战略指导既无章法，而在战术方面，国民党军亦存在诸多缺陷，导致其在全面内战开始后即不断失利。
其一为作战保守，主动性不够，尤惧夜战、近战和白刃战 。蒋介石曾抱怨说：“我们只有白天能打仗，匪则日夜皆能打仗，因此在一天之内，匪军有二十四小时可以利用，我军最多只有十二小时可利用，匪军在半天可以做到的，我军则需二天或三天才能做到，这样下去我们怎么不失败呢？”《剿匪战事之意义与重要原理之综述》（1947年4月27日），秦孝仪主编《先总统蒋公思想言论总集》卷22，第98页。国民党军每逢运动战常常吃亏。1946年12月中旬，整二十六、五十一、五十九、七十七共4个师在鲁南向前推进，其中整二十六师推进最快，“惟以前进位置过于突出，兵力极感薄弱，形势极为孤立”。师长马励武曾建议适当后撤，但徐州绥署只令其就地固守而不同意后撤，使其“孤军久暴，既不进又不退，前后左右皆空，此诚军语所谓挂形也。”《马励武致友人信》，《马励武日记》，枣庄市出版办公室编《鲁南战役资料选》，山东人民出版社，1982，第152~153页。中共华东野战军抓住此一机会，发起攻势，歼整二十六、五十一师全部和第一快速纵队共5万余人。在近20天的战斗过程中，徐州绥署几乎毫无反应，尤其是陇海路南的十几万部队停留原地不动，听任路北部队被歼。以致蒋介石也不能不承认：“我军不知采取运动战，不知主动攻击敌人，只知以稳扎稳打为保存实力、观望不前之掩饰口号。或株守一地，或阵布长蛇，首尾不能相应，予匪以运动集中、各个击破我军之机会。致匪越战越强，我则兵力日减，士气日以萎靡不振。”蒋介石：《对匪军战斗手册之研究及对策》，引自《中国人民解放军全国解放战争史》第2卷，第262页。
其二为协同不好，各战场之间、各战场内部以至军与军、师与师之间，少有协同配合的成功范例 。进攻时如此，撤退时更是如此，往往是一支部队与另一支部队守望相助，却终不得助，这种情况多次出现，导致作战中的恶性循环，守者对援者没有信心，不敢坚持；援者认为守者不会坚守，救援缓慢，原定的决战设想便总是落空。蒋介石承认：“我们一般赴援部队因为在未出发的时候不先加研究，更没有切实的准备作积极的行动，而只怕在中途被匪军伏击或包围，这样一开始便没有信心，就存着不能达成任务的心理。同时被围的部队因援军不能及时达到，又不相信援军能达成其增援目的，因而不敢持久固守，宁可冒险突围，以致全部覆灭”，这是“我们国军将领最可耻的一件事。”《剿匪战略战术的总检讨》（1947年4月20日），北京军事图书馆藏抄件。山东孟良崮战役即为显明例证。此役中共华东野战军一改传统战法，舍弱取强，表明他们能够根据主客观形势而适时改变战法，出其不意，攻其不备，造成强弱易势。而国民党统帅部起初未能判明华野的真实意图，完全没有料到其敢于强行楔入重兵云集的己方部队当面中心。5月15日整七十四师被围后，师长张灵甫先“以为左右友军，在毗接相靠，决不会有意外问题”。国民党统帅部亦认为决战时机已至，命令张部坚守，而以整十一、二十五、四十八、六十五、八十三师和第七军增援孟良崮，同时周边还有第五军和整九、二十、六十四师接令向孟良崮运动，企图一举围歼华野部队。这些援军多数离孟良崮只有一两天路程，且不乏精锐之师，如能及时赶到战场，华野将承受相当压力。然而当张部在孟良崮苦战之时，援军却行动迟缓，多则前进十余公里，少不过三五公里，表现出缺乏协同精神，不能互救的顽疾。身为兵团司令的汤恩伯，在16日不能不以近于恳求的语气电令各部增援：“张灵甫师连日固守孟良崮孤军苦战，处境艰危，我奉令应援各部队，务须以果敢之行动，不顾一切，星夜进击，破匪军之包围，救袍泽于危困，以发扬我革命军亲爱精诚之无上武德与光荣，岂有徘徊不前、见危不救者，绝非我同胞所忍，亦恩伯所不忍言也。”