时间进入五十年代后，中国共产党经过镇压反革命、土改和抗美援朝后，政权已经完全得到了巩固。1954年，毛泽东发动了“胡适思想批判”运动。而在这之前，在中国共产党建国之初的“三大运动”的同时，大陆就开始了批判胡适，只不过当时仅限于知识界的小规模会议。1951年秋天，先是由北京大学举办讨论“胡适思想问题”的学术会议，接着在上海召开“胡适思想批判座谈会”。在美国的胡适知道后说道：“我一向是乐观的人，总觉得这种局面不会长久。他们清算北大，我觉得越清算，越提醒人家对某种思想的回忆。想想那时学术平等，思想自由空气，大家会更加深刻了解。他们清算‘胡适思想’，等于温习胡适的书。”胡适估计“这种局面不会长久”，是错估了形势。到1954年，大陆思想文化界终于掀起了一场全面大规模地批判胡适思想的政治运动。
这年的10月16日，毛泽东就《红楼梦》研究致函中国共产党中央政治局委员及有关人员，号召开展“反对在古典文学领域毒害青年三十余年的胡适派资产阶级唯心论的斗争”。一时之间，批判会不计其数，批判文章如雪片飞舞，大家口诛笔伐，当时确实使胡适在大陆的威信扫地。一大批专家学者如俞平伯等人受到批判。从1951年算起，这场运动前后断断续续进行了七年，直到1957年反右时才告结束。那时大陆还派人向旅居美国的胡适说：“我们尊重胡先生的人格，我们反对的不过是胡适的思想。”胡适笑了起来：“没有胡适的思想就没有胡适！”
胡适的次子胡思杜没有随胡适到美国而留在大陆。北平和平解放后，他进华北人民大学政治研究院学习，学习结束分到唐山铁道学院任教。在批判胡适思想的运动中，他也不得不写了批判文章在《中国青年报》上发表。香港《大公报》、台湾的《中央日报》、美国的《纽约时报》等都转载了他的文章：《对我父亲——胡适的批判》。在文章中他说：“从阶级分析上我明确了他是反动阶级的忠臣、人民的敌人。在政治上他是没有什么进步性的”，指责胡适“出卖人民利益，助肥四大家族”、“始终在蒙蔽人民”、“某心为美国服务”。又说：“（他的）一系列的反人民的罪状和他的有限的反封建的进步作用相比，后者是太卑微不足道的。”还说：“在他没有回到人民的怀抱来以前，他总是人民的敌人，也是我自己的敌人。在决心背叛自己阶级的今日，我感到了在父亲问题上有划分敌我的必要。”胡思杜并没有因为批判了父亲，和父亲划清阶级界限而免遭厄运，1957年他也成为数十万右派分子中的一员，结果在绝望中自杀。
胡适回台湾时，蒋介石为了笼络胡适，专门约见了胡适，出示一份香港的《大公报》，上面有胡思杜批胡适的文章。蒋介石询问了胡思杜的近况，对此事表示“关怀”。孰料胡适却不领情，反认为这是蒋介石借此事嘲弄自己儿子不肖不孝，便反唇相讥，巧妙地兜出蒋经国的老底：“我的小儿子天性愚钝，实不成器，不如总统令郎迷途知返！”胡适这是暗指1927年蒋经国在莫斯科写文章大骂其父蒋介石是“革命的叛徒，帝国主义的帮凶”，“是我的敌人”，这不是同胡思杜如出一辙吗？蒋介石一下子愣住了，没有料到胡适入室操戈，只好报以苦笑，不欢而散。
胡适对小儿子胡思杜的文章没有作过任何回应，只是把这份《大公报》的剪报粘贴在自己的日记里。但他对大陆批判自己的思想而累及了一大批留在大陆的学者（这些学者几乎不是胡适学生，就是胡适的朋友），又非常不安。他给沈怡写信说：“此事（指大陆批胡适的运动）确使我为许多朋友、学生担忧。因为‘胡适的幽灵’确不止附在俞平伯一个人身上，也不单留在《红楼梦》研究或古典文学研究的范围里。这‘幽灵’是扫不清、除不尽的。所苦的是一些活着的人们因我受罪苦！除夕无事，又翻看你寄来两批资料（指大陆批胡适的剪报），不禁想念许多朋友，终夜不能安睡。”
就在大陆批判和清算胡适思想的时候，台湾“国防部总政治部”在“特字99号《特种批示》中称胡适“是我们思想上的敌人”。
胡适以毕生精力致力于思想自由、言论独立、不肯盲从、追求真理，鼓吹民主政治，实现个人价值，是否超越了时代，而不为时代所容？否则，鲁迅为何要说胡适是一位“荷戟独彷徨”的历史斗士？看来，胡适是一个说不完的话题。