戴震生前在四库全书馆主持经部，他是力尊“汉学”的。当时馆内，学派分立，用今天的话说，还实在是有赖于纪昀的组织才能。偌大的编纂人群，英才荟萃，统领谈何容易？馆内的汉学占据主导地位，这是从明末以来顾炎武开创的学派，延续至清，其旨是尊重汉儒学说，研究古代典籍从文字、音韵、训诂入手，长于考据、校勘、辑逸、辨伪、目录诸学，反对穿凿附会，反对宋明理学家的空谈心性，主张以“实事求是”的精神，来整理古籍，如实地反映古代社会情况而获得新的见解。其治学态度，较为切实，方法较为缜密。其缺点是繁琐，有时也远离实际。作为这一学派的延伸，四库全书馆就成了干嘉学风的发源地，同时也是考据学的大本营。但是馆内也不乏尊崇宋儒之人，这就是所谓“宋学”了。宋学与汉学意见时时对立，常常交锋。大名鼎鼎的翁方纲和姚鼐，就是汉学的激烈的批判者。纪昀凭借自己的处事灵活和学识声望，一再设法让各学派互相尊重，学术之争归学术，不涉及个人，不同学派都要平心静气地讨论问题，所以馆内依然存在着宽松、和谐的合作风气。
纪昀主持四库全书馆十几年，无论是编纂工作本身，还是在处理上下左右的关系上，都面临很大的难题。值得庆幸的是，他总算顺利地走过了自始至终的路程，并获得极大荣誉。在全书编纂完毕时，他曾写过一首小诗，在自嘲中表达了一种文人的自得：自题校勘四库全书检校牙签十万余，濡毫滴渴玉蟾蜍。汗青头白休相笑，曾读人间未见书。