2003年11月的格鲁吉亚"玫瑰革命"（亦称"天鹅绒革命"）成为独联体地区"颜色革命"的发端，使俄罗斯与格鲁吉亚在原有利益冲突没有消除的情况下，又增加了新的矛盾因素，两国关系因此渐行渐远。
政治关系进一步恶化，贸易关系有所发展
苏联解体后，格鲁吉亚因国内阿布哈兹、南奥塞梯的冲突问题久拖不决而同俄罗斯结怨日深。两国经常相互指责，俄罗斯指责格鲁吉亚庇护境内车臣恐怖分子，后者则指责前者支持阿布哈兹和南奥塞梯分裂势力。2004年5月，萨卡什维利政府以武力威胁方式恢复对阿扎尔自治共和国的管辖权后，又于7-8月间对南奥塞梯发动军事进攻，俄罗斯与格鲁吉亚关系雪上加霜。2005年2月18日，格鲁吉亚外交部长祖拉比什维利这样描述与俄罗斯的关系：格俄关系已进入死胡同，近期就最尖锐的问题进行谈判是俄罗斯理顺双边关系的"最后一次机会"，"我们已经处于转折点--要么在近两个月有所成就，要么干脆做出不可能与俄罗斯在一起的结论"。[1]
俄罗斯没有把握这"最后一次机会"，格鲁吉亚却在撤军问题上向俄罗斯发起新一轮攻势。3月10日，格鲁吉亚议会通过《关于俄罗斯驻格鲁吉亚军事基地的决议》，要求俄方在5月15日前与格方就军事基地撤除时间达成一致，否则格方将单方面宣布俄罗斯军事基地处于被撤除状态，并要求俄方在2006年1月1日前"结束在格鲁吉亚的军事存在"。4月25日，两国外长会谈，因分歧大，谈判无果而终。格方威胁将采取停发俄罗斯军人入境签证，限制俄军事基地人员、装备、物资在格境内的调动等措施。对此，俄罗斯外长拉夫罗夫和国家杜马先后发表措辞强硬的声明，警告格鲁吉亚不要采取单方面的行动。
俄格撤军之争持续近十年。俄罗斯极力拖延撤军时间主要出于以下利益考量：（1）担心俄军撤离之后，美国或北约军队进驻格鲁吉亚。尽管萨卡什维利总统说过，"俄驻格军事基地撤除后，格鲁吉亚永远不会成为其他国家军队的通道或战略基地" [2]，但拒绝将这种口头表示变成对俄罗斯的书面承诺。而20世纪90年代初俄罗斯从东欧撤军后北约违背承诺进行东扩的事实，让俄罗斯担心类似的"剧本"在格鲁吉亚重演。因此，有俄罗斯学者提出俄罗斯应先达成北约不在格鲁吉亚部署军队的协议、然后撤军的主张。（2）维系驻格鲁吉亚军事基地，有利于俄罗斯保持与格鲁吉亚的两个具有分离主义倾向的地区--阿布哈兹和南奥塞梯之间的密切联系，有利于向格鲁吉亚施加影响，使之在打击车臣非法武装问题上给予俄罗斯必要的支持。
但是，在格鲁吉亚持久而高涨的反俄驻军声浪中，以及在美国和北约其他成员国的外交压力下，俄罗斯认识到将撤军问题长期搁置已不可能，撤除军事基地只是时间早晚的问题。5月30日，俄格两国外长在莫斯科签署协议，宣布俄罗斯将于2008年最终完成驻扎在格鲁吉亚巴统和阿哈尔卡拉基两处军事基地的撤除工作。随后，格鲁吉亚宣布议会3月10日通过的针对俄罗斯军事基地的决议将自动暂停实施。7月30日，俄军开始撤离巴统。
俄格撤军争论刚刚平息，格鲁吉亚国内反俄声浪又起。10月20日，萨卡什维利总统根据议会对外交部长祖拉比什维利亲俄的指责，罢免了其外长职务，任命前国家安全会议秘书别茹阿什维利接任。11月22日，格鲁吉亚议会以独联体成员国地位与格鲁吉亚加入北约和欧盟的方针相抵触为由，一致通过开始审议继续留在独联体合理性问题的决议。11月25日，格鲁吉亚公布了萨卡什维利总统签署的2010年前国家军事战略，明确将俄罗斯驻格鲁吉亚军事基地和维和部队列入对格鲁吉亚军事威胁的清单之中。
格鲁吉亚积极激活近期缺乏生气的"古阿姆"集团，与乌克兰等国于12月初成立"民主选择共同体"（简称"民共体"），宣称要建立"波罗的海-黑海-里海民主带"，这引起俄罗斯的强烈不满。俄罗斯认为"民共体"与苏联解体初期乌克兰和波兰等国曾经倡议的带有反俄性质的波罗的海-黑海国家联盟如出一辙，它在推进独联体"颜色革命"的同时，可能发展为隔离俄罗斯与西欧的"防疫带"。为了加强俄罗斯在独联体的影响，并对奉行反俄政策的格鲁吉亚、乌克兰和摩尔多瓦施以惩罚，俄罗斯同时向这三个国家发?quot;天然气战争"，对格鲁吉亚，俄罗斯将天然气出口价格由过去的63美元/千立方米提高到110美元/千立方米。
