关于中国海外移民史的起始问题，孔飞力有着自己独特的取舍。他将1567年（即明朝穆宗隆庆元年）作为“现代”研究的起点，而将二十世纪末叶作为研究的终结，这样一来，中国海外移民史就限制在了五百年。他指出：“我认为，1567年是一个具有象征意义的年份，因为正是在这一年，中国朝廷正式下令解除曾经长期推行，但实际有限的海禁政策。与此相应，民间贸易在移民中的作用逐渐增长。至于本书所述的下限（显然并非移民史本身的终结），我选择的是20世纪末叶，其时中国大陆融入世界经济已成不可逆转之势。”（《前言》第3页）按照这样的理念，所谓中国之“现代”，就是开放海禁，以及逐步与世界经济相融合的时代。遗憾的是，孔飞力在书中没有对这种新颖的分期做出更多的特别阐释。
多数西方学者常常难以理解，中国传统社会对移民的禁止与反对是如何的根深蒂固。正如孔飞力所云：“无疑，这就是为什么中文没有对应英文‘（向外）移民’（emigrant）的专门用语。”（49页）又“事实上，今天中文‘移民’一词的原意就是（通过国家下令）迁移人口”（12页）。海外移民根本没有合法的地位与身份。中外学者在中国海外移民史研究中也得出了同样的结论：迁往海外的中国移民最缺少的，正是合法身份与来自祖籍国政治权力的保障。中外研究者常常将中国海外移民的最大障碍归结为海禁政策，但笔者却以为：这种论点显然是远远不够的，忽视了中国传统社会的根本制度与特征。中国传统社会最基本的制度之一就是户籍登记与管理制度。到明清时代，户籍制度已趋于完善与严密。如《明会典》规定：“人户以籍为定。凡军、民、驿、灶、医、卜、工、乐诸色人户，并以籍为定。若诈、冒、脱、免、避重就轻者，杖八十。其官司妄准脱免及变乱板（版）籍者，罪同。”钦定的《大清律例》几乎一字不改地照搬了这一条，且规定更为细密严苛：“沿边、沿海地方军民人等，躲避差役，逃入土夷、峒寨、海岛潜住，究问情实，俱发边远卫分充军。”在这种法律环境下，沿海居民脱离户籍制度的管束，放弃赋役的义务，就缺乏法律的保障，成为事实上的“违法”群体，也就成为官兵与官吏可以依法追杀的对象。更有甚者，华侨之出海涉及国际关系，无法回避严酷的国家利益间的对抗，擅自出海或出洋者又会背上“叛国投敌”的可怕罪名。
禁止广大百姓自由迁徙权的根本缘由并不复杂，就是为了保障朝廷赋役的征收，以及避免对现有社会秩序的扰动，或可归结为“王朝安全”。但对中国沿海地区的广大居民而言，山多田少，无地可耕，耕不足食。所以，“以海为田”、“靠海吃海”成为广大沿海居民基本的生活方式。也就是说，离开海上渔业与海外贸易，沿海居民就无以为生，丧失最基本的生活保障。如果成千上万的贫苦居民连生存都成了问题，那么又何谈朝廷赋役与社会秩序呢？
罔顾百姓生计的暴力政治，只能诱发出同样强烈的暴力与非暴力的抵制与反抗。暴力反抗，就是我们通常所说的“海盗”。所谓“海盗”大多数不过是沿海地区无法维持生计的普通百姓而已。甚至有研究者指出：正与早期欧洲殖民者实质为海盗相类似，明清时期中国沿海有规模的海盗行动，实际上也是华人早期移民东南亚的一种“模式”（李恩涵《东南亚华人史》79页）。因而朱杰勤先生讲道：“希望有一部关于海盗的书出版，这对于我们研究阶级斗争史、中外关系史和华侨史都大有帮助。”（《东南亚华侨史》46页）应该是相当沉痛的总结。
非暴力的抵制，就是无法阻挡的民间自发的海外移民潮。孔飞力同样着重强调了沿海生态环境与海外移民之间的关联：“这一地区的生态迫使当地人必须依靠海上贸易，以弥补农业耕地的不足，从而也就使任何禁海令与移民禁令在当地几乎形同虚设。”又“有史以来，但凡饱含民众需求的事物，都不可能指望通过一纸法规就能加以禁止”（19页）。可以说，海外移民作为中国近现代移民浪潮的重要组成部分，在事实上，就是对禁止自由迁徙法规的反对与抵制。从这种意义上讲，海外移民史的五百年，与其说是走向开放以及逐步与世界融合的五百年，倒不如说是中国普通民众争取自由迁徙权益的五百年。
当然，我们更为关切的是，在近现代史上，在国内饱受官方迫害与排斥的华侨到了国外之后的情形又是如何呢？孔飞力十分客观而明白地指出：“那里的政治权力几乎都掌握在殖民者或当地王公贵族手中，任何阶层的中国人几乎都没有染指权力的机会。”（17页）这正是广大华人华侨所面临的残酷现实。在《他者》关于东南亚华人移民社会研究中，孔飞力提出或运用了不少新的理念进行分析与说明，如“殖民机制（模式）”、“殖民等级制度”“生态环境”、“亲缘群体”、“海外移民商业网络”等等，这是以往华人史研究中较为少见的。对东南亚移民社会变迁中的“殖民模式”、“殖民等级制度”问题的分析，无疑是《他者》一书的一大亮点，可谓孔飞力研究成果的“重中之重”，其中涉及华人在当地社会的地位与作用，也涉及中国海外移民史上的“屠华惨案”问题。
对海外移民史上屡屡发生的“屠华惨案”，孔飞力并没有采取回避的态度，而是力求从客观公正的角度来揭示事实的真相，试图从殖民机制以及殖民社会制度中寻求答案。我们知道，尽管逃离国内法律的追究与责难，在迁居地上，广大华人大多主动放弃了对政治权力与政治地位的主观诉求，也没有参与当地殖民管理的主观故意。但是，这并不意味着华人能够脱离或不参与到当地殖民管理体制之中。孔飞力十分尖锐地指出：“许多中国人是因为经济原因而移居东南亚，然而，只有在当地统治者能够从他们身上获得利益时，他们才能在当地获得生存发展的空间。”欧洲殖民者开始接纳华人，正是看到利用华人，他们可以攫取更多的利益。而经过长期经商，已经逐步掌握当地经济权益的华人，也就不可能不参与到当地的殖民体系之中，并在其中扮演重要的角色。因此，“在早期的殖民机制中，侨居当地的华人就成为殖民当局不可替代的左膀右臂”（51页）。因此，在当时的“殖民等级制度”中，华人成为事实上的“二等公民”。“尽管在政治上，殖民体制并不属于‘他们’华人，但是，华人渐渐将重要的经济命脉控制在自己手中，并参与对它们的管理。身为华人，他们是二等公民，屈居于殖民者之下，但与此同时，他们又位居由当地土著民族构成的三等公民之上。”（52页）虽然不是主观的殖民者，但却在客观上成为欧洲殖民者的“帮办”与“助理”。由于掌握了重要的经济权益，华人又成为具有某些特殊权益的“二等公民”。孔飞力提出的“二等公民论”，恐怕是以往中国研究者所没有透彻地揭示，或不愿承认的，应该为我们理解东南亚华人的真实境遇提供启发与新的视角。