找到《永乐大典》的消息，一经传出，震动了圆明园、紫禁城，更震动了乾隆皇帝，他亲自到“敬一亭”来过目，还赏赐了找书的小太监，将书运往圆明园《四库全书》编纂处。
在纂修《四库全书》的过程中，对收进的书籍和一些“无碍”而未毁、但又没有收入到《四库全书》的书籍，均分别编写提要。后来把这些提要分类编排，汇成一部书目，这就是《四库全书总目》，亦称《四库全书总目提要》。这部书署名“清永蓉等撰”，实际却是纪昀的劳作。
清代乾隆下令编纂《四库全书》，实际上含有“寓禁于征”之意。
清王朝在征集天下图书的基础上，据近人陈乃干在《禁书总录》中统计，被全毁与抽毁的书籍近三千种。这次纂修典籍，也使中国文化遭受一次浩劫。鲁迅就曾说过：“乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章；不但藏之内廷，还颁之文风颇盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有骨气的人。”但不管怎么说，毕竟是编出了一部浩瀚的巨型丛书，保存与辑存了一批古籍。
《四库全书》编纂工作接近尾声的时候，大臣陆锡熊向乾隆建议：
《四库全书》卷册数额颇多，经、史、子、集四类，若用不同颜色封面装帧，岂不便于翻阅？
乾隆听取了这一建议，决定用象征四季的颜色来表明书的类别。
他认为经书居群籍之首，犹如新春伊始，当标以绿色；史部著作浩博，如夏之炽，应用红色；子部采撷百家之学，如同秋收，白色为宜；集部文稿荟萃，好似冬藏，适用黑色。
近年来，经人留意，《四库全书》所在七阁，现尚残存者，文澜阁的为绿、红、白、黑，与乾隆所讲一致；而文津、文渊、文溯三阁相合，为绿、红、蓝、灰。这究竟是什么原因，尚不得而知。
总纂官的苦与乐
纪昀自从受命编纂《四库全书》以来，殚精竭虑，赤诚忠心，惟恐有负乾隆之命。他每天坐镇书城，手不停披，有时竟整日不归。二百卷提要，整整写了八年，前后总共费时十三年。
表面上看，纪昀豁达、乐观，应付周围，能够左右逢源。但实际上他的处境仍然是非常艰难的。在四库全书馆编纂处，纪昀虽然名誉上是第一位的总纂官，但是在他之上还有二十几名正副总裁官，乾隆还亲自干预，不断地谕示，要“朕亲批阅厘正”。一部书辑录完稿，待逐层交皇帝御览时，编纂人等便是提心吊胆，以待御批示下。据云，一部书写好进呈时，往往还要在开卷首页故意留下一两处比较明显的错误，以便御览时易于发现改正。这样做是为了满足皇上比人高一等的心理，这就是所谓的“钦定”。然而皇帝又哪里有那么多工夫用在书本上，于是来不及一一御览的错误之处，就在“钦定”的招牌下，“合法”地留下来了。乾隆对《四库全书》的评论也有该书“草率讹谬，比比皆是”的话。作为总纂官，对于此类情况，怎能不左右为难而头痛呢？
乾隆四十一年七月二十六日、九月三十日、十一月十七日，就有过三次详细而具体的干预、谕示。可见乾隆对编纂《四库全书》督查甚严，书中谕示窜改之处也就很多。例如：凡是“胡”改为“全”，“虏”改为“敌”，“贼”改为“人”，“虏廷”改为“北廷”，“入寇”改为“入塞”，“南寇”改为“南侵”等等，不胜枚举。据云，乾隆编纂《四库全书》不用刻本，改为手抄，主要为了易于窜改史籍，这个说法未尝没有道理。在编纂过程中，负责校勘的官员，遭受处分的人次，为数甚多。在乾隆四十二年，就有“馆臣校书错误应议，昀特旨免”的上谕。尽管纪昀得免议，但作为总纂，他的思想心绪无疑是紧张而不轻松的。
乾隆于四十二年十月二十九日，命以哈密瓜颁赐四库全书馆诸臣，全馆一百五十四臣，联句讴颂，视为无上荣光。纪昀为《恩赐四库全书馆哈密瓜联句恭纪一百五十四韵》作序说：“此日分尝，真作逢春之草，恩逾常格。”但就在赏瓜后没几天的十一月间，新昌举人王锡候，因考证《康熙字典》，另着《字贯》，以有辱圣祖罪而被诛。总之，乾隆对待当时知识分子的方法，就是恩威兼施，把许多人撵到四库全书馆，做编纂，搞“学问”，发扬汉族传统文化，使之在书海中消磨终身。如稍有逾越者，便采取杀一儆百手段，示意尔辈须俯首贴耳，做御用文人。
乾隆四十二年冬，纪昀的挚友戴震卒。戴震字东原，安徽休宁人，家境贫苦，常年以教书为业。著名文字训诂学家段玉裁就曾师事戴震；纪昀的长子汝佶、次子汝传，都是戴震的门生。戴性格耿直，二十八岁方补诸生，而学业日进。二十七年举于乡试，三十八年诏开四库全书馆，征海内淹贯之士，司编校之职，刘统勋荐震充纂修，人称布衣。
在馆供职期间，戴震勤于劳作，晨夕披检，寒暑无闲。他对新进图籍，论次精审，所校《礼记》、《水经注》，尤其精妙。戴震崇尚汉儒，为学精谨，令人折服。他多才多艺，曾为《考工记》作图，纪昀为他的力作《考工记图》写了序。在哲学体系上，戴震是18世纪的唯物主义思想家，他所著《孟子字义疏证》一书，借疏证孟子学说来阐述自己的政治和哲学观点，指出“人的正当欲望和要求是合理的，有欲的人不能说是有私，那些口头讲‘无私无欲’‘去欲’和‘灭欲’者，恰恰是以此来实现其最大的‘私’。”统观纪昀的代表作《阅微草堂笔记》，在这个问题上，他们的认识是极其一致的。如今戴震在五十有五时辞世，纪昀不胜悲痛，这对他的打击可说是非同寻常。