1939年9月18日，苏军和日本关东军根据双方“关于诺门坎地区的停战协议”进行交涉
大本营时而清醒时而陷入幻想
根据所获的情报，日本陆军一面利用外务省与俄国人周旋，一面开始认真准备对苏作战。日本大本营陆军部在5月上旬判断，苏联可能在夏季后发动对日攻势。俄国人的具体进攻时间，取决于三个因素：一是可能利用美国进攻日本本土的时机；二是会选择在冬季变冷前行动；三是苏军需要使用40个步兵师外加大量装甲部队和空军作为基干，要运送这么多部队，需要4-5个月时间，完成集结大概在6月底或7月底，加上战备时间，苏联可能在八九月间开始进攻。
5月30日，大本营陆军部向关东军下达对苏作战要点：关东军在满洲和朝鲜的防御战，应该服务于保卫日本本土的总任务。为此，关东军不需要死守国境线，而应该收缩兵力，固守长春—图们以南，以及大连与长春以东地区，并以通化地区为核心阵地。也就是说，所谓“满洲国”四分之三的地盘都要逐步放弃（实际战斗开始后，大本营陆军部又指示关东军可以放弃满洲，只需死守朝鲜）。总之，保证日本本土决战才是关键。
1945年7月1日，日本最高战争指导会议所做的“世界局势判断”要点如下：苏联随时可能和日本翻脸，如果遇到局势特别有利的时机，也就是日本陷入绝境而苏联所需付出代价最小的时机，苏联出于和美国在东亚抢地盘的目的，也可能提前动手进攻日本。1945年夏秋后将是开战的最危险时段。但“世界局势判断”又认为苏联也可能帮助美国在外交上对日本施压，以求兵不血刃地达到目的。这种观点显然与当时日本外务省竭力拉拢苏联来达成对美媾和有关。在这一大环境下，日本陆军做出局势判断，认为虽然1945年八九月后关东军的处境非常危险，但1945年年内苏日开战的可能性不大。
但在7月下旬，日方观察到如下动态：一.苏联向远东运输战斗部队似乎已接近尾声。二.苏联将驻日本的妇孺撤回国内。三.中共八路军试图渗透到“满洲国”，此点似乎可以反证苏联的意图。日本大本营据此做出新的判断：苏联对日开战只是时间问题，但鉴于苏联在苏德战争中损失太大，为了避免严重伤亡，因此一定会选择极端有利的时机。而这又取决于美军的动态。
波茨坦会议期间，大本营陆军部进一步推测，苏联可能于初秋（8月底）前后进攻的可能性最大。尽管日本陆军中央判断形势紧迫，关东军自身却显得有些麻木。6月，大本营第5课课长白木飞到长春，强调初秋开战的危险性，甚至认为更早开战也有可能。但关东军参谋长秦彦三郎却回应说不必过于紧张。关东军内部也认为战争拖到1946年爆发的可能性也是有的。