此前，一切都顺风顺水，中欧平原炎热干燥，部队的行进畅通无阻。拿破仑让补给单位走在主力前面，确保了军粮的及时供应，士兵们的身体非常健康。虽然法军在前往波兰沿途的马格德堡、埃尔富特、波森和柏林等地设立了流动医院，但很少派上用场。
正是在侵入波兰后，形势开始急转直下。法国军人发现，这个国家“脏得难以置信”：农民从不梳头洗脸，乱蓬蓬的头发里到处是虱子和跳蚤，每间村社都被蟑螂充斥，连水井也不干净。道路平时铺满浮土，暴雨过后到处是泥泞的车辙；数万匹军马因疫病接二连三地倒毙，装载补给品的大车被主力部队越拉越远，提供食物和饮水变得愈发困难。
由于兵力太过庞大，要保持队形完整几乎不可能，掉队的士兵成了无人管束的劫匪，抢劫当地人的牲畜和庄稼。随着大军逐渐接近俄罗斯边境，痢疾等常见的肠道疾病开始冒头，新的战地医院在格但斯克、柯尼斯堡、托伦相继建立，但跟不上病号的爆发式增长。
几乎没人逃脱“虱口”
拿破仑的麻烦接踵而至。跨过涅曼河大约一个礼拜，有士兵开始发高烧、出红疹；重病者的脸变成青色，不久便一命呜呼。最可怕的传染病——斑疹伤寒露出了狰狞面目。
在医疗卫生条件恶劣的19世纪，斑疹伤寒在波兰和俄罗斯属于常见病。1812年夏秋之交，疫情尤其严重——俄罗斯人在撤离波兰前捣毁了当地的基础设施，加上天气异常炎热，加速了各种寄生虫的繁殖和传播。斑疹伤寒是由“普氏立克次氏体”引起，该病原体则存在于虱子的粪便中；问题在于，这一传染链条要到20世纪以后才会被医学界知晓。
混杂着泥土的汗水浸透了法国远征军的制服，一套军装往往要穿好几个礼拜。小小的寄生虫如影随形，以衣服的接缝为家，以士兵的血肉为食。一旦皮肤被虱粪污染，伤寒胚芽就会从细小的伤口钻进受害者体内。更糟糕的是，因为担心遭到俄军小股部队夜袭，法军战士只能成群结队地睡在封闭的房舍里，结果，几乎没人能从“虱口”下幸免。进入俄罗斯不到一个月，拿破仑就损失了8万人，许多失去行动能力的重病号进一步拖累了后勤。
巴伦·拉雷是一名随军医生，他在私人笔记中写道，尽管法军的医疗措施在当时堪称翘楚，没有谁能料到传染病的规模。另一位目击者描述了士兵被虱子折磨的场面：“勃艮第到芦苇垫子上睡觉，很快被虱子的动静弄醒……于是，他脱掉衬衫和裤子并扔到火中，虱子的爆裂声就像两个步兵团在交火一样……许多同僚被咬伤，继而病倒、死去……”
7月底，几名高级军官向统帅表达了担忧之情，称疫病让队伍士气大减，开小差者甚众，加上补给线吃紧，与俄军的决战恐怕会出现变数。起初，拿破仑在回应中流露出撤兵的意思，仅仅两天后便改弦易辙，他告诉部下：“最可怕的是我们在莫斯科面前倒下。木已成舟，只有赢得最后的胜利才能证明我们的选择是正确的，才能真正拯救我们自己。”
瘟疫比对手的大炮恐怖
就这样，拿破仑固执己见，率领疲惫不堪的部队强行突破。8月17日，法军攻陷斯摩棱斯克，很快又拿下瓦卢蒂诺。俄方则且战且退，诱使对方分兵几路，深入无边无际的旷野。史料显示，到8月25日，拿破仑26.5万人的主力部队只剩16万人；又过了两周，进一步下跌至10.3万人。如此惊人的减员速度，瘟疫在其中的“贡献”不小。
俄军司令官库图佐夫在首都以西110公里的博罗季诺严密设防。9月14日，法军在付出约3万人的代价后，开进了早已是空城的莫斯科。此时，拿破仑开始意识到自己的胜利得不偿失——城市被俄罗斯人放火烧毁，没有粮食，更找不到其他给养，精疲力竭的法军已无法再前进半步。进入10月后，天气急剧转冷，“很少把后背亮给敌人”的拿破仑终于打起了退堂鼓，11月8日撤回斯摩棱斯克时，他发现那里的医院已被伤病员挤满。
得知先前寄予厚望的补给基本被预备队耗光，远征军的纪律滑落到了崩溃边缘。眼见压不住局势的“皇帝陛下”只得同意全军后退到波罗的海沿岸休整；12月8日于维尔纳扎营时，他手下还能打仗的只剩两万人了。紧接着，波旁王朝余党图谋在法国搞政变的流言传来，生怕后院失火的拿破仑把指挥权交给副手，带上亲信便向巴黎狂奔而去。至此，继1799年在埃及被英国海军击溃后，这位枭雄的东征之梦，再一次虎头蛇尾地画上了句号。
真相两百年后才被揭开
在立陶宛，死去的法国军人被成批地埋葬在草草挖掘的战壕中，没有墓志铭，没有十字架。直到近两个世纪后，这些化作白骨的尸体，才因为工人们的无心插柳而重见天日。
法国马赛地中海大学的戴蒂尔·拉奥特教授，专门对拿破仑大军的遗骸做了病理分析。他指出，从集体墓穴中收集到的牙齿样本中，29％呈现被传染病感染的痕迹；除了斑疹伤寒，“五日热巴尔通体”的DNA也在牙髓中被发现，后一种疾病同样系通过寄生虫传播。
纷飞的雪花悄无声息地掩埋了战争的伤痕，只剩下柴可夫斯基的《1812序曲》在广袤的俄罗斯大地上回荡。作曲家为了烘托胜利的气氛，特地在乐章最后加入了大炮的轰鸣和敲响的钟声——不过，并没有虱子吞噬血肉时发出的细微响动。事实上，恰恰是这些肉眼几乎辨认不清的小昆虫，帮助俄罗斯人击碎了拿破仑的野心，进而改变了历史进程。