最初，他用温和的手段割舍他的“大伴”，他感受到了一种无羁无绊的轻松，独来独往的愉悦，以及隐秘于心灵深处的邪恶的复仇的快感。这使他惊奇，震动，也受到启发和诱惑。于是，他决心粉碎这座高立于庙堂之上的偶像，搬掉压抑在他心灵之中的块垒，扫荡笼罩在他头顶之上的阴影。这是一个大决策，大决战！战斗必然成功，唯如此他才可以真正成为屹立于万民之上、天马行空、受到万民仰望的皇帝了！哈，痛快！
有了这样的思维，张先生的形象能不被撕裂、不被践踏吗？
其三，神宗的贪财好利，也推动了清算的进程。
《明史纪事本末》中记叙了明神宗查抄张居正荆州老宅之前与皇太后的一段对话。
这一年，神宗的同母弟潞王已年满十六岁，该议婚了，可操办婚礼的银子还有一多半没有着落，慈圣皇太后一想到此事，就感到烦心。神宗听了，满不在乎地说：“这事您别着急，我有办法！现在朝中的这些官儿们都无耻极了，他们一定是看冯公公、张太师权大，把好多钱财珠宝都作为礼物存放在这两家了。”
太后听了，心里有了些把握，跃跃欲试地说：“假使查抄他们的家，这些钱财就都到手了吗？”
“这个冯保诡计多端，那些钱财恐怕都悄悄地转移了。”
正好这时候，云南道御史羊可立上了一道“已故大学士张居正隐占废辽府第田，乞严行查勘”的疏奏，已废辽王次妃王氏也奏称辽王府“金宝万计，悉入居正府”。都说得有根有据。再加上冯保抄家，所得巨万，这位贪财好利的皇帝能不动心吗？至此，张居正家厄运难逃。
此外，张居正一人独大，后继无人，也是他败亡得那样迅速、那样彻底的一个原因。他刚愎自用，偏信偏听，喜欢阿谀奉承之徒，打击直言敢谏之士。到万历皇帝决心向他清算的时候，大家一呼百诺，奋勇争先。没有人敢替他说话，替他伸冤。相反，那些受他提拔、被他重用的新政人物，反倒成了反张居正的急先锋。张居正厉行的改革，也就因此而寿终正寝了。
具有讽刺意义的是，当初大骂张居正是禽兽，被廷杖致残的邹元标，竟然拖着一条瘸腿，为张居正的昭雪奔走呼号，试图召回失去的新政。
然而，无可奈何花落去，这座经历了两百年风雨的古老的帝国大厦，终于在六十年后，被历史的巨浪冲击得土崩瓦解！（《细说大明王朝36大悬案》，向飞主编，湖北人民出版社出版）