1960年，人民解放军又对集中盘踞在恩达、丁青、嘉黎、扎木之间地区的叛乱武装，盘踞在青藏公路温泉站至那曲一线以东、巴青以北之唐古拉南北地区的叛乱武装，盘踞在申扎、萨噶、定日之间地区的叛乱武装，盘踞在马泉河以南、中（国）尼（泊尔）国界以北、里孜以西、公珠湖以东地区的叛乱武装，盘踞于芒康、叁岩地区的叛乱武装，先后发起了进剿作战。到年底，基本上平息了全区的大股武装叛乱活动。进剿申扎、萨噶一带叛乱武装，经军事打击歼灭501人，（其中击毙仅53人，击伤320人）而经政治争取招降887人。
1960年2月解放军发起进剿恩达、丁青、嘉黎、扎木之间地区的叛乱武装战役前，藏胞罗松主动向丁青县委书记要求进入叛乱武装区内了解情况获准。3月，进剿开始后，罗松返回报告了一个重要情况：一股千余人的叛乱武装埋伏在沙丁附近，准备伏击解放军的进剿部队。县委书记立即带着他去部队。这一情报，使正准备途经沙丁赶赴边坝的部队改变决定，先出其不意地包围了沙丁，全歼了这股叛乱武装一千多人（包括1名经美国训练的空投特务）。如果没有罗松的出色工作，解放军就会遭受损失。
在平叛中，许多地方的藏胞群众自发组成各种自卫武装，站岗放哨，监督不法分子，护秋护场护畜，为部队剌探情况，充当响导，积极协同解放军搜山，捉拿流窜隐藏的叛乱分子。如林芝县东久村的群众自卫武装，在两个月中，搜查并活捉了叛乱分子13名，配合解放军围歼叛乱分子140多名；农奴拉巴单人带了一条狗跟踪追赶敌人，在雪山上潜伏一天半，将3名叛乱分子活捉。1959年10月，察隅自卫队配合部队在罗马村围歼叛乱武装24名。1960年3月，该自卫队又将从芒康、左贡一带窜至察隅县古拉区抢劫的叛乱武装20多人歼灭，夺回被抢劫的马、牛、羊700余头（只）。该队中最积极勇敢的队员昂旺赤村，曾经智擒叛乱分子8名、劝降6名。一次，他被叛乱武装抓住后，机智逃脱，随即向解放军报告，并主动带路，一举歼灭叛乱分子43名。
1961年1月24日，平叛部队8名干部战士与江达县群众自卫队员15人联合作战，击毙重要叛首四朗巴登以下4名，俘4名，缴枪5支。山南加查县邦达乡女乡长兼群众武装负责人次仁琼宗，带领群众同叛乱分子坚决斗争。1961年4月2日，她被两名叛乱分子拦在路上，逼她投降；她痛斥叛乱分子，与之搏斗，被敌人连砍9刀，壮烈牺牲。当地藏胞为了永久纪念她，将她的塑像和事迹至今陈列在当地革命烈士陵园里。
1961年，人民解放军进一步对分散在昌都东南地区和林芝、拉萨、那曲接合部地区以及其他地区的残余叛乱武装展开搜剿、侦捕。一些前两年漏歼的叛乱首领、小股武装陆续就歼、投诚。平叛中，全区残余叛乱武装的许多重要首领，都纷纷投诚或投降，包括2月昌都地区叛首八角喇嘛投诚，3月申扎叛首保保阿工投诚，6月芒康叛首甲措本投诚，7月迫降边坝叛首阿旺洛桑等。其中争取保保阿工，先后派出26人次前往宣传、劝说，终于争取其投诚来归。曾经与共产党、人民政府有良好的合作共事关系。如曾任达赖驻京办事处处长的然巴朗杰旺秋、曾任亚东下司马管理委员会主任的赤门索南班觉等人，只是在叛乱武装命令其断绝与人民政府的来往，强逼其签字参叛，否则格杀勿论，才被迫参叛的。参叛后，他们并无多少具体活动，也不受叛乱武装的信任。对他们，在处理上就与顽固的叛首不同。如拉萨战役俘获然巴朗杰旺秋后，仅拘押两周，一经问清情况即予释放；对战后逃往国外的赤门索南班觉，立即通过家人捎信，争取他很快投诚回归，与家人团聚。几年后，即再安排然巴、赤门参加工作。对于参叛后虽有具体活动，但被俘后认罪态度好、确有悔改表现者，亦均从轻判处，一般只监禁数年即予释放。如1964年释放土登旦达、卡那喀巧德钦等人；1965年释放拉鲁、松多等人。后来，也都给他们安排了工作。
至1962年3月,西藏的平叛全部结束。总计叁年平叛中，经过政治争取投诚来归者，占被解决的叛乱武装人数的42.8％；特别是1961年，占到70％以上。全区叁年先后近9万卷入过叛乱行列的人员中，人民政府作为叛乱分子对待的叛首、骨干、坚决分子，只有2.3万人，人口只占全西藏2％强。人民解放军认真执行军事打击、政治争取和发动群众叁结合的平叛方针，使得叛乱武装的绝大部分为被俘、投降和投诚者。而被击伤者是少数，被击毙者更少。
叁年平叛中，随军支前民工达1.5万余人次，计43.9万余工日；民畜10．4万余头（匹）次，计286．6万余工日。麦地卡战役，带领10多名民工、赶着100多□牛支援部队的藏族基层干部多吉阿爸，在雪地里走了一天，晚上又自动将所有磨破了的麻袋、面粉袋一针一针地缝好，和其他民工一起把罐头箱、油桶等不怕受潮的东西放在底下，把大米、面粉袋等放在上面，盖上雨布，压上石头，才去支帐蓬做饭吃。多吉阿爸先后支前十次，送粮几十万斤，参加战斗十余次，被叛乱分子的枪弹打伤过手臂。随某团行动的民工队中，有150多人次因为牲口累垮而背着粮弹赶路。在向后方运送解放军伤病员、烈士遗体时，民工们轻抬轻放，给伤病员端饭送水，有的民工先向烈士遗体献饭，然后自已才吃。在一次激烈战斗中，民工齐米加布冒着敌人炮火，把负伤的解放军副连长背到隐蔽地点，又上山帮助战士修工事，鼓励战士们狠狠打敌人；战斗结束后，齐米加布把自已的全部随身所带物品扔掉，将解放军伤员的东西全部背上返回。