏报结案，并无实质性的改变。原定死刑20名改为16名，也不是李鸿章争来的，而是俄国被杀四名只要赔钱，不要中国人抵命。正是清政府的这种做法，使全国舆论受到进一步的鼓舞，对曾国藩的攻击愈演愈烈，一发而不可收。对于这层原因，曾国藩当时就看得很清楚，只是不敢明言。他在给诸弟的家信中说：“余两次在京不善应酬，为群公所白眼，加以天津教案物议沸腾，以后大事小事部中皆有意吹求，微言讽刺。陈由立遣发黑龙江，过通州时其妻京控，亦言余讯办不公，及欠渠薪水四千两不发等语。以是余心绪忧悒。”显然，这些人不过是看清政府的眼色行事。他们从清政府对天津教案和曾国藩的处理中得到一个信息，知道曾国藩已经失宠，故会大着胆子这样做。曾国藩“心绪忧悒 ”的原因，也不只这些麻烦本身，而主要还是造成这些麻烦的深层原因，同清政府的关系愈来愈疏远了，自己的政治处境会越来越困难。
醇亲王奕 与叶赫那拉皇太后所以对曾国藩采取这种态度，也可能与曾国藩拒绝他们的有意拉拢有关。曾国藩调任直隶总督后，醇亲王奕 曾一再向其致意，但都遭到了他的拒绝。同治八年春奕 托曾国藩的好友朱学勤转致一信，对曾大加赞扬。曾国藩没有复信，仅在给朱学勤的信中解释说：“醇邸慎所许可，乃独垂青于鄙人，感惭无已。敝处函牍稀少，未便于醇邸忽改常度。”同治九年春奕 又托曾国藩的另一好友黄倬转寄诗文，以求应和。曾国藩亦没有回信，仅在给黄倬的信中解释说：“醇邸于敝处折节下交，拳拳挚爱，极为心感。兹承转寄见赠之作，诗笔既工，用意尤厚。惟奖许过当，非所敢承。理宜奉笺致谢，缘弟处向来书札稀少，朝端贵近诸公多不通问，未便于醇邸特致私爱，致启他嫌。素不工诗，亦未能遽成和章。稍暇当勉成一首奉呈，以答盛意，聊申谢悃。晤时尚望先为代达鄙意，至荷，至荷。”醇亲王的用意是很明显的。他是恭亲王之弟，同治帝之叔，那拉氏的妹夫。长期以来，他与那拉氏紧密勾结，欲与奕 一争高下，至于不惜主动拉拢湘淮军帅，以加强自己的地位。不过，曾国藩不与奕 交往，不仅避交接权贵之嫌，更为避内外交通之嫌。历代王朝皆严禁亲王与外藩之间私下交通，以杜绝王位之争。故前者可能关乎个人名声，而后者则可能招致灭族之祸。事实上即使没有那么严重，亦远非大臣所宜。曾国藩对此惕然警惧，远嫌避祸，亦属恪守臣道之举。然而，这样一来却深深地得罪了醇亲王，或则衔恨于心，或则疑为恭党，遂乘天津教案之机对之攻击不遗余力，必欲去之而后快。不料，曾国藩固不知趣，李鸿章亦未满所望，复转而拉拢左宗棠。据说，左宗棠入值军机处，主要出于奕 的推动，意在取代恭亲王。只是左宗棠更不知趣，最后只好作罢。或者，如此等等，皆出于那拉氏的授意，亦未可知。
历史事实表明，天津教案后再返江南，标志着曾国藩同清政府的关系进入了一个新阶段。湘军攻陷天京后，清政府深怕他真的要做皇帝，既忌其手握大权又忌其功高震主。待其停解外省厘金、大量裁撤金陵湘军后，手中失去挥戈北上的实力，也就不再对清廷构成威胁。然其威望尚存，仍有功高震主之嫌。其后剿捻无功，中途下台，已是威名大损，今不如昔。迨至三莅江督之任已是威信扫地，则完全失去对清廷的威胁，即使重握攻克天京前的兵饷实力，也不可能取清自为了。与此同时，清政府在曾国藩心目中的分量亦是越来越轻，中兴幻想一步步破灭，悲观情绪愈来愈重，从而构成其心情不畅的另一原因。
曾国藩系道光朝旧臣，因穆彰阿的荐赏而平步青云，十余年间跻身卿贰，成为清代罕见之事。然自从军以来屡遭疑忌，长期不得其位，心情甚感压抑，恨不得找个地方“痛哭而一倾吐也”。自咸丰十年出任江督，尤其那拉氏、奕 政变上台之后，曾国藩一度兴高采烈，以为中兴有望，对国家前途充满信心。然其心腹幕僚赵烈文不同意这种看法，遂引发二人间的多次辩论。同治六年夏，一次闲谈中曾对赵说：“都中来信云，都门气象甚恶。明火执仗之案时出，而市肆乞丐成群，甚至妇女亦裸身无裤。民穷财尽，恐有异变，奈何？”赵说：“天下治安一统久矣，势必驯至分剖。然主威素重，风气未开，若非抽心一烂，则土崩瓦解之局不成。以烈度之，异日之祸必先根本颠仆，而后方州无主，人自为政，殆不出五十年矣。”曾“蹙额良久”说：“然则当南迁乎？”赵说：“恐遂陆沉，未必能效晋、宋也。” 曾说：“本朝君德正，或不至此。”赵说：“君德正矣！而国势之隆，食报已不为不厚。国初创业太易，诛戮太重，所以有天下者太巧。天道难知，善恶不相掩，后君之德泽未足恃也。”曾说：“吾日夜望死，忧见宗 之陨，君辈得毋以为戏论？”赵说：“如师身分，虽善谑，何至以此为戏！”此后，二人又争辩数次，对形势的看法基本一致，而分歧的焦点则集中在清政府的评价上，即它究竟是否有能力扭转这一江河日下的形势。