在广东土改的准备阶段，叶剑英与毛泽东是合拍的。毛泽东最早明确提到广东土改是他在1949年12月4日政治局会议的讲话中：“还有广东，则须于明冬开始进行，后年可望初步完成。至于全部完成，则至少还需要一年。”“因为这次土地改革工作是在与资产阶级合作的条件下进行的，同以前在战争期间与资产阶级隔绝的情况下进行是不同的，所以需要更加谨慎，领导机关要掌握得很紧，随时了解情况，纠正偏向，以求少犯错误。”8他不仅为广东土改规划了一个大概的时间表，而且提出了谨慎稳妥防止偏差的土改方针。这种方针一直持续到1950年秋。而其中一个关键是处理好富农问题。1950年2月17日，在苏联的毛泽东和周恩来联名就发表新区土改指示致电刘少奇谈到富农问题：“因此事不但关系富农而且关系民族资产阶级，江南土改的法令必须和北方土改有些不同”9。3月12日毛泽东致电邓子恢并告叶剑英，说明了“只动地主不动富农” 10的三点理由。6月，毛泽东又在中共七届三中全会的书面报告中要求“有步骤有秩序地进行土地改革工作”。广东土改正是按照毛泽东的部署逐步开展的。1950年1月21日，叶剑英在广东省各地党代表会议上的报告指出，这一年工作的“中心环节在于发动群众，准备与实行土改。”同一天，叶分别致电向中南局和毛泽东报告：广东“准备下半年经过七月秋征双减的斗争，由八月起就全力进入土改准备工作”，“争取今冬开始土改”。
确保广东土改稳步前进，除与其他新区共通的富农问题外，要处理好两个问题：一是华侨问题：建国初期广东华侨有1000万人，华侨人数和侨汇都占全国80%。正确处理好土改中的华侨问题，关系到能否安定海外侨胞及其国内的眷属并争取他们参加新中国的建设；二是工商业者问题：广东城镇较多，工商业比较发达，而且许多工商业者与港澳有着密切的关系。据此，华南分局先后制定了结合广东特殊情况的土改政策法令等，并采取先搞试点，在培养干部和取得经验后，向全省铺开的稳妥办法。
广东土改试点开始后，叶剑英感到跟上毛泽东的步子有些吃力了。1950年10月广东土改试点帷幕在揭阳、兴宁、龙川拉开。同月，美军悍然越过“三八线”，并将战火燃烧到鸭绿江边，台湾的国民党军队及其大陆残部也随之蠢蠢欲动。毛泽东在毅然作出抗美援朝的战略决策同时，发出开展镇压反革命的指示，并加快包括广东在内的新区土改步伐。毛泽东的土改策略激进起来了，他指示上京汇报工作的叶剑英：广东土改除原定三县外，其余各地委均需选一个区乡进行试点，并利用全年的农闲时间继续推广土改工作。11月14日毛泽东电示叶剑英：“广东必须在广大地区立即开始进行土改，拖延则是失策。”1117日毛泽东致电叶剑英：“只要广东的土改完成，广西的土匪消灭，即使蒋介石登陆进犯也是容易对付的。”“广东必须迅速地和广泛地展开土地改革工作，你们布置如何盼告。” 1222日毛泽东又致电华南分局等：“福建是和两广同样解放较晚，土匪甚多而尚未肃清的省份，过去福建省委认为今冬明春不能大规模地进行土改，现在他们接受了中央及华东局的意见……重新布置工作，将土改与剿匪相结合，扩大土改县数至卅六个县。此种计划很值得广东广西两省仿行”13。1951年1月毛泽东批转中南局的一份电报稿，认为土改运动“要求不出一点乱子是很难的。”14毛泽东的套路是让运动轰轰烈烈起来，有偏差再去纠正也未晚。对此，邓子恢理解得很透彻。1950年12月，他在其《关于土地改革的几个基本问题》中就说过：“应该让群众显显威风、出出气，不要束缚与干涉群众行动，即使有些过左行动，只要真是广大群众自己的反封建行动，也不该当场泼冷水，而应事后就以说服纠正。”15