《国民党一兵团孟良崮战役战斗详报》，中共山东省委党史资料征集研究委员会、中共临沂地委党史资料征集委员会编《孟良崮战役》，山东人民出版社，1987，第427页。比较之下，此役华野六纵接到合围命令后，从鲁南昼夜兼程，只用两天时间便赶了200里山路，攻占整七十四师后退必经之地垛庄，断其退路，完全出乎张灵甫的意料，表现出高度的协同作战能力。可是直至张部覆灭，离孟良崮最近的整二十五师仍在10里开外的界牌，炮声相闻，而终不见援兵之至，陈毅称此役为“百万军中取上将首级”，当不为过。战役开始前，张灵甫曾在给蒋介石的电文中称：“以国军表现于战场者，勇者任其自进，怯者听其裹足，牺牲者牺牲而已，机巧者自为得志，赏难尽明，罚每欠当，彼此多存观望，难得合作，各自为谋，同床异梦，匪能进退飘忽，来去自如，我则一进一退，俱多牵制，匪诚无可畏，可畏者我将领意志之不能统一耳。”秦孝仪主编《总统蒋公大事长编初稿》卷6（下），第446页。此役之结果恰印证了张灵甫所言。战后蒋介石对此役“悲哀痛愤”，“尤增愤激”，痛责“高级军官已成了军阀，腐败堕落，自保实力，不能缓急相救”。5月29日发出通令称：“以我绝对优势之革命武力，竟每为乌合之众所陷害，此中原因，或以谍报不确，地形不明，或以研究不足，部署错误，驯至精神不振，行动萎靡，士气低落，影响作战力量，虽亦为其重要因素；然究其最大缺点，厥为各级指挥官每存苟且自保之妄念，既乏敌忾同仇之认识，更无协同一致之精神，坐是为敌所制，以至各个击破者，实为我军各将领取辱召祸最大之原因。”秦孝仪主编《总统蒋公大事长编初稿》卷6（下），第467、462~463、471页；《主席对孟良崮战役之讲评》，军官训练团编印《一年来剿匪重要战役之检讨》，1947，第55~57页。
其三为国民党军派系复杂，又掺杂着各种不同的人脉关系，加剧了协同作战之不易 。据第五绥区副司令胡临聪回忆，在1946年9月的定陶战役中，整三师师长赵锡田为陆军总司令顾祝同的外甥，为人骄横跋扈，对绥区抱若有若无态度，私人之间亦少接触，彼此存有隔阂。他接到郑州绥署的进攻命令后，不向绥区司令孙震请示即径往前线，意欲一战成名而取代孙的位置，使孙甚为不满。当赵部被围请求增援时，孙有意使赵栽跟斗，以报赵目中无人并企图取而代之之恨，没有令在附近的整四十一师积极增援，致整三师被歼，赵锡田被俘。胡临聪：《蒋军进犯晋冀鲁豫解放区和整三师赵锡田部的被歼》，《文史资料选辑》第28辑，第58页。国民党统帅部也因此而指责将领常有封建思想，视其序列以内之部队，为其永远指挥之部队，一旦有所抽调，即顿形不满，或不惜借任何理由以阻挠统帅部之兵团部署，常闻某部队不可归某人指挥，使在同一战场之军队，不能分合自如，形成半身不遂之状态。《剿匪战事之检讨》，第27页。尤其是1946年上半年的整编，因为裁编所谓“杂牌”而影响到作战士气。在整军过程中，同样的军队，“出身经历战绩等等都差不多，而属于所谓‘土木工程系’的军队（指陈诚系统——作者注），不只不被裁编，反而扩充”，“这种不公不平的事实……怎么不会使得国军的精神完全瓦解”。孙元良：《亿万光年中的一瞬》，第286页。甚至因为整编而荒唐到了“军官多惧年限失业，以为平匪无异缩短一己职业（退伍有一条可以因需要不按年限者）”，因此作战不积极。《徐永昌日记》，1947年4月18日。此种情形对于部队作战能力之影响甚大。蒋介石过后亦承认，“自从去年部队缩编，许多军官转业之后，现存的部队往往存着一种恐惧的心理，以为自己的部队不知何时被缩编，官佐不知何时被遣散。因为心理的不安，以致战斗精神亦大受影响。”《对于匪军战术的研究与军队作战的要领》（1947年5月19日），《总统蒋公思想言论总集》卷22，第120页。关于军事整编及其对国共双方的利弊得失，请参阅本书第十二章。