其次，三省合署议事、办公，三省职能逐渐趋向混同合一。三省分权，势必造成相互扯皮、效率低下等弊端。为了三省之间协调行动，三省首长定期在门下省的政事堂议事。自武德年间开始，中书、门下集议于政事堂，政事堂设于门下省。（《通典》：“旧制，宰相常于门下省议事，谓之政事堂。”）。唐高宗永淳年间，“裴炎自侍中迁中书令，乃徙政事堂于中书省。”由此，确立了中书省的中心地位。开元十一年，中书令张说奏改政事堂为中书门下，政事堂印也改为中书门下印，且于其后分列吏、枢机、兵、户、刑礼五房。从此，中书门下正式成为宰相的办事机构。
尚书省在唐代一度改称文昌台、都台、中台，旋复旧称。
中书省在唐代一度改称西台、凤阁、紫微省，旋复旧称。
门下省在唐代一度改称东台、鸾台、黄门省等，旋复旧称。
五代：制度与唐无异，但是由于连年征战，实际上宰相并不掌握权力。三省形同虚设。政事多由皇帝特派使臣办理，成为宋代以差遣为正官的开始。
宋：有宋一代，虽然三省名义始终存在，但是已经混同为一省。同时由于枢密院、三司的设立，宰相的军权、财权被剥夺，三省制度名存实亡。
宋代官制“有官、有职、有差遣：官以寓禄秩、叙位着，职以待文学之选，而别为差遣以治内外之事。其次又有阶、有勋、有爵。故士人以登台阁、升禁从为显宦，而不以官之迟速为荣滞；以差遣要剧为贵途，而不以阶、勋、爵邑有无为轻重。”（《宋史》卷一六一《职官志》）。不但宰相为临时职务，天下无官不为临时职务，至于“非奉别敕，不得治本官事”。
按《宋会要·职官》“中书令，侍中，及丞郎以上至三师、同中书门下平章事，并为正宰相。”但实际上，有以侍中衔出任宰相职务的现象、却没有以中书令衔出任为宰相者，中书令与尚书令一样，都是荣誉头衔。其他皆以同中书门下平章事拜相。（《古今源流至论》后集卷二《三省》：“国初三省长官第为空名，惟侍中有真拜者。”）
宋代通常二相并任，较唐朝时少了许多。也有独相一人或三相并置的。三相并置时，以昭文馆大学士为首相，次相监修国史，末相兼集贤殿大学士。二相并任的，首相并兼昭文馆大学士、监修国史。
神宗元丰改制时，尽废差遣职。以三省长官任宰相，诸官均以本官治事。以尚书令、中书令、侍中，官高不便轻授。遂以尚书左、右仆射为宰相。左仆射例兼门下侍郎，为门下省长官；右仆射例兼中书侍郎，为中书省长官。政和二年，废尚书令，改侍中为左辅、中书令为右弼，皆虚其位；并改左仆射为太宰，右仆射为少宰，仍兼中书、门下两省侍郎。靖康元年，复以尚书左、右仆射为宰相，三省长官名称皆依元丰官制。南渡后，凡事力图复太祖、太宗旧制。建炎三年，尚书左、右仆射皆加同中书门下平章事，并中书与门下二省为中书门下。孝宗干道八年，改尚书左、右仆射为左、右丞相，废侍中、中书令、尚书令虚称，遂为定制。
元：元代以中书省总领百官，与枢密院、御史台分掌政、军、监察三权，尚书省时置时废、门下省不复置，故中书省较前代尤为重要。
明：明初不设中书令，仍以中书省统六部，长官称左右丞相。太祖洪武十三年,诛胡惟庸，废中书省与丞相，六部直接对皇帝负责。至此，三省六部制的三省彻底废止。
清：清沿明制，以六部尚书任天下事，其上先后有议政王大臣会议、上书房、军机处。
六部
官署名。从隋唐开始，对中央行政机构中的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部各部的总称。又称“六曹”。发端于秦少府尚书，经后汉尚书台诸曹演化而成。
六部的职务在秦汉时为九卿所分掌，魏晋以后，尚书分曹治事，由曹渐变为部，至隋唐始确定以六部为尚书省的组成部分。以吏、户（隋称民部）、礼、兵、刑、工六部比附《周礼》中的六官，秦汉九卿的职务大部并入。元代六部改属中书省。明太祖废宰相不置，以尚书任天下事，六部直接对皇帝负责，地位更加提高。清末，新设外务等各部，六部之名遂废。
(1)吏部
官署名。东汉始置吏曹，改自尚书常侍曹，魏晋以后称吏部。隋唐五代列为尚书省六部之首。
吏部下设吏部司、司封司、司勋司、考功司，掌管天下文官的任免、考课、升降、勋封、调动等事务，唐朝前期主持科举考试，开元二十四年将主试权转礼部管辖。唐朝中期，尚书省职权为诸使职侵夺，本部对于官员的任免权力也日渐削弱。长官称吏部尚书，置吏部侍郎二人。一度曾改称司列、天官、文部，旋复旧。后代相沿不改。唯宋代使职盛行，吏部职务为审官院、东西铨所掌，吏部尚书亦不治本部事。