秘密在于军机处的三个字：“勤”、“速”、“密”。雍正追求高效。军机处甫一成立，雍正皇帝就规定，不管有多少公文，必须在当天完成。即便一天的奏折多达几百件，也必须连夜处理完毕。皇帝如此严格要求，军机大臣的工作就很辛苦了。凌晨3点，紫禁城内一片漆黑，唯有军机处值庐中灯火通明。不过，最辛苦的人不是军机大臣，而是负责撰拟谕旨和管理档案的军机章京。军机处成立后，权责日重。举凡政治、军事、经济、外交事务，莫不经过军机处，单凭几个军机大臣已经处理不过来了。于是军机处成立的第二年，就增设军机章京。起初军机章京无定额，从内阁中书、笔贴式等官员中选调。嘉庆四年（1799年）起，定军机章京满汉各十六人，分为满汉各两班。每班的领头称为“达拉密”，由他领着章京们在军机处值班。通常情况下，满汉章京轮流值日，每班值两日。即便是大年初一，军机处也要当差入值。
军机处最强调效率与速度。军机大臣的工作流程，生动地描绘了这里的“速度与激情”：军机大臣入值后，约莫五六点钟，天刚蒙蒙亮，就要去养心殿面见皇帝，聆听皇帝对政务的处理意见，这叫“承旨”。皇帝在征询军机大臣对政务的意见后下达指示，军机大臣就会急匆匆赶回五十米以外的军机处，将皇帝的意思“述旨”给军机章京，章京们走笔如飞，执笔“拟旨”。军机大臣拿着拟好的谕旨，再赶回养心殿报皇帝批准。一来一去，不过一个时辰，许多政务就处理完了。
军机大臣是跪着“承旨”的。久跪辛苦，大臣们总结了一些小窍门。比如说他们会在膝盖处用圆夹布中置棉絮为衬里，这样跪着就不疼了。为了免除终日长跪，军机大臣们还练就了简明扼要的本事：无论事情多复杂，一定在三句话内讲完，免得皇帝再问。皇帝批文封好后，就会加盖军机处大印，并写明驿递日行里数，交给兵部发驿马传递，或每日行四五百里，或六百里加急，飞奔的骏马带着皇帝的批文，在帝国的驿道上川流不息。凭着这套交通系统，中央集权的触角伸向帝国各方。
“密”，是军机处的最大特点。军机处成立后，雍正三令五申地告诫属下“臣不密则失身”的道理，并规定军机处外面由护军把守，上至王公大臣、下至太监宫女，都严禁私入。甚至服务人员，也规定必须是十五岁以下不识字的小太监，称为“小么童”。15岁之后，就立刻换新人。而占军机处文书大头的“廷寄”，与文武大臣向皇帝呈递的“奏折”，更是改变了古代中国长期以来的公文惯例。
今天，“上朝批折子”是人们对皇帝工作的主要印象。孰知，清代之前的皇帝，是“不批折子”的。奏章摆在皇帝案头，需经过复杂的流程。以明朝为例，当时地方各省及中央各部的上行公文，若有关公事的，叫“题本”；有关私事的，叫“奏本”。这些“本”首先要汇总到相当于国务院办公厅的通政使司，然后交给内阁。内阁先“票拟”附上处理意见，与奏本一同送达皇帝审批。皇帝用朱笔写下意见后再发给内阁执行，这叫“批红”。
明朝中叶后，皇帝对政务懈怠，往往将“批红”权力交予司礼监，让首席秉笔太监按照皇帝的意思作“朱批”。明朝这套政务处理流程，虽然开了太监参与朝政的后门，也对皇权形成了制约。因为内阁首先阅览奏章，在皇帝过目之前，就拟定了意见。即便皇帝驳回了内阁的“票拟”，也会想法子补救。慢慢地，内阁首辅变成事实上的宰相。如果他与首席秉笔太监关系密切，且皇帝年纪幼小，那么决策权就掌握在内阁首辅手中。例如万历年间的张居正，属下官员上“奏本”，内阁依张居正的意思“票拟”，政治盟友冯保控制的司礼监再“批红”，“万历新政”就这样雷厉风行地推行开了。
为了避免自己被内阁蒙蔽，康熙中期发明了奏折制度——皇帝亲信秘密地直接呈递报告，皇帝通过秘密报告，掌控全局。奏折绕过了内阁，这保证皇帝不受干扰地贯彻自己的意志，实现权力集于君主一身。
雍正完善了奏折制度。他不仅将有权写折之人扩展至大学士、各省督抚、藩、臬、提、镇，也在保密措施上下足了功夫。首先，密折均直达御前，中间不经过任何人转手；而且密折只能由皇帝一个人批阅，即便是军机大臣也不能过目。
大臣与皇帝之间的密折与朱批，由特制匣子传递。大臣与皇帝一人一把钥匙，除此之外，没有人能够打开匣子。即便如此，雍正还要谆谆叮嘱臣下不要泄露密折内容。鄂尔泰是雍正最信任的宠臣之一，雍正在给鄂尔泰的侄子鄂昌奏折的朱批中告诫他，“不可令一人知之，即汝叔鄂尔泰亦不必令知”。就是朱批过的奏折，雍正依然不放松，还下旨要求具奏人在一定时间内交回宫中保存，本人也不得抄录留底，否则严惩不贷。
那么，朱批后的奏折是如何到达具奏人手中的呢？靠军机处。军机处收到朱批奏折后，先由军机章京将奏折连同朱批誊写一遍，加以保存；原件则密封装好，直接传给上折大臣。有些折子，皇帝当天没有考虑周全，就“留中”不发；另一些极为机密的，只录“另有旨”，连副本也不保存。
雍正：清帝中的勤政楷模
雍正借着军机处“以一人治天下”，同时也将重担放在肩头。清朝皇帝普遍勤政，而雍正是其中最突出的。雍正四年五月，皇帝在上谕中感慨地说道，皇考每日上朝，已经是勤政的楷模了；而朕，每天从清晨工作到深夜，又有过之。白天，雍正帝接见大小官员，披览章奏；晚上在青灯下，还要阅读各地的密折，多至二三十件。
据统计，雍正当政十三年，至少批阅过奏折两万两千余件，题本十九万余件，写下了千余万字的批语。与康熙和乾隆皇帝不同，雍正从未南巡锦绣江南围猎木兰围场。除了生日放假一天外，他就是一架工作机器。君主集权的背后就是放弃休息、勤于政事。雍正十三年八月二十三日，皇帝暴死于圆明园，大位传给宝亲王弘历，新帝年号乾隆。在乾隆皇帝时，军机处彻底成了皇帝的左右手，军机大臣彻底成了皇帝的高级秘书。