一日，赵说：“在上海见恭邸小像，盖一轻俊少年耳，非尊彝重器，不足以镇百僚。”曾说：“然貌非厚重，聪明过人。”赵说：“聪明信有之，亦小智耳。”“至己为何人，所居何地，应如何立志，似乎全未理会。”“ 身当姬旦之地，无卓然自立之心，位尊势极而虑不出庭户，恐不能无覆 之虞，非浅智薄慧、涂饰耳目之技所能幸免也。”曾国藩则以 “本朝君德甚厚”、那拉氏“乾纲独断”应之，且举“勤政”、“免征”、“免报销”及处理官文数事以为证，称“数者皆非亡国举动，足下以为如何？”赵烈文对之逐条批驳，并进而指出：“三代以后论强弱不论仁暴，论形势不论德泽。即如诸葛辅蜀，宫、府甚治而卒不能复已绝之炎刘；金哀在汴，求治颇切而终不能抗方张之强鞑。人之所见不能甚远，既未可以一言而决其必昌，亦不得以一事而许其不覆。”又说：“夫以君德卜国祚之穷长，允矣。而中兴气象，第一贵政地有人。奄奄不改，欲以措施一二之偶当默运天心，未必其然也。”曾国藩当时虽无言以对，但心中仍未服气。时隔两月，复因总理衙门“殷殷下问”而“喜动颜色”，并大发感慨道：“此折所关甚大。枋国者能如此，中兴其有望乎？”又说：“国运长短不系强弱，唯在上者有立国之道，则虽困不亡。如金主亮南牧，宋社岌岌。虞允文之战，小胜不足言，顾孝宗忠厚恺悌，其道足以保身保家。天即使金人内变，海陵被弑，以全赵氏之宗 。金祚未可遽陨，又生世宗以休息之。其妙如此，圣人所以动称天命也。”这就是说，直到此时曾国藩仍心存侥幸，祈盼望清王朝能偏安一隅，不至“陆沉”，总以为尚不存在“抽心一烂”的问题。
然而，当其重游京师，亲睹清政府的帝后王公及当轴政要之后，连这最后一点信心也没有了。同治八年夏，应调赶赴直隶的赵烈文刚到保定，曾国藩就立刻向他吐露心声，从而为他们多次争论的问题做出最后结论。他说：“两宫（指慈安、慈禧两太后）才地平常，见面无一要语；皇上冲默，亦无从测之；时局尽在军机恭邸（指奕 ）、文（指文祥）、宝（指宝 ）数人，权过人主。恭邸极聪明而晃荡不能立足；文柏川（即文祥）正派而规模狭隘，亦不知求人自辅；宝佩衡（即宝 ）则不满人口。朝中有特立之操者尚推倭艮峰（即倭仁），然才薄识短。余更碌碌，甚可忧耳。”就是说，在清政府整个决策层中，根本没有出类拔萃之才，足可力挽狂澜，救清政府于当亡之时而不亡，完颜、赵氏在强敌威逼下苟延一隅的历史，再也无法重演了。
不过，曾国藩于极度失望之中，仍对清政府抱有感激之情，盖同宋朝相比，清政府毕竟对他宽大得多。在其攻陷天京之后，虽功高震主，颇有取清自为的条件，清政府亦仅只剥夺其足可“图谋不规”的资本，即手中握有的兵权、利权及个人威信，一旦以实际行动表明自己恪守臣道、并无称帝之心，则不仅保住了其身家性命，也保住了自己的名誉地位，即作为一个功臣所应当得到的一切。就是说，清王朝虽疑忌功臣，但与宋朝相比要轻得多，对功臣的处理也宽大得多。故曾国藩等湘淮将帅的命运，要比岳飞等人幸运得多，遂使曾国藩对此感激不尽。他曾对人说：“南宋罢诸将兵柄，奉行祖制也。”“韩、岳等军制，自成军、自求饷，仿佛与今同”，然最后结局却大相径庭。又说：“宋世鉴于陈桥之变，于将帅得人心者猜忌特甚。北宋如王恭武、狄武襄均为正人所纠劾，不获大用。南宋秦氏亦以军心归附，急谋解张、韩、刘、岳之兵柄。”“我朝宽大诚明，度越前古，国藩与左、李辈动辄募勇数万，保获提镇以千百计，朝廷毫无猜疑。仆辈亦不知有嫌可避，坦然如鱼之忘于江湖，如足适而忘履，腰适而忘带。”这些话虽是同治六年说的，亦难免美化之意，但大致与实际情况吻合，清政府基本上还算“宽大诚明 ”。他虽然曾在咸丰五、六年间和攻陷天京前夕，颇为能否保全末路而心怀疑惧，同治四年亦曾怀疑那拉氏会屠戮功臣，但毕竟身名俱泰，没有发生东汉夕阳亭、南宋风波亭之事。这说明曾国藩与那拉氏双方，都接受了历史教训，在一定条件下相互妥协、相互克制，从而避免了历史悲剧的重演。倘若其中一方超越界限，不知自律，则很可能破坏君臣之盟，导致同归于尽的结局。所谓“君使臣以礼，臣事君以忠”，并非凭空设想的道德规范，而是历史经验的总结。更何况此亦并非怂人听闻或凭空假设，只要重温清末民初的历史，就可明白其中的道理。正是由于那拉氏死后，摄政王载沣以新政为名罢免袁世凯，从而拆散了满洲贵族同汉族军政官僚集团的联盟，尤其破坏了双方政治上的相互信任，方导致袁世凯再度上台之后，在完全有力量攻占武昌的情况下按兵不动，利用革命党人逼清帝退位，又在打败革命党后洪宪称帝，虽几经周折、费时数载，亦同取清自为相差无几。对于这一历史现象，仅用个人品行、有否政治野心来解释显然是很不够的。因为决定人们一切行动的最终驱动力不是道德，而是利害。对袁世凯来说，这是他所能看到的对之最为有利的唯一选择。他不是岳飞，不可能仍对一个不可信赖的清王朝徒效愚忠；他不是革命党，也不可能忠于共和制度。即就个人品德而论，假如袁世凯真的时怀退志、根本不计较个人的出处，他就会毫不犹豫将辛亥革命扼杀于血泊之中，难道这就一定会得到比今天更好的历史评价吗？他既然视权位如性命，也就不会听任自己手中的大权落到革命党手中，二者必居其一，难道还有其他可能吗？只是多年以来，研究辛亥革命的学者多注重于革命经验的总结，痛恨袁世凯的背信弃义，很少有人从清政府得失利害的角度总结这一经验教训，更不会将它与曾国藩的功成身泰联系起来，故很少引起人们的注意。
