曹锡宝后悔没听纪晓岚的劝告，多言招祸，只好硬着头皮，咬定纪晓岚没参与此事。最后乾隆以曹锡宝参奏不实，给以革职留任处分，没有扩大事态，酿成大狱。纪晓岚在惊恐中度过几个月，心里才踏实了一些，自此而后，便更加小心谨慎。但当时株连之狱颇兴，他心中也没底，不知道别人会不会又将他牵连进去，所以日子过得真是提心吊胆，如履薄冰。想当个清静无为的观弈道人亦不可能。
高宗乾隆死后，嘉庆皇帝在开始亲政的十五天内，以迅雷不及掩耳之势，把一代奸雄和珅判处了死刑，引起了朝野的极大震动。经查抄，和珅私产总估白银九亿两，为自古以来未曾见过的豪富，连嘉庆本人也大吃一惊。
纪晓岚亲眼目睹了和珅的下场，颇有一番感触。他觉得，人世真如云流沙涌、浪起帆转一般，无论是胜者败者，皆在此间。人生是盘棋，自己为人，既是观弈者，也是举弈者，更是棋盘中的任人摆布的一颗棋子。
受命编纂《四库全书》
乾隆三十五年（1770年）对纪昀来说，是一个转换命运、扭转乾坤的幸运之年。
这年春天来临的时候，乾隆皇帝提出，现在疆土一统，庶民乐业，富则思教，他想搜辑文萃，编一旷古巨型丛书，以供学子仕进之用。
乾隆拟分古今图书为经、史、子、集四档，总名为“四库全书”，规模要超过《永乐大典》和《古今图书集成》。乾隆知道，四库全书浩如烟海，非博览饱学之通儒，不能当此大任。正在乾隆为物色不到合适人选而犯愁时，经大臣刘统勋的举荐，乾隆想起了在新疆戴罪戍边三年的纪昀。思虑再三，乾隆决定召纪昀还京，并决定暂且让他于翰林院充任编修，做编纂四库全书之准备。待时机成熟，再恢复侍读学士之职，遂授命他为四库全书的总纂官。
因为这一良机，纪昀终于官复原职了。当这项浩瀚的文事工程摆到他面前时，纪昀已四十八岁。在总纂官之下，有三百六十余人任编纂，总共四千三百多人参与其事，设“总阅”、“总纂”、“总校”、“提调”、“缮书”各处，分别在翰林院及武英殿展开工作。其编辑规模之大，恐怕在全世界亦属空前。
乾隆为此特下令建四库全书馆，在乾隆的重视和倡导下，一个大规模搜集、整理、编印图书的活动，在全国出现了。乾隆三十八年五月，乾隆皇帝发布上谕：“择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之梨枣，以广流传。余则选派誊录，汇缮成编，陈之册府。其中有俚浅谈谬者，止存书名，汇为总目，以彰右文之盛。以采择《四库全书》本旨也……所有各家进到之书，俟校办完竣日，仍行给还原献之家……钦此。”
圣谕一下，全国城乡立刻沸腾起来。到处张贴露布，张张露布下都挤满了人，有的在小声地念，有的在侧耳听。农村里多是锣声震耳，乡丁边敲边高声呼喊着：“万岁爷开了四库全书馆，征集藏书了。谁家有，全送到里正家去，谁献的书多有赏！”
运河上，三只满载书籍的大木船，平稳地航行着，顺流北上，为首的船头上，站着五品顶戴的安徽学政朱筠，这一次在校核《永乐大典》和征集天下遗书上，他奏谏多、出力大。如今他从三江满载而归，笑脸微微，陶醉在运河两岸绮丽的风光里。
这时的圆明园，各书库门前，停着满载书籍的大小车辆，收掌官挥毫登记造册，差役们手抬肩扛，将成捆成箱的书籍，搬运到临时存放的大图书库内。纪昀忙而不乱地指挥着众编修，将一捆捆书籍拆开，分门别类，分到经、史、子、集四库。
这次采征图书，重点是江苏、浙江、安徽、江西诸省，其次是京官书礼之家，征集顺利。此番行动，共征集图书一万三千五百余部。
乾隆皇帝甚为欣慰，于是下令嘉奖献书大户。纪昀亦被列入进书最多者名单。
当然，也并非人人皆踊跃交书，如当时怡亲王府第藏书甚丰，有元刻本《中庵先生刘文简公文集》，因为收藏者不愿将书拿出来，后来只好从《永乐大典》中辑之。
提起《永乐大典》，自清入关以来，并未见过这部整套的巨书，康熙曾多方寻找，始终未获。这一次为编纂《四库全书》，下了大决心征找它，纪昀作为总纂，当然更是希望早日能够得到了。
一日，翰林朱竹垞跟纪昀开玩笑说：“看来《永乐大典》大概是李自成攻占京城的时候，被他垫了马蹄子了！”
庚辰探花王文治，则郑重其事地向纪昀建议：“事到如今，我看你不妨斋戒三日，祈求神来指点指点，也许会有奇迹出现。”
这建议不过是王文治在开纪昀的玩笑，要让这位日食数斤肉的纪昀斋戒三日，那简直是一种惩罚。但没有想到，纪昀果然一本正经地斋戒了三日。说也奇怪，就在纪昀斋戒后，不到两天，宫中的小太监，在内廷继续寻找的时候，爬到“敬一亭”的顶架上，终于发现了尘封三百余年的一大批《永乐大典》的抄本。