扫除善意的批评
黄炎培在全面抗战爆发后，被国民政府遴选为国民参政会参政员。黄炎培一直期望国民政府在抗日期间在政治上有所改革，多次向蒋介石上呈军政界的弊病，却遭到蒋的嫉恨。蒋即使明知呈报属实，也容不得来自外界即使是善意的批评。
自参政会成立后，包括中共在内的非国民党政治派系，一直在要求实施民主宪政，黄炎培是当时宪政运动的重要角色。蒋介石也有明确的承诺，如1941年11月26日，参政会闭会式上，“蒋主席致词，极诚恳。”其中说到：“宪政是国父遗教，是既定国策，越早实现越好。若可行不行，此政府将不打自倒，望赞助、监督、督促……宪政实行后，当然是多党制，但训政时则否。各党派只要不违反三民主义，政府定扶助之。”（黄炎培日记）但是，蒋介石实施宪政的承诺，只听楼梯响，不见人下来。
为了团结抗日，黄炎培在日记中自我安慰地写道：“余为参政员，自己认定两大任务：一、助成政府与民众合作；二、助成各党派间合作。余以两年来之周旋，政府及各党派对我都还不至于歧视。此次第四届（系一届四次）大会为内政审查会主席，审查七个关于宪政提案，各党代表争论虽烈而卒获圆满结果，在余总算对参政会尽了一分心，当观今后如何耳。”（1939年9月16日）1940年间，国共摩擦加剧，引起各界的忧虑。为此，黄炎培主动承担起了调解国共摩擦的任务。但是，黄炎培谋求团结抗战的愿望，在中共价值观里是“和事老”作风，是资产阶级代表（在将来这顶帽子很麻烦），而在蒋介石的价值观里，更成了“骑墙投机”。反正两头不讨好。为此，黄炎培认为：“余以为吾辈调解国共，必须有第三者明确的立场和主张。”1940年12月24日，在张君劢家里，与左舜生、梁漱溟一起商量组织民主政团同盟。蒋介石企图对“反动派”“扫除而廓清之”，使“人心纯洁”，却没有力量彻底贯彻，由国民党统一中国，因而其他党派都有一定的独立活动的空间。但蒋介石并不希望他们发展自己独立的政治地位和利益。
连蔡元培都是“罪人”
1944年间，世界反法西斯战争在各战场都取得了辉煌的胜利，独独中国军队在豫湘桂战役中遭到惨败，黄炎培等中间派人士对国民党当局深感失望。1945年元旦，黄炎培领衔60多人署名发表《为转捩当前局势献言》，批评当局低估敌人力量，“不求本身之进步与健全”，深恐“将来盟国均告胜利而我独失败”，因此，要求“政府准许各政党公开”，团结合作，“准许人民对政治发表意见，检举贪污”，“实施国父‘平均地权’、‘耕者有其田’之遗教”，等等。内容虽然严峻，但措辞很温和。蒋介石恼羞成怒，于1945年1月3日日记中怒骂黄炎培：“昨日报载：黄炎培等元旦颂词，其幸灾乐祸，投机取巧，颠倒黑白，媚夷侮夏之汉奸心理，情见乎词。读之殊堪痛恶。”蒋并把署名者归之为“中国士大夫阶级重外轻内，有私无公之劣根性。”蒋介石对异己者乱扣大帽子是没有道理的。
黄炎培于1945年7月1日到5日间，访问延安，由此增加了对中共的认识，更倾向于同情中共。此后，黄炎培一直反对国民党召开片面的国民大会，反对国民党的内战政策，因此遭到蒋介石的责骂，自然更是难以避免的了。蒋介石在7月14日上星期反省录中骂道：“参政会中，所谓青年党左舜生等及王（黄王误读—引者）炎培等无耻政客，挟共党以自重，必使是非不明，邪正倒置，而后彼辈乃可浑水摸鱼，从中取利，对国家之安危与国民之利害则置若罔闻……天下之可杀可痛者，莫甚于政客也。其罪实甚于汉奸与叛匪矣。”15日：“左王等借名共党反对召集国民大会，否则就是政府准备内战，制造分裂之口号加以恫吓。”忠言不纳，无能改革，等待蒋介石的就只能是失败的命运了。
蒋介石对中国近代教育有很坏的评价。蔡元培逝世后，蒋介石在1940年3月7日日记中评论蔡元培说：“惟其在教育上与本党主义之功罪而言，以吾所见者，但有罪过而已，尤其是教育受其乡愿式之影响为更恶劣也。”黄炎培作为一生从事教育改革的教育家，对蔡元培的评价完全不同，他悼念蔡元培的下联说：“有所不为，吾师之律己，无所不容，吾师之教人。欲人知求真一本自由，记从长绍兴中学，以至长北京大学，弗逾初旨。晚而主持科学研究。广纳众流，一贯斯道，从德量浑涵中，确标趋向，嗟余小子，心传窃奉终身。”（黄炎培日记3月12日）在蒋介石这位“革命者”眼里，中国近代教育培养的都是乡愿式人物，“重外轻内，有私无公”，这些“自由主义”、“民主个人主义者”，代表的是外国的利益（包括美国），他们又怎么可能带领中国向现代社会转型呢？