以上十条主要是讲曾国藩如何处理同清政府的关系，对于整个曾国藩集团来说虽然至关紧要，但却并非它的全部，而其他成员对清政府的态度与对策，则表现于双方对地方政权的争夺之中。这对曾国藩集团来说亦同样具有重大意义。因为作为汉族地主阶级新贵的曾国藩集团，通过一场战争固然为满洲贵族保住皇位，仍须对之俯首称臣，但却乘机取得半数以上的省级地方实权，隐掌半壁山河，从而成为晚清史上最大的地方实力派。
清政府为了取得战争的胜利，将太平天国革命尽快地镇压下去，十余年间不得不忍痛割爱，把很大一部分地方大权交给领兵作战的湘淮军将帅，使这些原本无权无位、身份平常的书生，一跃而成为清政府的一二品大员。不过，清政府在大量放权的同时，心里还想着另外一件事，那就是力防他们将来尾大不掉，危及其自身的地位。为此，清政府拟定种种防范措施，对于不同的省份、官缺及受权人员，采取不同的办法。例如，总督一职，两江、直隶、闽浙、云贵等其他缺位皆可授予曾国藩集团的成员，唯湖广总督一席却长期握在自己手中，不肯授予他们中的任何人。又如巡抚一职，清政府在很长一个时期，可以授予江忠源、胡林翼，却偏偏不肯授予曾国藩。署理鄂抚，旋予旋夺；自请赣抚则宁可让其回籍闲居，也不肯一遂其愿。至于曾国荃的命运尚不及乃兄。补授浙江巡抚，攻陷天京前不许单独奏事，攻陷天京时不许单独报捷，攻陷天京后则既不许赴任也不许奏事，唯恐江浙财富之域落到曾家手中，逼得曾国藩不得不强奸弟意，代请辞职。授予湖北巡抚，却让他处处受制于总督，连朝廷发来的寄谕也要到督署领阅。这样，曾国藩集团同清政府之间，尤其曾氏兄弟同清政府之间，在地方权力的授予上就不可能不发生一些矛盾，投钩诱钓和巧取强夺之事自不可避免。然曾国藩集团经过十几年坚持不懈的努力，通过各种各样的方式，终于将很大一批省份的大权，尤其东南半壁江山，牢牢控制在自己手中。兹大致以地域为序，就曾国藩集团取得地方大权的过程简述如下。鉴于这一时期例行督抚专政，地方大权操于督抚手中，故此陈述以督抚的任免为主线，司道提镇基本略而不计。
曾国藩集团对地方大权的争取首先从两湖开始，他们同清政府之间，围绕权力之争的种种恩恩怨怨，也首先从这里开始。而湖南是曾、胡、左、江的故乡，其筹饷、募勇亦首先从这里开始，他们要在这里生存、发展，就不能没有地方政府的支持。所以，他们同地方政府的分合向背问题，从湘军萌发之时即已存在，而王 状告湘乡县令之事则开其滥觞。其时双方势如水火，各不相让，根本不可能联合起来共同对付农民的反抗活动，更谈不上镇压组织严密的反清起义军。其后事态的转机始于朱孙诒调任湘乡县令，一改前任所为，大肆笼络当地士绅，不仅依意另立钱粮征收新章，还令其头面人物各得其所：聘王 为幕僚、举罗泽南为孝廉，拔刘蓉为文童，遂使湘乡率先成为官绅一家、联手制民的典范。从此，湘乡县令虽一换再换，但无不唯士绅之命是听，致使该邑不仅成为曾国藩集团所控制的第一个地方政权，而且成为他们最初接管地方政权的一种模式。故湘乡之举既是曾国藩集团逐步夺取地方政权的前奏，也是这一行动正式开始前的一次演示，对他们来说，无论其实践上与理论上，都有着重要意义。否则，他们的历史将重新改写。
当太平军围攻省城长沙的时候，整个湖南也如湘乡县一样，很快形成官绅一家、联手对付农民起义军的政治格局。由于新任湖南巡抚张亮基熟习曾、胡、左等人，且一向与之关系良好，充分信任和依靠湖南士绅，遂采纳胡林翼的建议，礼聘左宗棠入幕主持军政大计，对之言听计从，实际情形同后来骆秉章抚湘时极为相似，巡抚居其名，师爷行其实。从长沙守城到镇压征义堂起义，以至征调各县练勇赴省交由曾国藩集训，从而成为创立湘军之始，无不出自左宗棠的手笔。曾国藩出山之初诸事办理顺利，也是这个原因。其后，他与湖南地方官员之间矛盾重重，屡生波澜，则是由于张亮基调离湖南，左宗棠随之而去的缘故。迨及左宗棠重入湘幕，曾国藩在湖南的处境亦随之大为改善。这是因为曾国藩集团通过这种间接的方式，再度掌握了湖南的大权。咸丰皇帝所以对左宗棠之事大为震惊，且不听骆秉章的辩解，想必通过樊燮一案，复联想到左宗棠屡调不出的往事，从而弄清湖南大权旁落的真相，视为劣幕操纵的典型，决心依照祖制，严加整治。其后所以放弃追查并转而重用左宗棠，则因迫于战争形势而不得不从权处置，只求良好结果，不问具体过程。就是说，咸丰皇帝实际上认可了这件事，不管由谁掌权，由谁来办，只要能把太平军镇压下去就行。“老亮”左宗棠离开骆秉章幕府之际，又推荐“小亮”刘蓉以自代，使曾国藩集团继续隐操湖南一省大权，与左宗棠时期没有什么不同。直到咸丰十年骆秉章调赴四川，毛鸿宾出任湖南巡抚，曾国藩集团才告别了这种暗中操纵的历史，名正言顺地掌握了湖南的大权。
