至于知识分子最为在意的思想文化，清朝就更难有可称道之处，在历朝历代中，清人的文网最密，明朝虽然也有文字狱，但大多不过是朱元璋的阿Q心理作怪，自己头上长癞，总担心人家含沙射影，文字狱处理的也多是热衷于拍马逢迎的乡间小儒。而清朝的文字狱则不同，虽然也不乏捕风捉影的案例，但对于汉族士大夫因有的夷夏之防，却一向打得“稳、准、狠”，很有点“诛心”的感觉。这样一来，清代的思想文化难免不受牵累，远的不比，就是比明代都比不了。干嘉朴学的学者虽然人多势众，但论思想整个加起来，也抵不上王守仁一个，黄宗羲、顾炎武、王夫之这三位，虽然号称是明末清初的三大思想家，但实际上却是属于明朝的，他们对满清的异族统治至死持反对的态度。
那么，是不是清朝一点可以称道的地方都没有呢？当然不是。清朝也有其他王朝所难以企及的地方，这就是整整十代帝王，如果加上关外的两代就是十二代，没有真正的昏君，几乎所有的皇帝都比较勤政，至少都怕落个荒殆朝政的恶名，“从此君王不早朝”的事，谁也不敢做，这一点，跟相邻的明朝形成了鲜明的对照。而明清之际，皇帝能做到这一点，的确是相当的不容易。我们知道，明代以前，大多数朝代都有宰相，王朝的行政事务是由宰相主持行政系统来处理的，皇帝虽然握有国家大事的最后决定权，但他更多的是“国家元首”而非“政府首脑”。然而，明代自朱元璋以后，相位被废，从此皇帝兼宰相之任，虽然有人帮忙（明代的内阁，清代的军机处都等于是皇帝的幕僚班子），但一不留神还是被事务和公文堆给活埋了。吃不得苦的朱家子孙，干脆将批阅奏章的大权交给了原本只是伺候皇帝笔墨的“秉笔太监”，甚至还有像万历皇帝一样，就是不理朝政，将所有的大事包括任免官员全部搁置，天天睡大觉。比起明代那些天天睡懒觉、炼丹、做木匠活和游龙戏凤封自己为“总兵”的皇帝，显然那些起早贪黑的爱新觉罗子孙要招人爱得多。
中国虽然不是一个缺乏制度或者制度建构能力的国度，但从贩夫走卒到将相王孙，大家对于统治者的个人品质和能力以及他们的行为还是看得比什么都重。中国所谓的“人治”传统，不仅仅是制度意义上的，更重要是习俗和人们意识上的。人们制定了制度，却习惯于眼睁睁地看着制度被强人糟蹋。相对而言，社会宗法制度倒是要比政治制度对人的约束力强一些。历史上从来就不乏凌驾于政治制度上的人，但想要将宗法礼俗踩在脚下则难到不止上青天。政治制度其软如棉，人治的传统的强固似乎可以从三个方面找原因，一是中国传统的政治制度缺乏严格的程序和详尽的操作规则，技术上存在着看似无关紧要，但实际上非常关键的缺陷，用黄仁宇先生的话来说就是达不到以数字来管理的程度。同样的事情，不同素质禀赋的人来办，往往结果会非常不一样，好的结果与坏的结果往往取决于制度中人的个人努力，人亡政息是政治过程中常见的现象，特别对于君主来说，更是如此，有什么样的君主就有什么样的政治。二是政治制度对于君主缺乏真正意义上的制约机制，除了那些傀儡之外，君主无论从理论还是实践中，都是最终的立法者，几乎没有什么君主不能改变的制度。传统社会中能对君主起制约作用的因素往往不在制度之内，比如道统、道德、宗法礼俗等等，反过来政治制度往往还得依靠这些因素来说明自己的合法性。三是几千年农业社会的生活伦理的影响，生产操作程序个人化，过于推崇熟能生巧，勤能补拙。这样的文化氛围，既影响到人们的政治评价，也影响到政治运作的本身。