海军司令部在莫斯科，现任总司令弗拉基米尔&S226;库罗耶多夫海军元帅，约16万人，由4个舰队（北方舰队、太平洋舰队、波罗的海舰队、黑海舰队）和里海区舰队构成。
海军16万人，文职人员12万人。拥有各类舰艇287艘：潜艇61艘（战略核潜艇16艘，多用途核潜艇20艘，多用途柴电潜艇25艘），大型水面舰艇146艘（航母1艘，远洋舰70艘，扫雷舰40艘，登陆舰35艘），小型水面舰艇80艘。作战飞机300架。2005年海军将装备2艘第4代战略核潜艇。
北方舰队
舰队司令部设在北莫尔斯克市，现任司令米哈伊尔&S226;阿布拉莫夫海军中将，舰队编制人数不详，构成如下：2个核潜艇分舰队（43艘各型核潜艇）、1个战役分舰队，即大西洋分舰队，下辖两个水面舰艇总队，有1艘重型航母巡洋舰，3艘重型核动力导弹巡洋舰，1艘导弹巡洋舰，5艘舰队驱逐舰，6艘大型反潜舰。
科拉区舰队
北方舰队科拉区舰队下辖1个登陆舰支队、1个潜艇支队、1个导弹艇支队、1个水域护卫支队、1个扫雷舰支队、1个基地扫雷舰支队、1个侦察舰支队、1个保障支队。
白海海军基地
白海基地有2个在造和维修舰艇支队，1个水域护卫舰大队，3个海军船只修理厂。
黑海舰队
黑海舰队司令部在塞瓦斯托波尔，现任司令弗拉基米尔&S226;马索林海军上将，编制人员约1.8万，构成如下：1个水面舰艇总队（下辖1个反潜舰支队，1艘导弹巡洋舰“莫斯科”号，2艘大型反潜舰，3艘导弹艇）、1个登陆舰支队（7艘大型登陆舰）、1个独立潜艇大队、1个水域护卫舰支队（6艘小型反潜舰、5艘小型扫雷舰）、1个导弹艇支队（2艘导弹舰、3艘小型导弹舰）、1个侦察舰支队、1个维修舰支队、1个舰队保障支队。
新罗西斯克海军基地
新罗西斯克海军基地计划于2010年完成建设工作，由1个水域护卫舰支队组成，共有2艘小型反潜舰、2艘指挥舰、6艘扫雷舰、1个水文地理站。
太平洋舰队
舰队司令部在符拉迪沃斯托克，现任司令维克多&S226;费多罗夫海军上将，编制人数不详，构成如下：1个核潜艇分舰队（下辖两个核潜艇总队，20艘核潜艇）、各兵种部队滨海区舰队（1艘导弹巡洋舰、4艘舰队驱逐舰）、1支反潜舰支队（4艘大型反潜舰）、1支水面舰艇支队
太平洋舰队堪察加区舰队由1支柴油潜艇支队（3艘）、1支小型导弹艇大队（4艘）、1支水域护卫支队（3艘小型反潜舰、5艘扫雷舰）、1支侦察舰支队及其它保障和供给舰船组成。
波罗的海舰队
舰队司令部在加里宁格勒，现任司令弗拉基米尔&S226;瓦卢耶夫海军上将，约3.6万人，主要构成情况是：1支水面舰艇总队（下辖1支水面舰队支队，有2艘舰队驱逐舰、3艘导弹艇，1支登陆舰支队，共7艘登陆舰）、1支登陆舰大队（3艘登陆舰）、1支水域护卫支队（3艘小型反潜舰，3艘扫雷舰）、1支导弹艇支队（9艘）、1支导弹艇大队（10艘）、1支侦察舰大队（3艘）、1支救援舰大队、1支在造和维修舰艇支队。
列宁格勒海军基地
波罗的海舰队列宁格勒海军基地构成如下：1支潜艇大队、1支水域护卫支队（3艘小型反潜舰，6艘扫雷舰）、1支训练和维修舰艇支队、1支海洋地理考察队、1支辅助和训练船只大队、1支救援船只大队。
里海区舰队
区舰队司令部在阿斯特拉罕，现任司令尤里&S226;斯塔尔采夫海军中将，约2万人，大致构成情况是：1支水域护卫舰支队（1艘导弹舰，2艘导弹艇，4艘快艇）、1支海域护卫舰支队（1艘猎雷扫雷舰，18艘扫雷舰）、1支保障船只支队、1支救援船只大队、1支水文地理船只大队、1支独立岸防导弹大队、1个地效飞行器基地。
俄罗斯海军各舰队均编有海军陆战队，但编成不同。
太平洋舰队的海军陆战队为第55海军陆战师。该师的前身为第55步兵师，参加过伟大的卫国战争，隶属于西北方面军。主要装备T-80坦克、装甲输送车、自行火炮等。
北方舰队的海军陆战队为第61海军陆战旅。该师前身为列宁格勒军区第131摩步师所属第61摩步团。1966年改编为海军陆战团，1979年扩编为海军陆战旅。主要装备T-80坦克、装甲输送车、自行火炮等。
波罗的海舰队的海军陆战队为第336独立近卫海军陆战旅。该师的前身为白俄罗斯军区第120近卫摩步师所属第336近卫摩步团，1979年扩编为海军陆战旅。主要装备T-72坦克、装甲输送车、自行火炮等。
黑海舰队的海军陆战队为第810独立海军陆战团。组建于1967年，1979年扩编为独立海军陆战旅。20世纪90年代初期缩编为独立海军陆战团。黑海舰队还编有第382独立海军陆战营。装甲输送车、步兵战斗车、自行火炮等。
里海区舰队的海军陆战队为第414和600独立海军陆战营。主要装备装甲输送车、火炮和迫击炮等。