同湖南相比，湖北的情形则既有类似又有不同。相似之处在于也同样经历了一个由隐蔽掌权到公开掌权的过程，不同的是双方的角色不同，持续的时间不同，而权力之争则更为曲折隐蔽，牵扯面也更大、更深。这不仅缘于督抚同城之故，还因它的政治地位和地理位置比湖南更为重要。咸丰二年底曾国藩出山不久，张亮基调署湖广总督，他不仅同胡林翼关系密切、引左宗棠为心腹，而且处处同情与支持曾国藩，故在实际上成为他们的后台。咸丰三年张亮基调抚山东，吴文 接任湖广总督。吴文 同曾国藩有师生之谊，对胡林翼甚为器重，亦无形中成为他们的靠山。只是好景不长，上任半年即败死黄州，使他们空喜欢一场。咸丰四年曾国藩带兵攻占武昌，咸丰帝一时高兴，令其署理湖北巡抚。然却很快反悔，收回成命，任命一向同曾国藩作对的陶恩培为湖北巡抚。咸丰五年陶恩培战死，胡林翼受命署理鄂抚。因胡林翼手中无兵，名气不大，又得文庆的暗中支持，故清政府尚无疑惧之心，肯将湖北巡抚之位授予他。但由于湖北位居长江上游，军事上具有特殊的战略地位，故不肯将一省之权交给汉员巡抚，特命原荆州将军官文任湖广总督，主持全省军政大计，使胡林翼纵有 天之能也难以施展。又因官文系满洲贵族、咸丰皇帝的亲信，地位难以动摇。故胡林翼不得不听从别人的劝告，对之曲意奉迎、倾心结交，令其诚心感佩，言听计从，从而达到独操一省大权的目的。薛福成曾专门着文谈论此事。其时，官文驻长江北岸，主上游军政，胡林翼驻南岸，主下游军政，“督抚相隔远，往往以征兵调饷互有违言。僚吏意向，显分彼此，抵牾益甚。”加之双方办事作风大相径庭，“文恭（指官文）于钜细事不甚究心，多假手幕友家丁”，“诸所措注，文忠（指胡林翼）尤不谓然。”咸丰六年底，湘军再次攻占武昌后，胡林翼“位望日益隆，文恭亦欲倚以为重。比由荆州移驻武昌，三往拜而文忠谢不见也。或为文恭说文忠曰：‘公不欲削平巨寇耶？天下未有督抚不和而能办大事者。且总督为人易良坦中，从善如流。公若善与之交，必能左右之，是公不翅兼为总督也。合督抚之权以办贼，谁能御我？’文忠亟往见文恭，推诚相结纳，谢不敏焉。” 胡林翼为了取得官文的好感，甚至不惜讨好其小妾，请其母将之收为义女。于是，两家往来益密，馈问无虚日，二人之交亦益固。左宗棠以幕僚隐操一省大权，而胡林翼则以交欢官文的办法兼有总督之权，故其情形颇为相似。所不同的是，胡林翼不仅以此独掌一省大权，且通过官文影响清政府的决策，借以实现曾国藩集团的政治意图。例如，先后两次分别奏留奉旨入川的曾国藩、左宗棠共图安徽，保奏刘蓉超升陕西巡抚等，都是由官文出面，按照胡林翼的意图向清廷奏准的。正像薛福成说的那样，“朝廷以文恭督湖广数年，内靖寇氛，外援邻省，成功甚伟，累晋大学士，授为钦差大臣，宠眷隆治。文恭心感文忠之力，而文忠亦益得发舒。凡东南各省疆吏将帅之贤否进退与一切布置，每有所见必进密疏，或与文恭会衔入告。文忠所引嫌不能言者，亦竟劝文恭独言之， 谟所定，志行计从。”故“人谓文忠有旋干转坤之功，不仅泽在湖北也。”徐宗亮的说法略有不同，而其某些细节则较为详尽。其《归庐谈往录》称：“当武汉初复，文忠由湖湘，文恭由襄汉，分为两岸。麾下文武各有所主，议论颇不相下，两公遂成水火之势。文忠一日具疏参文恭十二事，先遣人示意请改，文恭闭不纳。时宝庆守魁联荫庭被议随营，周旋两府间甚洽，因诣文恭言曰：‘今天下大事专倚湘人，公若能委心以任，功必成、名必显。公为大帅，湘人之功皆公之功，何不交欢胡公，而为一二左右所蔽乎？某请往说胡公，使下公。’旋又过文忠言曰：‘官公忠实无他肠，友谊极重。公若与结好，凡事听公，决无后虑。若必劾去易能者，未必悉唯公所为，公其思之。’两公甚然其言，前隙遂释。魁又促文恭先过文忠布心腹，于是结为兄弟，家人往来如骨肉焉。” 薛福成曾任曾国藩、李鸿章幕僚，徐宗亮曾任胡林翼幕僚，他们的记载还是较为可信的。而魁联曾任湖南宝庆知府，同湘军将帅关系密切，塔齐布、普承尧所先后统带的宝勇，就是由他募练的。后又得官文赏识，由湖南按察使被劾降为候补知府后，复应聘赴湖北为其管理营务。故能取得官、胡双方的信赖，担当起为他们疏通关系的重任。