尽管政治关系恶化，但俄格两国贸易额自2000年以来一直保持增长势头，2005年1-10月，两国贸易额4.97亿万美元，同比增长51%，其中格鲁吉亚对俄罗斯出口1.197亿美元，从俄罗斯进口2.9亿美元。俄罗斯是格鲁吉亚石油、天然气和电力的主要供给国。俄罗斯对格鲁吉亚的投资额较小，主要集中在锰矿开采、能源和机器制造业。制约两国经济合作的因素包括久拖不决的阿布哈兹、南奥塞梯地区冲突，交通、贸易和法律障碍，格鲁吉亚的经济、财政状况及对外经济联系向西方的转变等等。
关系持续恶化的原因
1.两国在阿布哈兹、南奥塞梯冲突问题上旧怨未解，俄罗斯的军事存在被格鲁吉亚视为保持领土统一的主要障碍。俄罗斯的调停虽然"冻结"了格阿、格南冲突，但是未能使冲突得到根本解决。俄罗斯因自身存在车臣问题，主张保持格鲁吉亚的领土完整，同时给予阿布哈兹、南奥塞梯近乎于独立的自治权。这种调解政策引起格方的强烈不满，指责俄罗斯对阿布哈兹和南奥塞梯之外的格鲁吉亚居民实行签证制度，利用军事基地向两地分裂势力提供武器装备，阻挠格鲁吉亚实现统一。它请求西方国家参与冲突调解，并将外交政策向西方倾斜。
2.格鲁吉亚发生"玫瑰革命"后，新政权加快推行融入欧洲-大西洋安全和经济结构、疏远俄罗斯的政策。萨卡什维利政府认为只有北约和美国才能保障格鲁吉亚国家安全，并帮助格恢复对阿布哈兹和南奥塞梯的管辖，因而坚定地奉行反俄亲西方的政策，积极要求加入北约和欧盟。为此，格鲁吉亚敦促俄罗斯加快撤除军事基地的步伐，加强与北约的军事合作，加紧按照北约的标准改革本国武装力量及其领导体制。格鲁吉亚还力图吸引北约参与格阿、格南冲突调解，以削弱俄罗斯的主要调停者作用，并为下一步排挤俄驻格维和部队，彻底消除俄在格军事存在作铺垫。
3.美国和北约积极支持格鲁吉亚"脱俄入欧"的努力。推动独联体地缘政治多元化是美国的一项长期战略方针，而与俄罗斯积怨最深、反俄情绪最浓的格鲁吉亚则是美国实施这一方针在独联体内部的主要借重力量之一。为了充分发挥格鲁吉亚分化独联体的作用，美国致力于促进格鲁吉亚的政治和经济独立，并同北约一道帮助格鲁吉亚按照北约的标准发展军事力量，支持它排挤俄驻军和加入北约的努力。2003-2005年美国向格鲁吉亚提供了约7000万美元用于发展军队。2005年3月2日，格鲁吉亚签署向北约提供空中、公路和铁路等交通通道协议。5月9日，布什访问格鲁吉亚，呼吁"所有国家"尊重格鲁吉亚"这个高加索小国的领土完整"，矛头直指格鲁吉亚的北方强邻俄罗斯。
两国关系疏远并将伴随经常性紧张
迄今，俄罗斯仍未形成清晰的对格鲁吉亚政策。它在格阿、格南冲突问题上的不统不独政策，已经将格鲁吉亚不可逆转地推到了美国和北约的怀抱。俄罗斯在格鲁吉亚的传统影响主要是以后者在油气和电力供应、国家安全、冲突调解等方面对于俄罗斯的依赖为基础的。随着2005年5月25日巴库-第比利斯-杰伊汉输油管道正式通油，格鲁吉亚对于俄罗斯能源高度依赖的状况将会有所改善。军事基地的撤除将使俄罗斯丧失另一个有力控制格鲁吉亚的杠杆，并且俄罗斯驻阿布哈兹和南奥塞梯维和部队的撤离问题也将提上议事日程。对于美欧从外部，格鲁吉亚和乌克兰从内部在独联体推广"颜色革命"，俄罗斯缺少有效应对的手段。俄罗斯提高向格鲁吉亚出口的天然气价格，有可能促使格鲁吉亚寻求美欧的帮助，从而缩减俄罗斯在格鲁吉亚的经济存在。
格鲁吉亚以俄罗斯能否改变对格阿、格南冲突的立场作为衡量两国关系的标尺。鉴于近期俄罗斯的立场很难改变，格鲁吉亚仍将继续奉行反俄亲西方的政策。因此，俄格关系将随着俄罗斯在格鲁吉亚经济和军事存在基础的剥蚀、格鲁吉亚竭力推行"脱俄入欧"政策以及美欧影响的增强而日益淡化。