叶剑英重视调查研究和重视总结经验，力图把中央精神和地方实际相结合。例如对土改中的华侨问题，对华侨的历史的现状有深刻理解和切实体验的叶剑英，能自觉地把党中央的华侨政策同广东实际情况相结合来处理。他提出对90%以上的贫苦归侨、侨眷，应给予合理照顾；对华侨地主和封建地主在政策上应有区别，等等。按照毛泽东的新要求，叶剑英感到压力很大，但还是坚定地进行重新部署以加快广东土改步伐：11月23日，决定将土改区域扩大至11个县；1951年1月18日决定是年大面积展开土改。在土改试点陆续结束后，同年4月华南分局提出依靠南下大军进行土改的方针。从4月12日一次讨论土改的会议上方方讲了一段话中，可见理解毛泽东的精神和执行毛泽东指示的不那么容易的，因为毛泽东的电报的意图令人难以捉摸因而操作起来的确是战战兢兢的：“毛主席要我们争取时间于1952年夏收前完成全省土改，但又说如准备不成熟便不要搞。这必须从两方面来了解，即加速准备条件，在稳步基础上加快，又要争取时间，在快中求稳。”16 5月铺开63个县土改。
随着全省规模土改的开展，有些地方发生了左的偏向，叶剑英及时果断地纠偏，使土改运动健康发展。但纠左纠偏影响了土改速度，叶剑英因此遭受上级一些人的诸多责难，被指责为右倾和对土改运动的动摇。7月10日、17日中南局机关报《长江日报》突然发表社论《论正在前进的广东农民运动》、《认真学习，稳步前进——再论广东农民运动》，未点名地批判叶剑英。例如，第一篇社论仿效毛泽东当年《湖南农民运动考察报告》评判右倾机会主义的笔法，称广东土改运动有“好得很”和“糟得很”两派之争，而“糟得很”的那一面，“大都采取了隐蔽、变相的说法，因而形成一种明松暗紧的思想斗争”，影射叶剑英是广东农民运动的“糟得很”派。该社论还指责叶剑英领导土改不力。叶剑英看了社论，大怒而拍案说：“为什么将党内的认识分歧公诸报端？我是中南军政委员会副主席，为什么不给我打招呼？”17
叶剑英与中南局在广东土改问题上的分歧，毛泽东是知道的。最后毛泽东的是站在中南局一边，批评了叶剑英。有学者的研究认为，这是毛泽东听“中南局部分负责同志片面性的言论和‘告御状’的话，没有深入调查研究，广泛听取干部、群众和叶剑英的意见”18的结果。史料证明，“告状”是有的。不过我认为，即使没有人“告御状”毛泽东也会站在中南局一边，因为中南局的激进主张符合毛泽东的意图，而叶剑英的实事求是的纠左做法此刻是不合毛泽东的“时宜”的。请对照以下两段文字：1951年1 月，毛泽东为批转中南局关于发动群众做好土改工作给江西省委的指示所写的电报稿中说：“土改工作主要应注意是否真正发动了群众，由群众自己动手（又上面派干部帮助），推翻地主阶级，分配土地。只要合乎这个方向就是好的。有些偏差，例如侵犯中农，破坏工商业，划错阶级成分，消灭富农，使地主一律扫地出门以及捉人太多等等，应由省委地委两级随时指导纠正。要求不出一点乱子是很难的，只要省地两级掌握得好，随时纠正偏差，使农民群众高高兴兴地减了租，退了押，清了匪，反了霸，分了土地，农会乡政权和民兵都掌握在以贫雇农为骨干的人们的手里，那就很好了。”19《长江日报》1951年7月17日社论：“只有坚决从事农民运动，把广大农民发动起来，农民才会踊跃相应我们的号召。也只有经过农民运动，农民潜伏的革命力量才能得到发挥的机会。在这个意义上来说，我们应就应当对那些看到运动有些偏向而惊惶失措并发生动摇的人们说：动摇是不对的。要心中有数：群众起来带来的一点偏差，比之群众起不来，我们应该选择哪一个呢？只有坚定起来，领导农民前进，彻底完成反封建斗争，才是我们必须走的道路。站在旁边指手划脚是不对的。”“‘群众要怎样就怎样’固然是不对的，但从实际经验看来，往往是这样：凡是按照我们的政策方针去发动群众，而真正广大群众例如数量上占80-90%以上的群众‘要怎样’时，这个‘怎样’大体是和政策相符合的。即使不大符合，也只能先随群众去‘要’，在行动中坚持说服其‘不要’”。可见这两段话左的精神实质是一致的，后者显然来源于前者，是前者的具体化。正如当年领导揭阳土改的吴南生在30多年后所回顾的那样：“中南局机关报《长江日报》连续发表了两篇评论广东土改的社论，对华南分局形成较大的压力。其实这是毛主席的看法”20。
11月，毛泽东批评广东土改速度太慢，说全国有三只乌龟，福建和广西已经爬上去了，只有广东还没有爬上去。尽管叶剑英很快地召开全省地委书记联席会议，进一步研究如何加快土改进度，20日华南分局相应作出了《关于1952年秋完成全省土地改革的决定》，毛泽东还是决心调整华南分局的领导成员，以贯彻其领导意图。毛泽东瞩目于陶铸。