然而，官文只是出于个人私谊信任胡林翼一人，对曾国藩集团的其他成员并无好感，遂致咸丰八、九两年连出大故，李续宾在安徽三河全军覆没，左宗棠因樊燮案几陷大狱，皆官文一手造成，使官、胡关系出现新的危机。《湘军志》称，当驰救庐州的李续宾自感兵单复又“名重耻退”之际，乃“发书湖北请益师。”其时，“续宾弟续宜将四千人屯黄冈，唐训方将三千人道英山援淮北，未行。林翼已持丧还葬，官文得书笑曰：‘李九所向无前，今军威已振，何攻之不克，岂少我哉？’遍示司道，皆以续宾用兵如神，无所用援。续宾虽请援，亦不肯留军示怯懦，则进三河”，遂致败死。而《藤花馆掌故笔记》则说，李续宾驰救庐州之时，“ 胡文忠亦守制，居益阳故里，鄂中军务由官文恭主持。文恭颇不嫌于忠武（指李续宾）”。李续宾闻太平天国陈、李大军将至，“飞檄告急于鄂，文恭以疲卒予之，曰‘迪庵善用兵，能化弱为强也。’忠武家人闻皖事急，与文正议，欲驰书令退军。未发，而三河全军覆没之耗至。”胡林翼对之痛心疾首，引为已罪，通报全省司道官员，称吾“与迪庵共事最久，弃之以归，致全军殁于异域”，而对负有直接责任的官文，岂不更为憎恶？遂使双方关系再度产生裂痕。更为严重的是，这件事过去不久，又发生奏劾左宗棠一事，必欲置之死地而后快。联系到官文的其他劣迹，终令胡林翼痛恨难忍，意欲再举弹章，劾之以去，后听从阎敬铭的劝告而罢。薛福成称，左宗棠“既被严劾，文忠愠不言”。“文恭有门丁颇为奸利，奔竟无耻者多缘以求进。文忠所素欲参劾者，文恭或荐之得居要地。府中用财无訾省，不足则提用军饷，耗费十余万金。文忠积不能平，独居深念，若重有忧者。当是时，今协揆朝邑阎公以户部员外郎总理粮台，兼运帷幄筹，往谒文忠，请间言事。文忠屏人，以督府事告之曰：‘方今筹饷如此艰难，而彼用如泥沙；进贤退不肖大臣之职也，而彼动辄乖谬。今若不据实纠参，恐误封疆事，为朝廷忧，吾子以为奚若？’阎公对曰：‘误矣。夫本朝二百年中，不轻以汉人专司兵柄。今者督抚及统兵大臣满汉并用，而焯有声绩者常在汉人，固由气运转移，亦圣明大公无私， 刮畦畛，不稍岐视之效也。然湖北居天下之冲，为劲兵良将所萃，朝廷岂肯不以亲信大臣临之？夫督抚相劾，无论未必能胜，就使获胜，能保后来者必胜前人耶？而公能复劾之耶？且使继之者或励清操、勤庶务，而不明远略，未必不颛已自是。彼官至督抚，亦欲自行其意，岂必尽能让人？若是则掣肘滋甚，讵若今用事者胸无成见，依人而行？况以使相而握兵符，又隶旗籍，为朝廷所倚仗，每有大事，可借其言以得所请。今彼于军事饷事之大者，皆唯公言是听，其失祗在私费奢豪耳。然诚于天下事有济，即岁捐十数万金以供给之，未为失计。至其位置一二私人，可容者容之，不可容则以事劾去之。彼意气素平，必无迕也。此等共事之人，正求之不可必得者，公乃欲去之何耶？’胡公击案大喜曰：‘吾子真经济才也！微子言，吾几误矣。’由是益与文恭交欢无间言，文恭亦敬服之终身。”虽然如此，清政府仍对胡林翼多方限制，使之大受压抑。同治五年八月曾国藩致函新任鄂抚曾国荃说：“胡润帅奉朱批不准专衔奏军事，其呕气百倍于弟今日也。”
胡林翼死后，官文再也不会象昔日对待胡林翼那样对待后来者。据说，胡林翼刚刚去世，官文就派人将巡抚衙门的全部文书档案取走，从此独掌全省军政大权，再无抚院主政之事。同治元年曾国藩在一封奏折中说：“官文休休有容，遐迩共知。然昔日之待胡林翼，事无大小，推贤让能，多由抚署主政。今之待严树森，资有浅深，军政吏治多由督署主政。” 这样，胡林翼后的继任者，虽有几位属于曾国藩集团的骨干人物，但他们所能掌握的实际权力，也就很有限了。胡林翼病重期间曾奏准以李续宜署理鄂抚，临终之际又奏荐李续宜自代。据说，官文亦有此请，故一时尚可相安无事。然次年即发生变动，清廷令李续宜移抚安徽，湖北巡抚由原胡林翼心腹幕僚、时任河南巡抚的严树森调补。官文大概不喜欢此人。严树森赴任不久即遭弹劾，虽经曾国藩多方辩解当时没有落职，官文也勉强接受下来，但为时不到两年即被劾降调以去。其后鄂抚人选频繁改动，直到同治四年底皆不是湘淮人物，也无人足以同官文抗衡。
同治五年正月曾国荃由晋抚调任鄂抚，一到武昌就与官文展开了权力之争。据说，任命曾国荃为湖北巡抚的谕旨甫下，因湖北布政使唐际盛“虑沅来鄂不利于己，遂代官拟一折，请沅公不接巡抚印，径出境任军事。官不可。唐计既沮，退即写折底寄归湘中，传之于众，妄言官已密奏，冀尼沅行。沅得之大怒”，“即莅鄂，不肯接印者旬日”。后经人劝解，“沅意稍释”，官文复“奏放沅为帮办”。且军机处廷寄谕旨不直达抚署，每由官文转交。曾国荃不能忍受这种屈辱，遂于离开省城而未至剿捻战场之际，不听曾国藩的劝阻，上奏弹劾官文。
