西藏上层反动分子于1959年3月19日夜间指令叛乱武装向驻拉萨的人民解放军和地方机关、单位发动大规模进攻约6小时后，解放军在遭到猛烈枪炮射击、一再广播喊话警告仍然无效的忍无可忍情况下，被迫于3月20日上午10时开始反击。当时，驻拉萨的解放军，除机关人员外，能够投入机动作战的兵力仅千余人，而拉萨的叛乱武装共约7000人，又有外国势力援助。但是，具有丰富作战经验、英勇善战的解放军指战员，在炮兵火力的支援下，以两天多的连续战斗，就一举歼灭□集拉萨的叛乱武装5360多人。
许多藏胞群众和共产党、解放军站在一起，坚决反对叛乱。“卫教军”包围泽当74天中，爱国人士噶穹次仁顿珠一家四口人一直同山南分工委机关干部和解放军官兵生活、战斗在一起，同生死共患难；他在颇章的庄园房舍被卫教军烧毁，他刚从中央民族学院毕业回来的儿子诺布在同“卫教军”战斗中牺牲，但他仍坚持斗争到平叛大军来到泽当。波密的叛乱武装1600余人准备进攻扎木县委时，驻守扎木的解放军和地方干部、职工不满60人。许木宗头人江村、寺庙代表扎西群培、活佛绕赛、民间艺人旺姆等一批爱国人士，搬进县委大院，同解放军和地方干部职工一道，参加保卫扎木的战斗。叛乱武装进攻扎木前，群众纷纷报信，白玛扎西等更深入叛乱分子巢穴侦察情况后向县委报告。叛乱武装以迫击炮轰县委，头人江村的家人举枪击毙了叛乱武装的炮手。在10天的战斗中，军民并肩击退了叛乱武装的叁次进攻，直到解放军援兵到达。事实表明叛乱武装是一群外强中干、无法同解放军有效作战的乌合之众。拉萨战役歼灭叛乱武装5360余人中，俘虏和招降占绝大多数，在解决大昭寺、布达拉宫等处的军事行动中，均经战场喊话招降了大批叛乱武装。
1959年3月10日，拉萨发生全局性叛乱后，工委、军区各单位组织力量，动员在本单位工作、学习的藏族上层人士、干部、工人及其家属迁入机关暂住。仅自治区筹委会机关和军区机关驻地，就掩护了包括帕巴拉格列朗杰、朗顿贡噶旺秋、雪康土登尼玛、江金索朗杰布等著名人士在内的六、七百名藏族各阶层人士和他们的家属。上述爱国藏胞，同军队、地方人员一道保卫机关，有的参加抬土运石筑工事，有的帮助观察情况，有的投入有线广播，用藏语宣传，揭露叛乱分子的阴谋。
3月20日战斗打响后，雪康土登尼玛等人还随同部队一道向叛乱武装实施火线喊话，敦促他们停止抵抗，对瓦解叛乱武装起了积极作用。爱国藏胞把解放军的胜利看成是自已的胜利。一些看着解放军战士英勇攻占赤江宅楼的市民伸出大姆指说：“解放军好样的”！战役结束，炮火声一停下来，许多市民就焚香顶礼，纷纷上街向解放军战士献哈达，送交叛乱分子遗弃的武器，协助解放军肃清残敌。当看到那些被打死的康巴叛乱分子尸体上还戴着抢来的一串串金银和宝石戒指，腰里塞满抢来的藏钞和银元时，市民都对之边骂边吐唾沫。长期遭受反动分子压制打击的爱国人士欣喜若狂，他们纷纷互道“吉祥如意”！在阿沛家中的擦第、玛朗巴等爱国人士，围坐在一起，纵情谈笑，举杯相祝。叛乱武装曾想杀掉但被接来军区机关居住的爱国人士孜仲玉噶，当即兴高采烈地说：“这一下好了！黑白可以分清了！”
3月28日，周恩来总理发布国务院命令，责成西藏军区彻底平息叛乱；解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏政府职权。
继拉萨战役之后，人民解放军于4月发起山南战役，7月2举行纳木湖战役，8月至9月举行麦地卡战役；还从4月至8月于昌都东北及昌都以南的盐井地区分别组织了进剿作战，8月至11月于昌都东南地区组织了进剿作战。1959年4月，解放军发起山南战役。曾经饱偿“卫教军”蹂躏之苦的山南人民，极其热烈地欢迎前来平叛的部队。许多群众提着酥油茶壶到指战员面前说：“解放军辛苦了，喝杯酥油茶吧！”一些藏胞自动抱来马草喂部队的马说：让马吃咆，好去追叛乱分子！有自动赶着□牛、骡马来为平叛部队驮运粮食、物资。
拉萨战役后，在祖国内地学习的西藏公学、团校藏族学员普遍主动要求返藏参加平叛改革。西藏工委决定这两个学校的叁千多名学员提前毕业返藏。这一批绝大部分出身于农牧民家庭的青年，是平叛改革中的一支朝气蓬勃的本民族新生力量。其中500名青年，组织上满足了他们的参军要求，直接投入平叛的军事行动。他们作战勇敢，工作积极，许多人都立功受奖，经过平叛和边防斗争锻炼考验，后来成长为解放军的优秀干部。如某团1连的赤来，在一次战斗中，单枪匹马对据守山洞的39名叛乱武装激战一小时，负伤5处，仍然坚持战斗，最后在其他4名战士赶来协助下，将39名敌人全部歼灭，战后荣立叁等功。又如某团9连的副排长诺布顿珠，在行军作战中一贯吃大苦耐大劳，多背粮食弹药，还帮助别的战士背被包；在1960年3月唐古拉山以北的战斗中，他生擒了叛首副司令，战后荣立二等功；后来任排长、副连长、县人民武装部部长等职务。亚东籍的玛次仁，在平叛中一贯作战勇敢，1960年牺牲在波密地区的一次战斗中。