在佛罗伦斯会议中，希腊籍的“基辅暨全俄罗斯大主教”依西多尔（Isidore）是其中的重要发起人之一。在他签署了决议、并于1441年以罗马枢机主教的身分回到莫斯科时，却遭到教会和国家的拒绝、逮捕、流放到立陶宛。到了1448年，俄国在诸多犹疑后，才又从多位主教中选出新的大主教，至此俄国教会终于成为独立的自治教会，由驻扎于莫斯科的“全俄罗斯大主教”领导。西元1458年，罗马在波兰的势力范围内额外选派一位“基辅暨全俄罗斯大主教”，与俄罗斯互相抗衡。自从蒙古入侵以来一心要脱离莫斯科统治的乌克兰，此时在波兰国王的支持下，终于获得正式承认。到了1470年，基辅大主教又再度回到土耳其统治下的君士坦丁堡东正教，从此两个名为“全俄罗斯”教会的命运截然不同。此时的基辅大主教是接受波兰天主教的管辖，而在波兰国王的压制下，多数主教长枉顾民意，最后甚至和罗马在1596年布勒斯特立陶夫斯克（Brest-Litovsk）结盟。西元1620年，希腊东正教正式进入基辅设立领导中心，罗马尼亚贵族出身的彼得·莫吉拉（Peter Mogila）被选任为基辅大主教（1632）。他所设立的基辅学院非常著名，是第一所当代的东正教神学院。该校仿效波兰神学院，以拉丁文授课，成为17和18世纪全俄罗斯境内高层神职人员的神学训练中心。西元1686年，乌克兰终于在君士坦丁堡的允许下重回俄罗斯的怀抱，基辅大主教区也成为莫斯科教区的一部分。
以莫斯科为中心的俄罗斯一向认为自己是东正教的最终护教者。西元1472年，莫斯科大公伊凡三世（Ivan III, 1462-1505年在位）与拜占庭最后一任皇家的侄女索非亚联姻；从此，莫斯科执政者开始大量使用拜占庭帝国的各种礼仪，同时以双头老鹰为国徽。到了1510年，修道院长菲洛修斯（Philotheus）神父上书给当时执政领袖瓦西里三世（Vasily III），一方面奉承他为“沙皇”（皇帝），一方面说道：“两个罗马已经沦亡，第三个罗马将屹立不摇，将来也不会有第四个沙皇。”意思是说，第一个罗马根本是异端邪说，第二个罗马指的是拜占庭帝国，也沦落在回教统治的土耳其帝国，第三个罗马就是莫斯科。伊凡五世，又称“恐怖的伊凡”，由莫斯科大主教马卡利（Makary）于1547年1月16日按照拜占庭仪式加冕为皇帝。1551年，伊凡五世正式入主位于莫斯科的俄罗斯主教会议，会议中制定了多项教义规章及敬拜仪式，并有多位修士被封为圣徒。以第三罗马自居的莫斯科这时尚缺“宗主教”的头衔，虽然保加利亚和塞尔维亚的沙皇从前总是将此头衔加在其大主教身上，但俄罗斯向往的是货真价实的宗主教头衔和地位。直到1589年当君士坦丁堡宗主教耶利米亚二世访问俄罗斯时，因着地主国的威胁利诱，他把大主教约伯（Job）提升为“莫斯科及全俄罗斯宗主教”。这项改变获得其他东方宗主教的承认，从此莫斯科与君士坦丁堡、亚历山大、安提阿、及耶路撒冷宗主教并列五大教区，成为排名第五的东方教会权力核心。
以莫斯科为中心的俄罗斯一向认为自己是东正教的最终护教者。西元1472年，莫斯科大公伊凡三世（Ivan III, 1462-1505年在位）与拜占庭最后一任皇家的侄女索非亚联姻；从此，莫斯科执政者开始大量使用拜占庭帝国的各种礼仪，同时以双头老鹰为国徽。到了1510年，修道院长菲洛修斯（Philotheus）神父上书给当时执政领袖瓦西里三世（Vasily III），一方面奉承他为“沙皇”（皇帝），一方面说道：“两个罗马已经沦亡，第三个罗马将屹立不摇，将来也不会有第四个沙皇。”意思是说，第一个罗马根本是异端邪说，第二个罗马指的是拜占庭帝国，也沦落在回教统治的土耳其帝国，第三个罗马就是莫斯科。伊凡五世，又称“恐怖的伊凡”，由莫斯科大主教马卡利（Makary）于1547年1月16日按照拜占庭仪式加冕为皇帝。1551年，伊凡五世正式入主位于莫斯科的俄罗斯主教会议，会议中制定了多项教义规章及敬拜仪式，并有多位修士被封为圣徒。以第三罗马自居的莫斯科这时尚缺“宗主教”的头衔，虽然保加利亚和塞尔维亚的沙皇从前总是将此头衔加在其大主教身上，但俄罗斯向往的是货真价实的宗主教头衔和地位。直到1589年当君士坦丁堡宗主教耶利米亚二世访问俄罗斯时，因着地主国的威胁利诱，他把大主教约伯（Job）提升为“莫斯科及全俄罗斯宗主教”。这项改变获得其他东方宗主教的承认，从此莫斯科与君士坦丁堡、亚历山大、安提阿、及耶路撒冷宗主教并列五大教区，成为排名第五的东方教会权力核心。