曾国荃采取行动之前，曾向曾国藩透露此意，曾国藩复信劝阻，令其“缓图”。其两次提到的“顺斋排行”之说，不知出于何典，而联系末尾“胡润帅奉朱批不准专衔奏军事，其呕气百倍于弟今日也，幸稍耐焉”一段，似指参劾官文一事。岳麓书社为该信所作的提要亦称“参劾一事缓图”，可见该书编者也持有这种看法。曾国藩阻挠此事的理由有三，一怕受到报复，二怕遭人议论，三怕牵连自己。他说：“顺斋排行一节，亦请暂置缓图。此等事幸而获胜，而众人眈眈环视，必欲寻隙一泄其忿。彼不能报复，而众人若皆思代彼报复者。吾阅世最久，见此甚明。”并举自己与毛鸿宾参劾他人的教训说：“陈、黄非无可参之罪，余与毛之位望积累，尚不足以参之，火候未到，所谓燕有可伐之罪，齐非伐燕之人也。以弟而陈顺斋排行，亦是火候未到，代渠思报复者必群起矣。苟公事不十分掣肘，何必下此辣手？”又说：“吾兄弟位高功高，名望亦高，中外指目为第一家。楼高易倒，树高易折。吾与弟时时有可危之机，专讲宽平谦巽，庶几高而不危。弟谋为此举，则人指为恃武功、恃圣眷、恃门第，而巍巍招风之象见矣，请缓图之。”还说：“星冈公教人常言：‘晓得下塘，须要晓得上岸。’又云：‘怕临老打脚棍。’兄衰年多病，位高名重，深虑打扫脚棍，蹈陆、叶、何、黄之覆辙。”故“自金陵告克后，常思退休藏拙”，奈屡生变故，迄难遂愿。“弟若直陈顺斋排行，则人皆疑兄弟熟商而行，百喙无以自解，而兄愈不能轻轻引退矣。望弟平平和和作一二年，送阿兄上岸后，再行轰轰烈烈做去。”
事实证明，曾国藩是有远见的，他的告诫事后果然应验了，曾国荃亦颇有悔意。不过，通过这场争斗，曾国荃个人虽然没有捞到什么好处，但却为李鸿章兄弟谋得湖广总督的职位，从而为曾国藩集团夺得湖北的军政大权，使清政府长期不肯放手的这一战略要地，终于落到他们的掌握之中。故曾国藩虽感清政府对整个事件的处理有失公允，但总还算得到一些收获，称“顷阅邸钞，官相处分极轻，公道全泯，亦殊可惧。惟以少荃督楚，筱荃署之，韫斋先生抚湘，似均为安慰。”然数年之后，当他看到清政府为此而采取的一系列报复行动，也不会不想到他们为此所付出的巨大代价，实际是以数省督抚之位，始换得湖广总督一席。
在三江地区，对两江总督及苏、皖、赣抚的职位，双方之间亦有过程度不同的争夺。江、浙两省是清王朝的富庶之区和主要财源，非亲信大臣不肯倚任。咸丰十年清廷将两江总督一席授予曾国藩，亦属出于无奈，不过欲借湘军之力将太平天国革命镇压下去。故一旦目的达到，便开始打曾国藩的主意，不仅剪其羽翼，还要赶其出巢，一有机会就想将此要要之缺另委他人。同治四年曾国藩率军北上剿捻，江督一职由苏抚李鸿章署理，清政府即欲乘机将李鸿章调开，令其带兵赴豫西剿捻，而以漕运总督吴棠调署两江总督。其所遗江苏巡抚与漕运总督两缺，则分别由丁日昌、李宗羲署理，并令曾国藩同李鸿章、吴棠加紧函商，迅速复奏。表面看来，不过是一场官缺交易，实则清政府另有一番深意。在清王朝镇压太平军的战争中，吴棠曾长期驻扎安徽中部，因无漕可运而无所事事，虽拥有一支武装，但无功劳可言。其与曾国藩集团的关系，亦处之平淡，既无冲突也说不上亲密。据传，吴棠曾因一偶然机会，有恩于那拉氏。其时，那拉氏之父惠征死于安徽道任所，一路乘船北归，情景相当凄惨。吴棠怜其孤寡，多有帮助。那拉氏政变当权后，对之感恩图报，授以高官，引为心腹。此时则更进一步派上用场，既可厚报旧恩，又可借以夺回这一财富之区。然对曾国藩集团来说，则无疑于釜底抽薪。因两江一失，饷源立断，湘淮两军转成客军虚悬之局，必然受制于人，昔日坐困江西的历史又会重演。曾国藩接到此旨，一眼就看透了清政府的用心，只是关系重大，不能不谨慎对待。他在家书中说：“顷奉寄谕，欲以李少荃视师河、洛，而吴仲仙署理两江，垂询当否，复奏颇难措辞。李不在两江，则余之饷无着也。”这就是说，他虽心里反对此举，面上却不能明说，只能找一个冠冕堂皇的借口，把它搪塞过去。所以，曾国藩在复奏中根本不提两江总督与吴棠如何，而专在李鸿章等人身上做文章，不仅以无兵无饷为由，对李鸿章出征的必要性提出重重疑难，还从用人经验的角度断然否定了丁日昌与李宗羲的任职资格。其理由有二：一是资历太浅，提拔太快；二是易遭弹劾，殃及荐主。因当时上海涉外事件较多，故曾国藩特以难当外交重任立言。奏折称，“谕旨饬李鸿章视师河洛，该处现无可剿之贼，淮勇亦别无可调之师。”至“谕旨垂询以李宗羲暂署漕运总督、丁日昌署理江苏巡抚”一事，似亦不妥。“李宗羲由安徽知府，甫于去年保奏以道员留江补用，本年奏署运司，叠擢安徽臬司、江宁藩司。