朝会后，在何孟春的倡议下，京城各大衙门共有129名官员聚集在左顺门，伏跪请愿。杨慎与何孟春同气相求，对聚合的众官员慷慨陈词：“国家养士百五十年，仗节死义，正在今日！”话虽不多，但字字金石，掷地有声！这些官员中有内阁大臣、六部尚书，也有给事中、翰林学士，都是朝廷栋梁。他们从早上七点跪到下午一点，不肯散去。嘉靖皇帝派锦衣卫前来镇压，捕捉了领头的8个人。杨慎拍着左顺门大哭，不肯退去的官员也跟着一起哭，声震内廷。到这地步，嘉靖皇帝绝不肯退却，他下令将所有伏跪请愿的官员共134人下锦衣卫大狱。两日后，下旨廷杖杨慎等160余人。10天后，余怒未消的嘉靖下令将杨慎等7人二次廷杖。这次大礼之争，共有18名官员死于酷刑之下，180多人被贬职废黜，8人永远充军，不可赦回，杨慎即其中之一。
凡事不怕忘记，就怕惦记
关于这场大礼之争，当时北京城中传出一首童谣：
太庙香炉跳，午门石狮叫。
好群黑头虫，一半变蛤蚧，一半变人龙。
无疑，桂萼、张璁都是蛤蚧之类；而杨慎则是受人敬重的人龙。但是，蛤蚧之流从此居庙堂之高，而人龙则只能处江湖之远。
八月份，正当杨慎在缇骑兵的押解下，离京前往谪戍地云南永昌之时，张璁骤升为二品大臣，入阁参赞机务。兹后不过三年，张璁便荣膺首辅之职，桂萼也沐猴而冠当上内阁辅臣。这两人在大礼案中狼狈为奸，兹后却分道扬镳，为争权夺利斗得驴嘶马喘。但有一点两人永远一致，那就是对待大礼案被贬黜的官员，始终采取高压手段，决不给予平反。
嘉靖三年，杨慎未过中秋，便带着妻小离开京城，踏上了前往云南的谪戍之路。一路跋涉近五个月，于嘉靖四年正月来到永昌。一到军营报到，换上罪卒的衣服后，杨慎立刻感到失去了尊严。孤苦无助中，他写了《军次书感》这首诗：
凭高一望倍凄然，日暮乌啼生野烟。
天地侧身孤旅外，江湖短发乱兵前。
屈平憔悴渔翁问，韩信栖迟漂母怜。
何事穷愁无伴侣，东风独坐感流年！
出身官宦世家的杨慎，过惯了锦衣玉食的生活，突然变成囚徒，物质与精神两种优越感顷刻间丧失净尽。但是事情并没有终结，记恨的嘉靖皇帝，在处分了杨慎之后，又于嘉靖七年褫夺了致仕在家的杨廷和所有封赠与爵秩，将其削职为民。第二年，这位有功于社稷的大政治家，便含愤罹疾，死于家中。
杨慎初谪的那几年，朝中君子几乎损失殆尽。张璁、桂萼之类的小人当政，即便不肯同流合污者，也决不敢抗命为杨慎等谪官说话。到了嘉靖十六年，在大礼案中得到好处的官员，几乎都已致仕。这时候，有些官员便开始委婉地劝说嘉靖皇帝给受贬者一个出路。嘉靖皇帝部分采纳了建议，对大部分受贬官员作了不同程度的改正。但对丰熙、杨慎等领头闹事的8人，则坚持原来的处罚一一在各自的充军地永不赦回。
明代以孝治天下，孝子在社会上受到普遍尊重。从某种意义上说，嘉靖与杨慎，都是堪称楷模的孝子。嘉靖不惜大兴冤狱，也要为其父兴献王弄一个皇帝称号，杨慎不惜以身殉国，也要坚持父亲杨廷和议定的大礼。世上事怕就怕“认真”二字，遗憾的是，嘉靖与杨慎都认真过了头。
时至嘉靖二十七年，因大礼案谪戍的140多人在吏部的一再提请下，赦还归田的有136人。丰熙、杨慎等八人，属于永不赦还之列。嘉靖对杨慎的仇恨太深了，他深居大内，几十年中，总不会忘记杨慎，经常问：“杨慎云何？”常言道，凡事不怕忘记，就怕惦记。有嘉靖皇帝这么“牵肠挂肚”，杨慎就不会有出头之日。
关于戍边充军，按律，凡年满60岁者，可以返回家乡。但杨慎满了60岁后，主动申请却没人敢受理。这样捱到68岁，他才以垂老之年请假返乡，在泸州住了将近三年。但是，由于嘉靖皇帝的又一次询问，流戍地与借居地的官员都十分惊恐。两地派出枪兵，将年近72岁且体弱多病的老人重新押解到永昌。返回戍所后，杨慎悲愤交加，写了《六月十四日病中感怀》这首诗。
尽管杨慎内心痛恨嘉靖皇帝，但到死也不敢公开指骂，只是说：“迁谪本非明主意”，而将自己一生的悲剧，归结到“网罗巧中细人谋”。这细人，就是桂萼、张璁之流。皇帝与状元谁能坚持到最后
嘉靖与杨慎，一个是皇帝，一个是状元；一个是学生，一个是老师；一个代表政统，一个代表道统。两人都拒绝和解，拒绝屈服，都在与时间拔河，看谁能坚持到最后。不幸的是，杨慎比嘉靖大了17岁，年龄上不占优势。他病死戍所后，嘉靖还当了7年皇帝才离开人世。