在一战和二战中期之前，德国潜艇一直装备一门甲板炮作为辅助武器，在必要的时候用于攻击商船或进行水面战斗，可以节省宝贵的鱼雷。如果天气和海况良好，周围安全可上浮使用甲板炮，甲板炮由4-5名炮手操纵作，炮手通常把自己绑在栏杆上防止掉下海，
甲板炮通常安装在潜艇指挥塔前方，主要包括88毫米和105毫米两种口径。潜艇装备的88毫米炮并非源自德国陆军和空军使用的88炮，而是一种纯粹的海军舰炮，由一战时期的同类火炮发展而来，型号是88毫米42倍径SKC/35型舰炮，可以发射穿甲弹和榴弹
甲板炮的炮口和炮尾都配有专用的紧塞具防水，炮位旁边有水密的弹药箱，弹药箱内的每发炮弹以弹头朝下的方式存放在一个圆形耐容器内。但数量不多，用完需要从艇内补充
SKC/35型甲板炮主要装备于VII型潜艇上，而吨位更大的IX、x型潜艇则配备105毫米SKC/32型舰炮，与鱼雷艇装备的火炮相同。随着盟军空中威胁的增大，甲板炮的使用机会越来越稀少，开始变成无用的摆设，在1943年4月之后，德国海军潜艇拆除了甲板炮，以节省重量和减少水下航行阻力