一岁三迁已为非常之遭际”，况“该员廉正有余，才略稍短，权领封圻未免嫌其太骤。丁日昌以江西知县因案革职，三年之内开复原官荐保府、道，擢任两淮运司，虽称熟悉夷务，而资格太浅，物望未孚。洋人变诈多端，非勋名素着之大臣，不足以戢其诡谋而慑其骄气。”而最后的结论是，“该员实难胜此重任。”又说：“数年以来，皇上求才若渴，于疆臣保荐人员，往往破格超迁。外间因其不次之擢，疑为非常之才，责备之下加以吹求。于是，台谏弹劾生风，并归咎于原保之员。若使保升者循资渐进，少为回翔，多经磨炼，则该员不至见妒于同僚，而言路亦不至仇视疆吏，实于中外和衷之道大有裨益。” 至于自己未能遵旨会商的理由，曾国藩则称：“历观前史明训，军事之进退缓急、战守屯驻统帅主之，朝廷之上不宜遥制；庙堂之黜陟将帅、赏罚百僚，天子与左右大臣主之，阃外之臣不宜干预。朝廷而遥制兵事其患犹浅，阃外而干预内政其害实深，从古统兵重臣遥执国命，未有能善其终者。”“今以要缺督抚令臣等往返函商，如臣愚见，密保尚且不敢，会商更觉非宜。因不俟李鸿章、吴棠商定，直抒管见，未审有当于万一否。”曾国藩此奏可谓天衣无缝，滴水不漏。既然李鸿章不应调赴豫西，李宗羲、丁日昌不应骤迁督抚，吴棠也就无法署理两江总督了。此事若与吴棠会商曾国藩必陷尴尬境地。大概清政府有意利用这一情势，诱使曾国藩在客气、迁就中就其范围。哪知曾国藩竟对吴棠不予理睬，且理由讲得冠冕堂皇：“宜防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端。”这样，清政府无话可说，只得另寻机会。
同治七年六月西捻军失败，中原战事基本结束，清政府遂再谋夺回两江之策。事隔不足一月，清政府即下令将曾国藩调任直隶总督，其遗缺由升任不久的闽浙总督马新贻调补。马新贻与李鸿章、郭嵩焘等人是同年，同治元年曾奉旨暂统临淮军，既无出色才能也无著名战功。若与一般清朝官员相比，也许还算能干人才，倘与湘淮人物相比，则尚在三等之外，根本就没有资格与能力顶替曾国藩。他的较快提升，可能主要是清政府的平衡政策所致，因湘淮人物身任要职者太多，须有支流旁系参杂其中。如今又将两江总督的重任放在他的肩上，这就不能不引起世人的惊疑。故在其任满二年即遭刺杀后，世间流言四起，几乎众口一词，多认为罪有应得，甚有“ 编造戏文讥讽马帅者”。从此，两江总督成为曾国藩集团的专席，清政府再也无力夺回了。
如果说两江总督的权位略有争夺的话，而巡抚的的情况则更为曲折。一般而言，江苏的情况还算稳定。自同治元年李鸿章接替薛焕以来，江苏巡抚的人选虽屡有更替，但十余年间大致未出湘淮集团及其盟友的范围。江西的情况亦与之相似。虽然咸丰五、六、七曾国藩一再劾罢江西巡抚，却不能以统兵将帅兼任封圻，致客军虚悬，受制于人。但自咸丰八年再出，赣抚耆龄“严事国藩”，毓科亦与之密切配合，以江西之所出供湘军粮饷，曾国藩集团实际上已控制了江西的大权。迨及咸丰十一年沈葆桢补授江西巡抚以后，十几年间更无外人插足之地，后继数任皆湘淮将领。然转观安徽则情形显然不同，直可谓一波三折、错综复杂，前面所说的曲折云云，亦主要指该省而言。虽早在咸丰三年江忠源即补授安徽巡抚，为曾国藩集团谋得第一个省级地方政权，曾国藩为之大受鼓舞，致有练兵万人概交岷樵之说。然时隔三月战死庐州，倏如昙花一现。而此后六、七年间，则皖抚人选迄与曾国藩集团无缘。咸丰十年曾国藩带兵进入皖南，占有安徽的一席之地，但在该省所能掌握的权力，大约只有三分之一。因当时安徽巡抚驻皖北，漕运总督驻皖中，一时形成三分天下的格局。惟自咸丰十一年初曾国藩劾罢皖抚翁同书后，虽然清政府先后任命的安徽巡抚李续宜、彭玉麟始终没有赴任，但皖抚的实权却一时落入曾国藩集团手中。同治元年李续宜丁忧回籍，安徽巡抚一职暂由唐训方署理，同治二年四月实授。然在此期间，由于僧格林沁的插手，安徽的情况发生了很大变化。
咸丰十年十一月僧格林沁奉命赴山东剿捻，次年又奉命督办山东、河南军务。这年春天胜保也奉命赴直隶、山东剿捻。这两股势力皆及于皖北，遂与湘军及曾国藩代管的李昭寿部屡次发生磨擦。僧格林沁是满蒙贵族的典型人物，虚妄自大，不悉时势，对湘淮勇营与曾国藩集团的新贵，极为仇视和藐视，攻击排斥不遗余力。他曾公开扬言，湘军最不能战，若论战斗力，皖军第一，豫军次之，湘军最差。而胜保更是狂妄无能之辈，但于排斥湘军却与僧格林沁有异曲同工之妙。于是二人联手，不断制造磨擦。他先是奏劾曾国藩等人的好友袁甲三，随后又排斥李续宜。曾国藩在给李续宜的信中称，“渠参劾袁帅，中伤甚深”，复“以遗大投艰自处，而以畏难取巧处君，已露排挤之意。其实不过挟苗以自重，谓他人皆不敢触手耳。”