东正教：宗主教和沙皇的关系

16世纪以后，俄国沙皇开始自认为拜占庭皇帝的继承者，以及巴尔干半岛及中东地区东正教的政治保垒及经济后盾，但莫斯科宗主教却从未有意争夺宗主教的首位。在莫斯科帝国内，许多中世纪拜占庭的传统被忠实地保留下来，同时间隐修制度带动了静修运动，甚至远传至俄罗斯北部森林地区；其中，神父将福音遍传所到之处，并且使当地成为俄罗斯的殖民地。圣塞吉阿斯（St. Sergius of Radonezh, 1314-92）可说是这波隐修制度复兴的属灵鼻祖；同时期的圣史蒂芬（St. Stephen of Perm）是基连族（Zyryan）地区的宣教士，他延续第9世纪号称“斯拉夫民族的使徒”的圣济利禄和圣默多狄（St. Methodius）的事工，将圣经和敬拜仪式翻译成当地方言。后来许多宣教士也纷纷跟进，他们将东正教传到整个亚洲，甚至足迹远遍阿拉斯加外的柯达克岛（1794）。俄罗斯教会的建筑结构、圣像绘图技术、和文学造诣，使得“第三罗马”的名声更加响亮。
莫斯科帝国和拜占庭帝国无论在政治体系或文化认知上，都有天壤之别；拜占庭皇帝和宗主教之间和平共存的关系，在莫斯科帝国内是不存在的。莫斯科皇室的企图心和世俗的目标，总是胜过宗教和教会规范，不像中世纪的拜占庭皇帝遵守教规行事；其政治理念也未受到罗马或拜占庭法治的薰陶，而是受到西欧世俗主义及亚洲专制制度的影响。虽然君士坦丁堡的宗主教多能针对沙皇破坏基督教义或教规的行为加以声讨，但其俄罗斯的接班人却是莫可奈何。唯一勇于谴责伊凡四世的莫斯科大主教圣菲力（St. Philip, 1566-68年在位），最后也遭到罢免、暗杀。
17世纪中叶，“第三罗马”的意识形态面临空前的危机。强悍的宗主教尼康（Nikon, 1652-58年在位）决定重振教会的声望和声势，于是公开宣告宗主教团的权柄高过沙皇，他强迫沙皇亚阿力克赛·罗曼诺夫（Alexis Romanov）为依凡四世暗杀圣菲力的罪行忏悔，并公开宣示顺服教会的领导。同时尼康并针对俄罗斯教会长期以来有问题的仪式书籍一并解决；这些书籍原是从希腊文翻译而成，经过几百年腐败的教会生态后，内容错误百出。再加上俄罗斯和中东地区不同的历史发展，导致俄罗斯和希腊在敬拜仪式上自然不同。尼康却要求俄罗斯从此完全遵照希腊的典章规范进行，其改革引起非常大的反弹。这时俄罗斯的基督徒已根深蒂固地认为他们是正统东正教的最后传人，凭什么要接受反叛罗马教廷、因受到上帝惩罚而沦为回教徒奴隶的希腊教会。尼康的改革最后受到数百万基层神职人员及教徒的反对，造成所谓“旧礼仪派”的分裂。尼康最后遭到沙皇的罢黜，但他在仪式上的改革，却在两位东方宗主教见证的教会高峰会议中正式定案（1666-67）。