中国民间资本远没有估计的那样大，各省绅民虽然对介入铁路信心满满，但真的要他们拿出真金白银，就显得心有余而力不足了。各省绅民甚至想出了许多出乎情理的手段，以各种各样的理由向民间加捐加税、搜刮财富、筹措资金，弄得民意沸腾，怨声载道。
民间资本进入铁路后还衍生出一个新问题，原本大致统一的技术标准在资金来源多样化之后变得越来越不容易统一，这对于全国路网也是一个巨大的隐患，如果将来各路建成后无法联通，那对整个国家发展来说，可能是得不偿失。
官商合办到“国进民退”
1906年，邮传部考虑制定了一份《统筹全局铁路折》，确定全国铁路干线和主要支线的大致走向，倾向于在适当时候由国家统一筹措资金，将铁路干线收归国有。根据这个思路，邮传部稍后出面，将河南、陕西及江苏铁路公司集股不多且一直没有开工的工程作了处理，向这些工程注入一部分官股；将陇海路各段由原来的商办改为官商合办。
这个政策化解了这些路段的资金困难，因而在推行之初并没有遭到反对，许多人相信这或许是化解铁路建设难题的一个出路。
清廷将这些进展不顺的路段收归官办，出发点是好的，效果也不错，但是站在民间立场上说，这显然侵犯了民间资本的利益。特别是清廷在政策上有个非常大的歧视，即官办铁路抵押路权向海内外融资，而商办铁路之所以举办困难，主要是因为政策上不允许他们抵押路权。因而中央和地方为路权吵得不可开交，一直找不到两全其美的妥协办法。
这样的争吵一直持续到1911年。这一年5月5日，给事中石长信向朝廷提交了一份奏折，建议朝廷痛下决心，将涉及全国经济布局的重要干线一律收归国有，尤其是粤汉、川汉等路段连接西南边陲，具有战略意义，断非民间资本有能力予以修筑。而且，从相关各省进展情形看，这几条线路也非收归国有不可，像广东绅商虽然争夺路权非常积极，但并没有在修路上下力气，而是将路权作为一担生意，倒来倒去，设法牟利。至于湖南和湖北，经济原本就落后，指望民间资本去修路无疑望梅止渴，除了加重民众负担，让路权变成地方权贵牟利工具外，毫无助益。问题最大的是四川，四川绅商各树朋党，各怀意见，虽然向民众筹集了大笔资金，但并没有在筑路上卖力气。更危险的情形可能是，四川绅商将这笔资金挪作他用，许多烂账估计已很难收回。这不是一般的烂账，弄不好会激起民愤，引发骚乱。
石长信的理由明白晓畅，解决方案简单易行，很容易赢得朝廷的认同和批准。而朝廷此时正信心满满地准备进入君主立宪新时代，于是在发布责任内阁名单第二天（5月9日）爽快批准了这份建议，宣布此前各省分设铁路公司集资兴办的铁路干线由于耽搁已久，即由国家收回，赶紧修筑。这意味着几年前向民间资本开放铁路修筑权的政策废除。
清廷铁路干线国有化的本意或许就是为了加快建设，并没有与民争利的意思。但是这个政策如果从民间从绅商立场进行解读，就有国进民退的意味了。在民间资本看来，这个政策太无耻了，不仅堵塞了民间资本介入铁路投资的通路，而且对已经筹集到的资金也是一个巨大的威胁。
在四川跌了一个大跟头
5月18日，清廷任命端方为督办粤汉川汉铁路大臣。两天后，邮传部大臣盛宣怀以两湖厘金、税捐为抵押，与四国银行团签订了《湖广铁路借款合同》，由四国银行团贷款600万英镑修筑粤汉川汉铁路。
盛宣怀尽管筹措了巨额资金，但他并没有准备用这笔钱去兑换各省路权。6月1日，他和端方联名致电四川总督王人文，表示川汉铁路已用之款和公司现存之款，均可由朝廷一律换发国家铁路股票，概不退换现款。假如四川方面不能同意，一定要朝廷发还现款的话，那么就由朝廷另借洋债，而这笔洋债必须以川省财政收入作抵押。即是说，政府收回了路权，但没有退还补偿先前民间资本的投入。
王人文看了这个方案大吃一惊，以为这个政策一旦宣布必将举国骚乱，他希望朝廷收回成命，调整政策，妥善解决。然而盛宣怀太自负了，错误估计了政府的威望和人民的承受力，一味坚持既定政策不变，一再敦促各铁路公司清理账目，准备交接。
盛宣怀的一意孤行激怒了各省人民，湖南人最先举行万人大会抗议，紧接着，鄂、粤、川等省都有不同表示。各省督抚顺从民意致电朝廷，希望遵从民意，从长计议，不要只算经济账不算政治账，因此引起天下大乱。然而朝廷太自以为是，盛宣怀太自信自己的正确能干，他与各省一一谈判，分化瓦解危机，但没想到独独在四川跌了一个大跟头。
川汉铁路公司原本是个官办公司，成立于1904年，后因绅民呼吁，吸收了一些民间资本，改为官绅合办。到了1907年，官股退出，成为完全意义的商办公司，但问题却越来越严重，铁路如何修、修哪儿，在公司内部一直吵闹。直至1909年底，宜昌至万县段勉强开工。
更为严重的是，川汉铁路公司内部管理混乱，筹集到的巨额资金没有用于开工，却被公司高层挪用300多万到上海各钱庄保值增值，或者购买股票；结果到了铁路国有化时，这300多万不仅没有增值，反而亏损了200多万。再加上各种损耗，川汉公司筹集到的款项，没有修路，就消耗损失了近一半。因此，清廷宣布铁路国有时，对于川汉公司高层，或许求之不得，条件是朝廷支付公司已经花费的全部费用。
精明的盛宣怀当然不会满足这些要求。公司高层在失望之余，为了洗刷自己，为了转移各界对集资款去向的质疑，遂发动中小股东也就是一般民众起来抗争。很显然，川汉铁路公司高层希望将水搅混，以民众对朝廷的愤怒掩饰他们的挪用资金的贪婪和始终没有修筑铁路的无能。由此而来的四川保路运动引发了武昌起义，一个王朝就这样顷刻瓦解了。