第二次大战是都都城寨之战。在占领凌霄城之后，明军首领刘显原本准备直接进攻都蛮最大的城寨九丝城，但曾省吾要求先进攻九丝城的“臂膀”——都都城寨，所以刘显领兵进攻都都城。进攻时刘显再次使用了火攻，刚开始还是起到了效果，都蛮受到了惊吓，但之后天气转阴，下起了大雨，火攻没法使用了。见到火熄灭，都蛮的信心也有了，以往勇猛的战斗风格也显露无疑，尽管明军占有人数上的优势，但仍然无法攻下都都城。
此外，在对峙时，都蛮还采取了驱赶牛群引诱明军的策略，即把大量水牛驱赶到明军阵地之前，引诱明军脱离营地。明军看到水牛跑到跟前，一个个都垂涎欲滴，毕竟战争期间很少能吃到肉。所以，就有部分士兵冲出阵地去抓牛了，眼看脱离营地的士兵越来越多，刘显识破了都蛮的计谋，要求士兵归队，并严厉禁止再次出动。所以，这次都蛮试图引诱明军中埋伏的策略失败了。即便如此，刘显还是承受着巨大的压力，毕竟战事迟迟无法取得突破，朝廷和上级又在不断催促，多一天战事，朝廷就要多付一天的军饷。既然战争已经处于僵持阶段了，所以刘显只能组织“敢死队”奇袭了。当天，刘显杀牛摆酒，给“敢死队”践行，并命令十八天以内攻下都都城。次日凌晨，天还没亮，敢死队们采取了偷袭，用火攻烧毁了都蛮的哨楼，而大军也采取了四面围攻。都蛮一方面要忙于灭火，一方面要同明军作战，战力受到很大影响，最后大火越来越旺，都蛮根本控制不住，被烧毁的房屋达2000多间。在明军的持续进攻下，都都城的都蛮失败了，他们的寨主阿墨王和阿廖王被斩于阵前。
最后一次大战便是明军同都蛮的决战九丝城之战。明军借两次大战胜利的余威，对都蛮采取了招降的策略，也取得了一定效果，但九丝城固若金汤、岿然不动，明军还是攻不上去。最后明军采取突袭的方法，派敢死队从城的另一侧悬崖攀爬上去，迂回进攻，虽然都蛮刚开始被奇袭镇住了，但他们很快就组织起了有效抵抗，明军的偷袭没有起到预期的效果。到了万历元年九月，距离刘显领兵进攻都蛮已经有半年了，明军也十分疲惫。而九月九日是都蛮的重要节日“赛神节”，明朝知道都蛮当天会举行重要庆典，正好当天又是雨天，所以明军乘着下雨和都蛮们忙着过节，冒着雨从山城下面攀爬而上，发起了偷袭。在明军的强攻下，都蛮抵抗不住，四处奔逃，都蛮酋长阿大、阿二、方三乘乱逃跑，但明军紧追不舍。九月二十二日，明军追击到鸡冠山寨，斩杀了阿大；十月十二日，攻破牡猪寨，杀死了方三；最后又抓到了阿二，自此，都蛮的三个重要城寨全部被攻克，都蛮势力基本被征服。根据曾省吾上报给朝廷的战报，这次进攻都蛮，攻占寨栅六十多个，烧毁都蛮房屋七千间，斩首和俘获都蛮四千六百多人，俘获酋长三十六人，招安三千三百人，拓地四百里，并获得都蛮的礼器（乐器）诸葛鼓九十三面。
百年顽疾何以在万历初年解决？
明廷征服都蛮之后，没有再给都蛮崛起的机会。大量都蛮男子在战争中战死，剩下的多为妇女和儿童，所以明朝决定直接管理这个地方，不再委任都蛮酋长代为管理了。曾省吾根据张居正的意思，在都蛮故地采取了“改土归流”的政策。一是整顿区域军事建制，在这个地方设立了卫所；二是设立了流官管理民事；三是建设城池，作为御控的基地；四是开发这里的田地，招募民人前来耕种；五是推进交通建设，披荆斩棘，开拓陆路，同时还努力开拓水路，使得这个地方能够通船；六是建立学校，以儒学教育都蛮青少年；七是减免税赋，让都蛮余众和周边民人能够安心生活。此外，曾省吾还对继续抵抗的都蛮士兵采取了强硬政策，部分隐藏在深山中继续抵抗的都蛮先后被明朝消灭。
由于明朝征服了都蛮，使周边其他部落见识到明军的威力，所以一些曾经不归顺朝廷的部落主动上书曾省吾，也要求“改土归流”，设县治理。经过这些举措，都蛮故地的经济在战后很快就恢复了。同时，张居正也意识到战争胜利后，有些地主会借势欺压都蛮余众，所以，他告诉曾省吾，不要听信一些外地地主的话，因为这些地主贪得无厌，把都蛮的田地说成荒地，是为了侵占都蛮余众的土地。
为什么明代时都蛮问题在西南地区存在了一百多年，却在万历初年解决了呢？一是上面提到当时明朝基本没有严重外患，明军有精力和财力处理；二是张居正和曾省吾的大力推动，可以积累威望；三是知人善任，朝廷给予刘显充分的前线指挥权，很少去掣肘刘显，而刘显的儿子刘綎也在这次战争中表现出色，受到了提拔，所以刘綎之后在万历朝两次抗倭援朝的战争中被朝廷信任；四是善于使用土兵，进攻都蛮的14万军队中，有相当一部分都是周边的土司兵，他们本来就熟悉地形，且战斗力很强，而一些土司之前被都蛮欺负，所以对进攻都蛮十分积极；五是补给动员有力，明朝储备了大量粮草，并制定了奖赏条例，使得士兵们不缺食且希望立战功；最后则是战术得当，即根据张居正的意思，基本不采取强攻，而是静待时机采取奇袭。
经过这次战役以及“改土归流”，这一地区成为了“开化”之地，中原先进的农耕技术、建筑技术以及文化教育开始在这里普及，慢慢的，史书中关于都蛮的记载消失了，这不是因为都蛮灭绝了，而是因为他们不断学习先进的技术和文化，慢慢地融入到汉人当中了。而当年的都蛮故地，基本位于现在的四川宜宾、泸州地区。所以，当年的这场战役以及“改土归流”，对四川东南部地区的发展产生了重要影响。
参考史料：
[1]张廷玉.《明史》.北京：中华书局，1987
[2]瞿九思.《万历武功录》（四库全书本）[M].北京：北京出版社，2000
[3]诸葛元声.《三朝平攘录》.台湾：伟文图书出版社，1976
[4]黄廷桂.《雍正四川通志》（四库全书本）[M].台湾：台湾商务印书馆，1983