胜保调赴陕西后，僧格林沁仍借苗沛霖排斥湘军，明谓“驭苗之道宜赦其罪而资其力”，而骨子里却是“亲苗党而疏楚师”。于是，在他的暗中怂恿和煽动下，苗练不断向湘军挑衅，屡有湘勇被杀之事。曾国藩迫于无奈，只好将蒋凝学、毛有铭、萧庆衍三军陆续调离皖北，以避苗练，而实际上主要还是为了防止同僧格林沁发生冲突。及至苗沛霖公开叛乱，清政府下令讨苗之后，僧格林沁又唆使富明阿以调度乖方劾罢唐训方。不仅逃避自己的养痈遗患之咎，将责任推给别人，还从曾国藩集团手中夺去安徽一省的大权。曾国藩对此极为不平。他在家书中说：“义渠交部议处，竟以皖藩降补，继芳之力甚大，而亦未甚公允。”继芳之说出于何典尚不得知，但据曾国藩三封家书的内容，毫无疑问是指僧格林沁。唐训方降职后，安徽巡抚一职由乔松年补授，乔松年调赴陕西后由英翰接任，英翰位迁两广总督则由裕录接任。曾国藩等人大概无论如何也不会想到，作为湘军决战决胜之地和淮军故乡的安徽，其巡抚一职竟有二十多年间与他们无缘。为什么竟会出现此等怪事呢？皆因苗沛霖和李昭寿的问题解决之后，安徽再没有什么大麻烦，清政府也就无须依赖湘淮军了。正如王 运说的那样，“淮甸无事，无所用湘军矣。”
浙江、福建的情况也同三江地区有某些相似。浙江巡抚王有龄原来只是个库大使，全靠何桂清大力提携，方得升居高位。据说，何桂清之父，是王有龄祖父的家奴，其任浙江巡抚期间，为报旧恩而力荐王有龄。加以王有龄颇善敛财，而战争期间军饷供应又是头等大事，故得频频升迁，遂至巡抚之位。然亦终因不懂军事，又不肯向曾国藩集团输财纳贡，遂成为他们观望政策的牺牲品。王有龄死后，左宗棠顺利地登上浙江巡抚的宝座。同治二年左宗棠升任闽浙总督之后，浙抚一职由曾国荃补授，因其不能赴任，暂由左宗棠兼署。同治三年曾国荃被迫辞职，转由马新贻接任，直到同治六年晋升闽浙总督。从此之后，继任此职者即为李瀚章、杨昌浚，十数年间再无外人插足。即使光绪三年杨昌浚因杨乃武案革职，浙抚大权也未落到圈子之外，继任者梅启照原本是曾国藩的幕僚。但福建的情况与此有很大不同。其闽浙总督一职，自咸丰四年至光绪二年的二十三年间，除左宗棠任职不足四年外，其余人选前后达八人之多，皆与曾国藩集团无干。而福建巡抚一职，则自咸丰四年至同治八年的十六年间，除罗遵殿任职不足半年外，曾国藩集团中无一人担任过是职。惟自同治九年以来，何 、王凯泰、丁日昌长期占据此席，与战争时期恰成鲜明对照。
两广的情况与福建有些类似。咸丰十年刘长佑出任广西巡抚，同治元年升任两广总督，旋改直隶总督。自此失去桂抚一席，直到同治十年方有革职起用人员刘长佑、严树森连任该职。然失之东隅，收之桑榆。同治二年，曾国藩的好友晏端书、黄赞汤分别出任两广总督和广东巡抚，为他抽取粤厘筹饷，同治二年又以毛鸿宾、郭嵩焘取代晏、黄二人，以保障军饷的供应。但自湘军攻占天京后，清政府即开始更换广东的督抚人选。同治四年春两广总督毛鸿宾降调，以满人瑞麟接任其职，终同治一朝，曾国藩集团与该缺无缘。惟自光绪元年起直至十九世纪末，二十六年间又成为湘淮人物的天下，从无外人插足。而广东巡抚的人选情况似乎又降一等。同治五年郭嵩焘降调，由湘将蒋益澧接替，次年蒋又降调，复由闽抚李福泰调补。从此之后直到光绪八年，十五年间再无一名湘淮人物担任是职。
由于直隶地处畿辅，故清政府对直隶总督的人选甚为看重，其地位仅次于两江总督。同治元年底刘长佑由两广总督调任直隶总督，次年春抵任，奉旨镇压直鲁一带盐枭与饥民起事。同治六年冬清政府无端将刘长佑革职，以官文代之。同治七年为收回江督一席，复将曾国藩调督直隶，同治九年又因办理津案不善将曾国藩赶回江南，以李鸿章接任是职。从此，直隶总督兼北洋大臣成为他们的专席。
由于种种原因，曾国藩集团在云贵地区掌管督抚之权较晚，直到同治七年方有刘岳昭晋升云贵总督，随后又由刘长佑接任是职，直到光绪九年病免。然云、贵两省的巡抚之任，则很少与他们有缘。虽然湘军曾长期在这里作战，但统兵将领位不过藩臬，自咸丰四年至同治十年，近二十年间仅刘岳昭一人担任过云南巡抚，时间不及三年。至于田兴恕、江忠义署理贵州巡抚，则时间更短。
因战事晚于东南，西北地区的情况与云贵有些相似。由于回民起义军日趋活跃，钦差大臣多隆阿死于周至，清政府遂于同治三年夏调杨载福任陕甘总督。同治五年又以杨载福作战不力，改调左宗棠移督陕甘。从此之后二十年间，陕甘总督一职亦成为湘军人物的专席。其时，甘肃、宁夏尚未建省，新疆自建省以来直到光绪末年，巡抚一职几乎全由湘淮人物担任。至于陕西巡抚，则由湘淮人物与其他人员间相任职。
综上所述可知，曾国藩集团可以牢固控制的主要是三江、两湖及浙江地区，其他省份则此长彼消、时进时退，大致与清政府平分秋色。