更让曾氏揪心之事还在后头。曾、崇二人于21日递上一份汇报案情的报告，其中仔细分析了五条天津士民之所以积疑成愤的原因：教堂终日闭门不开，莫能窥则，其可疑者一；中国之民到仁慈堂治病，恒久留不出，其可疑者二；仁慈堂死尸，有洗尸封眼之事，其可疑者三；仁慈堂所以病人，虽亲属在内，不得相见，其可疑者四；堂中掩埋死人，有一棺而两三尸者，其可疑者五。“百姓积此五疑，众怒遂不可遏”。故曾希望朝廷明降谕旨，将此情形布告天下，雪洋人之冤，释众人之惑。然而不知是恭王诸人有意删改，还是崇厚暗做手脚，在朝廷对外公开时，这五点可疑之处被完全略掉，于是曾国藩的奏折通篇都在替洋人说话，一时舆论哗然。曾自然有口难辩，慨叹“外惭清议，内疚神明”。
在处理教案问题上，曾、崇二人皆希望力保和局，不轻启衅端。但二人目的却迥然不同，曾是欲图顾全大局，实现还洋人清白与给百姓交代两不误。而崇更多考虑取悦洋人，不惜付出一些较重的代价，也要达到息事宁人的结果。难怪李鸿章指责其“平日谄媚彼族过甚，洋风太炽，绅民含愤已久，触机一发，遂不可制。否则，传谣已久，何不出示谕禁？何不派兵弹压？盖不为民所畏信耳”。而远在湖南的郭嵩焘从曾纪泽处了解到天津官场大致情形后，“始知崇地山（崇厚）之奸险。湘乡（曾国藩）于洋务亦具有苦心矣”。
曾、崇二人虽共处津门办案，不过同床异梦、貌合神离罢了。
一波三折
遇到“猪一样的队友”，曾国藩心情大坏，身体更每况愈下，导致病情加重，25日办公时竟呕吐不止，“历三时之久，卧床不起，据医家云，脉象沉重”，暂时无法理政。急于结案的崇厚，于是奏请再派重臣来津办案。清廷之反应甚快，26日便指派江苏巡抚丁日昌协同办案，同时谕令工部尚书毛昶熙赴津会办。
丁、毛二人抵津，从一定程度上确实有助缓解曾氏身上之重担，但案件进展依旧缓慢。法国公使罗淑亚心知本国政府正忙于同普鲁士开战，根本无瑕顾及教案事宜，但他自忖清廷信息闭塞，故与他国形成攻守同盟，依旧摆出一副强硬态势，声称必须处决天津知府、知县及天津提督陈国瑞（此君自始至终未参与教案，可谓典型的躺枪）三人，赔恤银两数百万，惩治凶手必须三四百名，并且今后驻兵津沽由清廷出纳兵费。这些要求自然远远超出了曾国藩的心理承受底线，他只能一边审案，一边与罗淑亚等公使软磨硬泡。而在另一边，总理衙门天天催促结案，曾夹在当中，如小媳妇般叫苦不迭，“天津之事，总署催余缉拿正凶，提解府县，一日一函，迫于星火”。案件“虽系混星子起事，及至事后即平民亦与誓同生死，竟有牢不可解之势”，已抓到的犯人，彼此互相串供，没抓到的犯人，家家户户帮他们藏匿，“所拿之犯坚不认供，无可如何，极为棘手。见讥清议姑置不论，目下实难交卷”。
就在双方僵持之际，两件事情打破了这种胶着态势，一是普法战争的消息已传到国内，法使罗淑亚担心清廷因此事态度转为强硬，故自己不再坚持之前的一些过分要求。二是8月22日两江总督马新贻横遭刺杀身亡，即晚清著名的“刺马案”（此案对于晚清政局尤其是派系势力分野影响尤大，笔者将另外撰文详述）。此事件引发官场一系列调整，朝廷命曾国藩再任两江总督，其爱徒李鸿章执掌直隶，丁日昌火速返苏暂理大局。熟谙洋务的李氏北上，确有助于打开局面。
不过在李氏抵任之前，曾国藩又遭遇一场“无间道”事件。他7月底总署寄来的密件竟然被外国使节获得，他们拿着此文件又在府衙大闹一通，“反谓中国不以诚信相待，讥讪揶揄，令人发指”。曾在写着恭王的信中分析，此密件只寄给四位高官，自己与毛昶熙就在天津，第一时间便收到，此外李鸿章也亲自收到，应不会泄漏。只是崇厚于密谕发布两天前离津，“钉封交商署幕僚陈道翰芬转寄行次，不识地山宫保果于何日奉到？”行文至此，曾欲言又止，未再深言。
最终，教案历时四个多月，终在当年10月22日结束。清廷付出的代价堪称沉重：罢免天津道周家勋，将天津知府张光藻、知县刘杰流放黑龙江，正法罪犯18人，充军25人，赔偿损失50万两。马士曾如此评价天津教案：“半世纪的种族嫌恶，十年来的民族怨恨，反基督教情绪的滋长，部分基于宗教偏见，部分基于迷信，部分基于轻信谣言，所有这些达到了一个共同的焦点，并且这种上长着的纷扰于三小时的杀人、放火和抢劫中达到极点”。这场极端的中外冲突，连带引发了津门官场的大地震，当地整个领导班子成员全军覆灭，甚至波及部分朝廷大员。虽说曾国藩未受牵连，全身而退。然他苦心经营一生的清誉因这短短的三个小时毁于一旦。
无可奈何花落去，夕阳西下几时回？大佬终将步入黄昏。
不解之疑
在处理教案过程中，除了崇厚，曾国藩便与恭王联络最多。三个多月，其几乎日日与恭王函牍往来。不过曾其实一直对恭王及军机处成员评价不高，同治八年夏天曾进京面圣归来，对幕僚讲道：“时局尽在军机恭邸、文、宝数人，权过人主。恭邸极聪明，而晃荡不能立足。文柏川正派而规模狭隘，亦不知求人自辅。宝佩衡则不满人口。”
办案期间，对于军机处有意删去自己奏折内容，曾氏私下亦颇有腹诽：“前二疏前段为外人辩诬，后段尚有五可疑之说，叙津人肇衅之故。政府但欲吾为外人出头辨雪，遂将后段删去方始发抄，致成一面之言，吾之得谤，有由然也。”其亲信赵烈文更是认为“恭邸以姬公（周公旦）之地位，顾居心始终不外一巧宦，师之谤如浮云翳日，不久自退。烈所虑者，政地若此，非国家之福，不能不为隐忧。”曾虽未接过话茬，想必心中亦暗自默认。